一种药用植物九里香的SNP标记及其鉴别方法与用途技术

本发明专利技术提供的药用植物九里香的SNP标记，所述SNP标记为SEQ ID No.1所示序列中自5’端起第75位的核苷酸为T、第109位的核苷酸为T和/或第173位为A；所述SEQ ID No.1所示序列为所述九里香的ITS2基因间隔区序列，通过采用上述SNP标记可以快捷的、准确的鉴别药用九里香，适用性广，能够从源头上保证鉴别结果的稳定可靠性，与传统的形态学鉴定方法相比，所述的药用植物九里香的SNP标记能够实现快速、准确的鉴定药用九里香。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物
，具体涉及一种药用植物九里香的SNP标记及其鉴别方法与用途。
技术介绍
九里香MurrayaexoticaL.是芸香科(Rutaceae)九里香属(MurrayaKoenigexLinnaeus)的植物，产于台湾、福建、广东、海南和广西等五省区南部。九里香的根、茎、叶所含化学成分与千里香Murrayapaniculata(L.)Jack.类同，两者共同被2015版《中华人民共和国药典》收载为中药材九里香MurrayaeFoliumetCacumen的基原植物。九里香具有行气止痛、活血散瘀、祛风除湿和麻醉镇惊等功效，临床上用于治疗胃痛，风湿痹痛，牙痛，跌扑肿痛和虫蛇咬伤等。九里香M.exoticaL.浑身都是宝，除了其本身的药用价值外，由于其花香浓烈，持久，花色洁白美丽，树形端正和四季常青等优点，常作为观赏植物，其花叶果中含有的丰富精油可以被加工成香精或者调味香料。中药材基原植物的种子、种苗作为源头，直接影响着中药材质量及经济效益。因此，中药材种子和种苗基原物种的准确鉴定，可确保种质来源纯正可靠，既为大规模规范种植生产中药材打下基础，也为中药材的临床用药安全提供保障。然而，处于植物生长发育阶段初期的种子和种苗，形态特征不明显，鉴定比较困难。因此，亟需寻求一种方法来鉴别药用植物九里香。DNA条形码技术摆脱了传统形态鉴定方法依赖长期经验的障碍，生物条形码联盟(ConsortiumfortheBarcodeofLife,CBOL)阐述了DNA条形码的优点：(1)不受个体形态特征限制；(2)不受个体发育阶段影响；(3)对于分类学中难以区分的类群,采用DNA条形码可以抛开形态相似的假象,从基因水平上提供分类依据；(4)核苷酸序列组成的数据库可以提供明确的信息，不仅弥补了形态描述的不足，而且可以加快已知物种的识别速度,同时便于新物种的发现,将会使分类学科的发展更加快速和深入；(5)如果设想的条形码扫描仪可以实现，将会减少对传统分类学人力和物力的需求。因此DNA条形码技术已广泛应用于鉴定药用植物及中药材。如中国专利文献CN103898234A中公开的一种地龙的DNA条形码分子鉴定方法和其COI序列，使用该方法进行聚合酶链式反应(PCR)扩增出样品COI的基因，将PCR产物经过琼脂糖胶进行验证后送至生物测序公司进行测序，将测序结果通过手工校对、序列拼接，并与公开序列进行比对，如果与所述基因序列SEQIDNO.1-NO.4的同源性在99％以上，即可判断所述的待测组织即为广地龙或者沪地龙来源。上述方案采用可靠的DNA分子鉴定技术，无需对地龙品种进行形态学鉴定，可以快速、准确的鉴定《中华人民共和国药典》规定的地龙品种和非药材地龙品种，此外可以进一步区分广地龙和沪地龙品种，增强了准确性和可靠性，确保地龙作为药材入药的安全性。然而，上述方案中仅是通过检测待测植物的基因与所述基因序列SEQIDNO.1-NO.4的同源性在99％以上，即判断所述的待测组织即为广地龙或者沪地龙来源，忽视了基因中单核苷酸多态性(SNP)的影响，即当待测样品的基因与所述基因序列SEQIDNO.1-NO.4的同源性在99％以上，但其中并没有检测关于广地龙或者沪地龙的单核苷酸多态性(SNP)位点，则该待测组织可能是非药材地龙品种，无法从“源头”上保证其正确性。SNP(Single-nucleotidepolymorphism，单核苷酸多态性)标记是由DNA序列中单个碱基的变异引起的遗传多态性，突变频率高，是基因组分布密度最高的标记。SNP包括两种形式，碱基的转换或碱基的颠换，具有分布广泛、数量巨大、遗传稳定性强的特点，基因编码区的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平等优点，而且也易于自动快速检测和自动化分析，是研究复杂遗传性状和基因组进化的理想标记。然而，在现有技术中还没有提出一种准确的、快速的利用DNA条形码或SNP标记鉴别药用九里香的方法。为了能够更加准确的、快捷的鉴别药用植物九里香，本专利技术提供了一种药用植物九里香的SNP标记及其鉴定方法与用途，实现对药用九里香的种子种苗的快速准确鉴定，从“源头”上保证其正确性。
技术实现思路
因此，本专利技术要解决的技术问题在于提供一种药用植物九里香的SNP标记及其鉴定方法与用途。本专利技术要解决的第二个技术问题在于提供一种含有药用植物九里香的SNP标记的基因。本专利技术要解决的第三个技术问题在于提供一种用于检测所述的药用植物九里香的SNP标记的引物。本专利技术要解决的第四个技术问题在于提供一种药用植物九里香的快速分子鉴定方法。为此，本专利技术提供了一种药用植物九里香的SNP标记，所述SNP标记为SEQIDNo.1所示序列中自5’端起第75位的核苷酸T、第109位的核苷酸T和/或第173位的核苷酸A；所述SEQIDNo.1所示序列为所述九里香的ITS2基因间隔区序列。本专利技术提供了一种含有药用植物九里香的SNP标记的基因，所述的基因的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示，所述SEQIDNo.1所示序列为所述九里香的ITS2基因间隔区序列。本专利技术提供了一种用于检测所述的药用植物九里香的SNP标记的引物，所述引物如下：ITS2F:5'-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3'，ITS3R:5'-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3'。本专利技术提供了一种药用植物九里香的快速分子鉴定方法，包括检测待测九里香的ITS2基因间隔区序列是否含有所述的药用植物九里香的SNP标记和/或所述的含有药用植物九里香的SNP标记的基因的步骤，以鉴别所述待测九里香，若所述待测九里香含有所述SNP标记和/或所述的含有药用植物九里香的SNP标记的基因，则所述待测九里香为药用植物九里香，反之，为非药用植物九里香。所述的药用植物九里香的快速分子鉴定方法，包括如下步骤：S1、提取所述待测九里香的总基因组DNA；S2、以步骤S1所得的所述总基因组DNA为模板，设计如下引物：ITS2F:5'-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3'，ITS3R:5'-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3'，对所述总基因组DNA进行PCR扩增；S3、将步骤S2中获得的扩增产物进行测序，将所得测序结果进行拼接并去除序列两端5.8S和28S基因区，获得完整ITS2基因间隔区序列，然后将所得ITS2基因间隔区序列进行比对，若所述ITS2基因间隔区序列含有所述SNP标记本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种药用植物九里香的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记为SEQ ID No.1所示序列中自5’端起第75位的核苷酸T、第109位的核苷酸T和/或第173位的核苷酸A；所述SEQ ID No.1所示序列为所述九里香的ITS2基因间隔区序列。

【技术特征摘要】
1.一种药用植物九里香的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记为SEQIDNo.1
所示序列中自5’端起第75位的核苷酸T、第109位的核苷酸T和/或第173位的核苷酸
A；所述SEQIDNo.1所示序列为所述九里香的ITS2基因间隔区序列。
2.一种含有药用植物九里香的SNP标记的基因，其特征在于，所述的基因的
核苷酸序列如SEQIDNo.1所示，所述SEQIDNo.1所示序列为所述九里香的ITS2
基因间隔区序列。
3.一种用于检测权利要求1所述的药用植物九里香的SNP标记的引物，其特
征在于，所述引物如下：
ITS2F:5'-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3'，
ITS3R:5'-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3'。
4.一种药用植物九里香的快速分子鉴定方法，其特征在于，包括检测待测九
里香的ITS2基因间隔区序列是否含有如权利要求1所述的药用植物九里香的SNP
标记和/或权利要求2所述的含有药用植物九里香的SNP标记的基因的步骤，以鉴
别所述待测九里香，若所述待测九里香含有所述SNP标记和/或所述的含有药用植
物九里香的SNP标记的基因，则所述待测九里香为药用植物九里香，反之，为非
药用植物九里香。
5.根据权利要求4所述的药用植物九里香的快速分子鉴定方法，其特征在于，
包括如下步骤：
S1、提取所述待测九里香的总基因组DNA；
S2、以步骤S1所得的所述总基因组DNA为模板，设计如下引物：
ITS2F:5'-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3'，
ITS3R:5'-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3'，对所述总基因组DNA进行
PCR扩增；
S3、将步骤S2中获得的扩增产物进行测序，将所得测序结果进行拼接并去除<...

【专利技术属性】
技术研发人员：姚辉，周红，马双姣，陈士林，宋经元，陈贝贝，邢建永，杨锐培，马鹏岗，
申请(专利权)人：华润三九医药股份有限公司，中国医学科学院药用植物研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44