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【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物领域,尤其涉及分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法。
技术介绍
1、微生物在陆地生物地球化学循环和维持土壤肥力中起着关键作用。目前,微生物学家和生态学家等通常使用基于dna的方法以确定环境微生物群落的组成和多样性,但大多数情况是,直接从环境样本中提取总dna,忽略了胞外dna库的影响。已有研究表明胞外dna在环境中能够持续存在,会影响对基于dna的环境微生物群落多样性和结构的估计。自然环境中的大多数微生物是以生物膜的形式存在,生物膜基质中含有大量的胞外dna,然而,研究微生物群落层面的多样性和结构应仅包括样本中活的生物体,因此将生物膜中胞内dna和胞外dna进行分离和提取至关重要。另外,胞外dna主要来自于生物膜中死细胞的裂解释放和活细胞的主动分泌,在生物膜形成和水平基因转移等方面发挥着重要作用。因此,提取胞外dna也可以帮助我们了解微生物在环境中的分布、生态功能和遗传交流等方面的信息,对微生物群落结构、抗性基因、功能基因和物质循环等方面的研究具有重要意义。
技术实现思路
1、本专利技术旨在解决传统dna提取技术在提取生物膜样品的dna时无法区分不同dna组分的问题,提供一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法。该方法首先在固体培养基中培养菌落生物膜,然后使用提取剂将生物膜中不同的部分收集起来,分别提取得到胞内dna、胞外dna和总dna,能够实现一次获得3种不同的生物膜dna组分,可对dna各组分进行定量,且具有高收率和高效率。
< ...【技术保护点】
1.一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,包括如下步骤:
2.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所述的提取剂是由20mM Tris-HCl(pH 8.0)和2mM EDTA组成,刮取时使用一次性无菌涂布棒轻轻地来回刮取。
3.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,将混悬液分为不等的3份,其体积比通常为10:1:1。
4.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所述的离心条件为:离心温度为4℃,离心转速为6000~12000rpm,离心时间为1~5min。
5.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所加入的异丙醇需提前预冷,异丙醇与上清液按照体积比为1:1的比例混合,孵育温度为-20℃,反应时间为30~40min。
6.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,
7.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所述的DNase I反应缓冲液由10mM Tris-HCl(pH 7.6)、2.5mM MgCl2和0.5mMCaCl2组成。
8.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,DNase I反应的条件为37℃水浴15min,反应完成后需加入与DNase I相同体积的反应终止缓冲液,成分为EDTA,浓度为50mM。
9.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所述细胞裂解液由10mM Tris-HCl、1mM EDTA和1%SDS组成,其反应条件为37℃水浴加热40~60min,间隔涡旋的时间为20~30min。
10.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种DNA组分的方法,其特征在于,所述溶菌酶溶液浓度为50mg/mL。
...【技术特征摘要】
1.一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法,其特征在于,包括如下步骤:
2.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法,其特征在于,所述的提取剂是由20mm tris-hcl(ph 8.0)和2mm edta组成,刮取时使用一次性无菌涂布棒轻轻地来回刮取。
3.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法,其特征在于,将混悬液分为不等的3份,其体积比通常为10:1:1。
4.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法,其特征在于,所述的离心条件为:离心温度为4℃,离心转速为6000~12000rpm,离心时间为1~5min。
5.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna组分的方法,其特征在于,所加入的异丙醇需提前预冷,异丙醇与上清液按照体积比为1:1的比例混合,孵育温度为-20℃,反应时间为30~40min。
6.根据权利要求1所述的一种分离与提取微生物菌落生物膜中3种dna...
【专利技术属性】
技术研发人员:蔡鹏,高春辉,张玺民,朱韵林,吴一超,黄巧云,
申请(专利权)人:华中农业大学,
类型:发明
国别省市:
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