一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了属于分子标记育种技术领域的一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记对应于罗氏沼虾ND1基因A571‑位点，此处碱基为A或C。本发明专利技术的SNP分子标记与罗氏沼虾体尺(头胸甲长、眼窝距、尾节宽、头胸甲高、第一腹节高)及生长(肉质的pH值)性状相关，是一个新的分子标记，通过确定待测罗氏沼虾SNP位点的基因型从而对罗氏沼虾的体尺(头胸甲长、眼窝距、尾节宽、头胸甲高、第一腹节高)及生长(肉质的pH值)性状进行早期选育，可有效节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于罗氏沼虾的选育，既能满足巨大的市场需求，又具有很大的经济应用价值和科研价值。

【技术实现步骤摘要】
一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于分子标记育种
，特别涉及一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
分子标记辅助育种(MarkerAssistedSelection，MAS)是利用分子标记与决定目标性状的基因紧密连锁的特点，在动植物育种过程中筛选与重要的经济性状(如体重、生长速度、抗逆性等)相关的分子标记，并在育种过程中构建带有相关分子标记的选育群体，以达到选择目标性状的目的的一种育种方法，其具有目标性强，准确性高的特点，能够大幅度提高育种效率，缩短育种年限。单核苷酸位点多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)是基因组上由单个核苷酸产生的碱基变异，其具有分布数量多、多态性丰富等特点，是继微卫星分子标记之后又一重要的分子遗传标记，被称为第三代分子遗传标记。该标记已广泛应用于动植物标记辅助育种、基因定位、遗传多样性研究等领域。ND1基因即编码NADH脱氢酶亚基1的基因，NADH脱氢酶亚单位1(NADHdehydrogenasesubunit1，ND1)基因是mtDNA的蛋白编码基因，包括细胞色素b、细胞色素氧化酶的3个亚基、ATP酶的2个亚基以及NADH脱氢酶的7个亚基的编码序列，负责编码的蛋白是NADH脱氢酶的亚基Ⅰ。NADH脱氢酶是呼吸链复合体Ⅰ的主要组成，通过在呼吸链中直接参与氢与电子传递并通过氧化磷酸化产生ATP去参与能量代谢作用。因而，一定程度上影响着动物外源营养物质的获取、同化利用及转运等生命代谢活动进而对动物的性状起决定性的作用。国内外关于物种ND1基因多样性研究较多，如三尾凤蝶(Bhutanitisthaidina)、无蹼壁虎(Gekkoswinhonis)、雨蛙(Hylid)等地理亲缘关系和遗传规律的探讨。当前，候灵玲发现了鸡NDl基因A4589G突变与盲肠长度、8周龄胸深、8周龄胸骨长和8周龄胫长、腿肌长度和腿肌宽度、葡萄糖、乳酸脱氢酶、腹脂、腹脂率和皮下脂肪厚度影响分别有显著的相关性。罗氏沼虾，又称马来西亚大虾，淡水大虾，大长臂大虾，隶属于节肢动物门、软甲纲、十足目、长臂虾科、沼虾属，是世界上最大型的热带淡水虾之一，具有生长快、食性广、耐高温、抗病力强、养殖周期短、口感鲜嫩以及营养成分丰富等特点而广受消费者青睐。原产于印度太平洋地区，生活在各种类型的淡水或咸淡水水域，后来被不少国家和地区移养繁殖，成为当地主要淡水养殖虾类。目前，罗氏沼虾在中国的养殖面积高达60多万亩，但罗氏沼虾的良种数量远不能满足其庞大的产业规模和巨大的苗种需求，因此，罗氏沼虾的早期选育显得十分迫切和意义重大。
技术实现思路
为克服以上现有技术中的不足或缺陷，本专利技术提供了一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用，可通过确定待测罗氏沼虾SNP位点的基因型从而对罗氏沼虾的体尺(头胸甲长、眼窝距、尾节宽、头胸甲高、第一腹节高)及生长(肉质的pH值)性状进行早期选育，无需受罗氏沼虾的年龄、性别等限制，可有效用于罗氏沼虾的早期选育，促进罗氏沼虾的选育进程。本专利技术所采取的技术方案是：一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于罗氏沼虾ND1基因A571-位点，此处碱基为A或C。所述SNP分子标记在罗氏沼虾早期选育中的应用。一种罗氏沼虾体尺及生长性状早期选育的方法，为根据罗氏沼虾ND1基因A571-位点的基因型对罗氏沼虾体尺及生长性状进行早期选育，包括如下步骤：(1)设计特异性扩增含有罗氏沼虾ND1基因A571-位点的基因片段的引物对；(2)提取待测罗氏沼虾的基因组DNA；(3)以步骤(1)所得的引物对对罗氏沼虾的基因组DNA进行PCR扩增，检测扩增所得基因片段的SNP位点的基因型；(4)基于SNP位点的基因型对罗氏沼虾体尺及生长性状进行早期选育。作为上述方案的进一步改进，所述PCR扩增的引物序列为ND1-F：5’-GATAAAGTAGGCTATGCTGG-3’(SEQID№1)，ND1-R：3’-CCTCCTCTGTACTCGGTATT-5’(SEQID№2)。作为上述方案的进一步改进，所述PCR扩增采用的扩增仪为BIO-RADT100PCR仪。本专利技术的有益效果是：本专利技术提供了一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于罗氏沼虾ND1基因A571-位点，此处碱基为A或C。所述罗氏沼虾中ND1基因的核苷酸序列自5’端571位碱基A或C与罗氏沼虾的体尺及生长性状显著相关，即罗氏沼虾ND1基因A571-位点上的SNP分子标记与罗氏沼虾体尺(头胸甲长、眼窝距、尾节宽、头胸甲高、第一腹节高)及生长(肉质的pH值)性状相关，是一个新的分子标记，通过确定待测罗氏沼虾SNP位点的基因型从而对罗氏沼虾体尺(头胸甲长、眼窝距、尾节宽、头胸甲高、第一腹节高)及生长(肉质的pH值)性状进行早期选育，可有效节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于罗氏沼虾的早期选育，既能满足巨大的市场需求，又具有很大的经济应用价值和科研价值。附图说明图1为罗氏沼虾ND1基因部分片段的PCR产物电泳图；图2为罗氏沼虾ND1基因571突变位点基因型突变序列比对。具体实施方式下面结合实施例对本专利技术进行具体描述，以便于所属
的人员对本专利技术的理解。有必要在此特别指出的是，实施例只是用于对本专利技术做进一步说明，不能理解为对本专利技术保护范围的限制，所属领域技术熟练人员，根据上述
技术实现思路
对本专利技术所作出的非本质性的改进和调整，应仍属于本专利技术的保护范围。同时下述所提及的原料未详细说明的，均为市售产品；未详细提及的工艺步骤或制备方法为均为本领域技术人员所知晓的工艺步骤或制备方法。试验用的罗氏沼虾养殖群体的来源：广东(GD)采47个样品；广西1(GX1)采76个样品；广西2(GX2)采35个样品；海南(HN)采44个样品，均由三水白金育种公司的种苗基提供，在相同的环境条件下饲养了106日，于2017年7月随机采集成虾。实施例1一、SNP分子标记的检测1.设计引物：设计特异性扩增含有罗氏沼虾ND1基因A571-位点的基因片段的引物对。利用软件Primer5.0，以GenBank中罗氏沼虾的ND1基因(GenBank：NC_006880.1)作参考设计的特异性扩增引物，所扩增的引物序列为上游F：5’-GATAAAGTAGGCTATGCTGG-3’(SEQID№1)，20bp；下游R：3’-CCTCCTCTGTACTCGGTATT-5’(SEQID№2)，20bp。最适温度为48.8℃，产物长度为542bp，由广州生工生物工程有限公司合成。2.罗氏沼虾基因组DNA的提取使用OMEGAD的全血试剂盒，具体步骤如下：(1)每个样品取150μL的血样，加入缓冲液ElutionBuffer，旋涡混匀10s；(2)每个样品加入500μL的BufferGL裂解液，手动摇匀20s，静置20min；(3)加入100μL的GL2溶解液后，溶液出现白色浑浊，旋涡混匀60s后，13000×g高速离心15min，离心后出现固液分离的现象；(4)把离心后的上清液转移到吸附柱中，10000×g高速离心1min，倒掉吸附柱管中的废液；(5本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于罗氏沼虾ND1基因A571‑位点，此处碱基为A或C。

【技术特征摘要】
1.一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于罗氏沼虾ND1基因A571-位点，此处碱基为A或C。2.一种与罗氏沼虾体尺及生长性状相关的SNP分子标记的应用，其特征在于，将权利要求1所述的SNP分子标记应用在罗氏沼虾早期选育中。3.一种罗氏沼虾体尺及生长性状早期选育的方法，其特征在于，根据权利要求1所述SNP位点的基因型对罗氏沼虾体尺及生长性状进行早期选育。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)设计特异...

【专利技术属性】
技术研发人员：冯艺，陈文强，杨虹，李浩杰，李镇养，袁启志，刘咸，陈文坚，张志浩，陈建酬，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：广东,44