本发明一般涉及重组至少两个核酸序列的方法及其所用试剂。更具体地，本发明涉及在表达ｒｅｃＢＣＤ核酶或其功能衍生物的宿主细胞中重组环形核酸序列和线形核酸序列的方法。本发明的方法可特别地用于通过与线形ＤＮＡ序列同源重组来修饰细菌人工染色体。