用于检测JC多瘤病毒的方法技术

本发明专利技术涉及用于检测JC多瘤病毒的方法。本发明专利技术的方面涉及用于确定受试者是否处于发生PML的风险中的方法和组合物，包括用免疫抑制剂治疗受试者。本发明专利技术提供了通过确定受试者是否含有具有相对于正常JCV减弱的对唾液酸的结合的JCV变体来确定所述受试者是否对PML易感。本发明专利技术的方面还提供了JCV-VP1序列变异的组合，其与PML相关并且可用作用于鉴定响应免疫抑制治疗的对PML易感的受试者、患有PML的受试者(例如，早期PML)或处于发生PML的风险中的受试者的测定法的基础。本发明专利技术还提供了用于鉴定候选治疗剂和评估PML的治疗方案的测定法。

【技术实现步骤摘要】
用于检测JC多瘤病毒的方法 本申请是申请日为2010年2月5日、申请号为201080014394. 6、专利技术名称 为用于检测JC多瘤病毒的方法的中国专利申请的分案申请，原申请是国际申请PCT/ US2010/000342的中国国家阶段申请。 相关申请 本申请根据35U. S. C. § 119(e)要求2009年2月5日提交的标题为Methods for the Detection of JC Polyoma Virus的第61/150, 310号美国临时申请的利益,所述申请 的公开内容通过引用整体并入本文。
本专利技术涉及检测人JC多瘤病毒、诊断进行性多灶性白质脑病（PML)和开发用于 PML的治疗剂的方法。
技术介绍
人的JC多瘤病毒（JCV)感染可引发中枢神经系统的脱髓鞘病，进行性多灶性白质 脑病（PML)。然而，JCV感染通常在健康受试者中不导致PML。JCV感染在许多人群中流行 而不引发广泛的PML。PML通常只在JCV感染的受试者（所述受试者也具有衰弱的免疫系 统）中发展。因疾病或免疫抑制疗法而引起免疫受损的受试者可易受与JCV感染相关的 PML伤害。
技术实现思路
本专利技术的方面涉及用于确定受试者对PML是否易感的方法和组合物。具体地，本 专利技术提供了用于确定当受试者的免疫系统受损或被抑制时，受试者是否处于发展PML的风 险中的方法和组合物。例如，本专利技术的方面涉及通过测定受试者发生由JCV感染引发的发 展PML的风险特征来确定受试者是否适合利用免疫抑制试剂的初始或连续治疗。 将人基因组在个体的生命期中与许多病毒接触，所述基因可获得许多病毒。这样 的病毒的一个实例是JC多瘤病毒（JCV)。JC病毒感染在人中是十分普遍的。JCV的原发感 染在儿童期中无症状地发生（Padgett&Walker，1973)。随后JCV通过身体散播，可能通过病 毒血症散播（Ikegaya等人，2004)。JCV据认为主要存留在脑和肾组织中。虽然JCV引发 的感染在大多数受试者中是无症状的，但感染在一些受试者中可导致严重的病症（如PML) 和甚至死亡。对PML最易感的受试者是免疫受损的受试者（例如,AIDS患者）或正在经历 使用免疫抑制剂（例如在器官移植后或为了治疗炎症相关病症例如多发性硬化）的治疗的 受试者。本专利技术提供了 JCV变体，鉴定了一实验对象组变体（包括与增加的PML风险相关 的新型变体），以及提供了涉及JCV变体与PML之间的结构和功能联系的发现的方法。 野生型JCV序列在本文中用于指在未患有PML和/或未处于发生PML的风险中 的健康受试者中发现的任何原始型JCV的序列。在某些实施方案中，共有野生型参照序 列可以是在一组健康个体中发现的平均序列。高病毒流行与PML的低发病率之间的矛盾 暗示除了免疫功能障碍外，还可能存在一些调节从无症状感染至PML的进展的独特病毒特 征。在某些实施方案中，本专利技术的方面涉及发现：负责病毒与细胞受体相互作用和宿主细胞 感染的病毒表面蛋白质的部分在患者中在从肾（无症状感染的部位）至CNS (PML的部位） 的路径的某个地方获得特定氨基酸突变。此外，在某些实施方案中，PML特异性突变改变了 病毒衣壳结合不同唾液酸和多种周围细胞类型的能力但保持结合CNS胶质细胞的能力。 基于公布的来自PML和非PML患者的VPl序列的数学分析，提供了 PML过程中的 特定氨基酸变体的阳性选择。然而，由于公共可获得的PML序列获自PML患者的CSF或脑 组织而非PML序列获自健康受试者的尿，因此仅基于Genebank样本的分析不能明确无误地 证明此类氨基酸变体是通过病毒在患者中突变产生的还是代表存在于所有JCV分化枝中 并且因更可能引发PML而在PML案例中富集（例如，被阳性选择）的一种或多种罕见病毒 变体。根据本专利技术的方面，VPl置换存在于患者中并且可导致PML。这得到在相同时间点上 采集的相同患者的匹配的尿-CSF和尿-血浆样本的分析的支持。来自PML患者的CSF和 血浆VPl序列相对于从相同患者的尿分离的VPl序列包含单个氨基酸置换或数个氨基酸的 缺失。如本文中所显示的，相同个体的CSF、血浆和尿中发现的JC病毒类型是相同的病毒 株系，然而不同的患者具有不同的株系。因此，但不希望受理论束缚，VPl氨基酸置换在CSF 中但非尿中的存在是因突变在患者中出现而非因使用两种不同病毒变体的双重感染所致。 先前描述了一些在PML患者的CSF和血浆中检测到的氨基酸置换。然而，未曾使 此类置换与增加的PML风险直接关联并且未曾使它们的结构和功能性质与PML发展和进展 的方面联系起来。本文中还提供了与PML相关的另外的JCV VPl突变和/或缺失。 根据本专利技术的方面，VPI蛋白中的置换可能对于测定早期疾病进展（例如，通过使 病毒能够从周围迁移至CNS并且感染CNS细胞）而非测定不同临床背景中的不同结果更重 要。然而，在某些实施方案中，存在于VPl中的突变的类型与某些临床测量之间可能存在关 联。例如，在具有非突变病毒或在位点122-134上携带突变/缺失的病毒的患者中观察到 更低的JCV CSF复制水平。还可能由于突变影响病毒与细胞受体的相互作用的强度，从而 病毒从死亡细胞的释放也可因紧密结合此类受体的病毒而受到阻碍。因此，可发现具有更 弱的细胞结合亲合力的病毒被更大量地释放进入细胞外隙。这与这样的观察相一致，即位 点55-61和265-271上的突变体相对于非突变病毒丧失了它们结合唾液酸受体的能力，从 而可能具有从细胞碎片分离（在病毒杀死宿主细胞后）并且到达CSF的更好的能力。 因此，即使受试者可被几种不同形式的JCV(例如，在不同的组织或器官中利用不 同变体）同时感染，PML相关突变仍然更可能由已被野生型JCV感染的个体中存在的JCV病 毒群体产生。 本专利技术的方面至少部分基于发现：JCV衣壳蛋白中某些类型的突变与JCV感染的 无症状形式至JCV的PML相关形式的转化相关。根据本专利技术的方面，不限定于任何特定的机 制，破坏JCV颗粒结合或与唾液酸相互作用的能力的突变可导致病毒不再限制于受试者的 周围隔室中并且导致病毒获得至CNS(PML疾病的位置）的自由通道。在某些实施方案中， 此类突变允许病毒通过避开在周围器官和细胞（包括但不限于免疫细胞和红细胞）中表达 的某些糖蛋白和糖脂假受体上的捕获来实现该转变。此外，由于此类位点的一些位点是 正常宿主免疫应答（抗体和T细胞）上的靶，因此此类突变可允许病毒避开免疫系统的识 另 1J，特别地在具有减弱的免疫系统的受试者中。 本专利技术的方面提供了用于评估受试者的PML的风险特征的方法和组合物。 在某些实施方案中，本专利技术的方面涉及确定受试者是否已暴露于JCV变体引发的 感染。在某些方面中，野生型JCV变体引发的感染可增强PML的风险特征，因为PML相关突 变可由野生型JCV产生，即使这些突变可以是罕见事件。因此，在某些实施方案中，可测试 受试者的JCV感染的一个或多个标记的存在（例如，病毒蛋白质或核酸的检测，或间接地通 过针对JCV感染的免疫应答（例如以针对JCV病毒蛋白的血清抗体的形式）的检测本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种方法，包括：检查来自受试者的生物样本的变体JCV VP1衣壳蛋白的至少一个标记，所述衣壳蛋白包含氨基酸残基122的置换，和其中如果所述样本包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。

【技术特征摘要】
2009.02.05 US 61/150,3101. 一种方法，包括： 检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记，所述衣壳蛋白 包含氨基酸残基122的置换，和 其中如果所述样本包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的 易感性。2. 权利要求1的方法，还包括检查所述生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个 标记，所述衣壳蛋白包含氨基酸残基2和66的至少一个的置换。3. 权利要求2的方法，其中使用能够检测每一个变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标 记的测定法检查样本，所述衣壳蛋白具有氨基酸残基2、66和122的至少一个的置换，并且 其中如果所述样本包含所述变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记，那么所述 受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。4. 任何前述权利要求的方法，还包括检查所述生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至 少一个标记，所述变体JCV VPl衣壳蛋白包含氨基酸片段50-5U54-55和123-125的一个 或多个的缺失。5. 权利要求4的方法，其中使用能够检测每一个变体J...

【专利技术属性】
技术研发人员：利奥尼德·戈雷利克，阿列克谢·卢戈夫斯柯伊，
申请(专利权)人：生物基因IDECMA公司，
类型：发明
国别省市：美国;US