一种可用双脐螺溯源的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种可用于双脐螺溯源的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，共857bp，其第305位碱基处有一个碱基突变305G→305A，由BstUI限制性内切酶特异识别。通过检测鉴定来源于3个不同地点的90个双脐螺试验群体中该SNP分子标记等位基因的分布情况，发现该SNP分子标记在不同地点的样本等位基因频率接近，多态性丰富，等位基因频率分布差异小，且杂合度大于0.3，初步判定该SNP分子标记可用作双脐螺的DNA溯源。

【技术实现步骤摘要】
一种可用双脐螺溯源的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于分子检测
更具体地，涉及一种双脐螺SNP分子标记及其在溯源中的应用。
技术介绍
双脐螺隶属软体动物门、肺螺亚纲、扁蜷螺科，在已知30余种双脐螺中，光滑双脐螺、藁杆双脐螺、浅滩双脐螺、浦氏双脐螺及亚氏双脐螺等18种均可作为曼氏血吸虫的中间宿主传播血吸虫病，给全球尤其是非洲、南美洲、亚洲等地区造成严重的疾病负担，严重阻碍社会和经济的发展。其中藁杆双脐螺主要分布于加勒比海的圣卢西和巴西的沿海东北部地区的淡水水域内，对曼氏血吸虫有较高的易感性，是当地曼氏血吸虫病传播的重要媒介。在其同类物种中，藁杆双脐螺由于干燥忍受能力强、繁殖力高而具有较强的远距离扩散能力和定殖能力。我国原无双脐螺孳生，后在香港、深圳、东莞均发现此螺；且调查显示，深圳市河流水体双脐螺呈现广泛高密度分布状态，其作为外来物种，已在当地形成淡水螺类优势种群，因此曼氏血吸虫病具有在当地传播和流行的风险，已引起中国疾病预防和控制部门的高度重视。为达到控制病媒、监测疫情、减少曼氏血吸虫病的发生及传播的目的，待解决的关键问题之一是了解双脐螺入侵我国后的遗传变异情况及其种群遗传结构，并寻找其地理特异性分子标记，为科学防控人畜共患寄生虫病提供理论依据。近年来，基于DNA多态性的分子标记技术的出现，为溯源研究提供了有效的检测手段，主要包括AFLP（扩增片段长度多态性）标记、RFLP（限制性内切酶片段长度多态性）、RAPD（随机扩增多态性DNA）标记、SSR（微卫星）标记和SNP（单核苷酸多态性）标记等。AFLP标记是第一代分子标记法，多态性丰富、遗传稳定性强且可靠性高，但其对DNA模板的质量和纯度及操作人员的水平要求较高，统计的时候难度也较大，成本相对较高；SSR标记是第二代分子标记法，具有高度多态性、突变率低且所需模板量较少的优点，但是标记的带型较为复杂，过程繁琐，不适于自动化分型；而SNP作为第三代分子标记，是指基因组同一位点上单个核苷酸的变异，具有分布广、密度高、代表性强、遗传稳定性好等优点，对模板的质量要求不高，一般表现为二等位基因，呈现出非此即彼的特性，易于判型，并且适合高通量自动化检测分型，是目前用于溯源分子标记最为有效的方法。然而，用于溯源的SNP分子标记不同于一般的SNP分子标记，它必须至少具有以下特征：（1）变异度高，等位基因频率接近；（2）种群间等位基因分布频率差异小；（3）杂合度大于0.3。关于溯源的SNP分子标记，专利CN201710607015.8公开了一种用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合及其应用，专利CN201510785854.X、CN201510785895.9及CN201510783449.4均公开了一种猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记及其应用；专利CN201210529628.1公开了一组地理特异性的间日疟原虫分子标记及其在虫株溯源中的应用；目前还未见有用于双脐螺溯源的SNP位点的相关报道。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是克服上述现有技术的缺陷和不足，提供一种双脐螺SNP分子标记，该SNP分子标记可用于鉴定来自不同地点的双脐螺。本专利技术的第一个目的是提供一种可用于双脐螺溯源的SNP分子标记。本专利技术的第二目的是提供所述SNP分子标记在双脐螺溯源中的应用。本专利技术的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：一种双脐螺SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，共857bp，在第305位碱基处有一个碱基替换，为305G或305A，在SEQIDNO.1序列中用n表示该位点。具体地，所述SNP分子标记为双脐螺LOC106060343基因上的片段。进一步地，所述的SNP分子标记由BstUI限制性内切酶特异识别。本专利技术发现SEQIDNO.1所述SNP分子标记的第305位碱基处存在的碱基突变（305G→305A），导致BstUI-RFLP多态性。该基因座由两个等位基因控制，A等位基因只有857bp一个片段，G等位基因有305bp和552bp两个片段，这两个等位基因可组成两种基因型GG，GA。所述的SNP分子标记是通过DNA池（pool）测序获得，并在包括3个地点的试验群体（共计90个个体）中，分析该SNP分子标记在试验群体中等位基因的分布情况，发现该分子标记在不同种群间的等位基因频率接近，多态性丰富，等位基因频率分布差异小，且杂合度大于0.3，初步判定该SNP分子标记可用作双脐螺的DNA溯源。因此，本专利技术还请求你保护所述SNP分子标记在双脐螺DNA溯源或在制备双脐螺DNA溯源的产品中的应用。一种检测鉴定双脐螺中上述SNP分子标记的方法，具体包括以下步骤：（1）提取双脐螺基因组DNA；（2）以步骤（1）的DNA为模板，PCR扩增双脐螺LOC106060343基因的DNA片段（SEQIDNO.1），测序并分析其SNP位点基因分型情况。优选地，步骤（2）所述PCR扩增引物包括上游引物和下游引物，其核苷酸序依次如SEQIDNO.2～3所示。优选地，步骤（2）中，获得LOC106060343基因的DNA片段后，可通过PCR-BstUI-RFLP的方法快速检测鉴定双脐螺中上述SNP位点的基因分型情况。本专利技术还请求保护所述引物对在双脐螺DNA溯源或在制备双脐螺DNA溯源试产品中的应用。一种用于双脐螺DNA溯源的产品，包含检测鉴定上述SNP分子标记的引物对。优选地，所述引物对包括上游引物和下游引物，其核苷酸序依次如SEQIDNO.2～3所示。优选地，还包含限制性内切酶BstUI，可通过酶切快速检测鉴定双脐螺的基因型。优选地，所述产品为双脐螺DNA溯源试剂盒。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术提供了一种SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，共857bp，其第305位碱基处有一个碱基突变305G→305A，由BstUI限制性内切酶特异识别。在来源于3个不同地点的90个双脐螺试验群体中，发现该SNP分子标记在不同地点的样本等位基因频率接近，多态性丰富，等位基因频率分布差异小，且杂合度大于0.3，初步判定该SNP分子标记可用作双脐螺的DNA溯源。附图说明图1为双脐螺LOC106060343基因片段BstUI-RFLP酶切图。图1中泳道自左至右依次为DNAmarker，GG基因型个体、GA基因型个体。具体实施方式以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本专利技术，但实施例并不对本专利技术做任何形式的限定。除非特别说明，本专利技术采用的试剂、方法和设备为本
常规试剂、方法和设备。除非特别说明，以下实施例所用试剂和材料均为市购。实施例1SNP分子标记的查找（1）DNA池（pool）的构建分别随机采集深圳、东莞和香港地区的双脐螺各2只，提取其基因组DNA后，等量吸取6个个体的DNA放入同一离心管中，混匀待用。（2）引物设计以双脐螺LOC106060343基因的DNA序列（Genbank:NW_013232000.1）为模板，设计引物分离双脐螺LOC106060343基因的DNA片段，引物如下：上游引物：5´-GCTCTGTCTCTTCTTCAGGC-3´（如SEQIDNO.2所示）下游引物：5´-GTGTTGATAGGGGTGAAAACGA-3´（如SE本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种可用于双脐螺溯源的SNP分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在第305位碱基处有一个碱基替换，为305G或305A。

【技术特征摘要】
1.一种可用于双脐螺溯源的SNP分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，在第305位碱基处有一个碱基替换，为305G或305A。2.权利要求1所述的SNP分子标记在双脐螺DNA溯源或在制备双脐螺DNA溯源的产品中的应用。3.一组用于扩增权利要求1所述SNP分子标记的引物对，其特征在于，包括上游引物和下游引物，其核苷酸序依次如SEQIDNO.2～3所示。4.利要求3所述的引物对在双脐螺DNA溯源或在制备双脐螺DNA溯源试产品中的应用。5.一种检测鉴定双脐螺中权利要求1所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：吕志跃，胡玥，郑羽茜，黄萍，周洪利，马玉斌，周昱旻，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：广东,44