与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记制造技术

本发明专利技术属于甜瓜基因工程技术领域，具体涉及一个与甜瓜（Cucumis melo L.）蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记及其应用专利申请事宜。该分子标记命名为CmSSR17253；由CmSSR17253‑F和CmSSR17253‑R组成。该分子标记可用于识别、定位甜瓜短蔓基因si和正常蔓基因SI，用于分子标记辅助育种。本申请能够较好克服现有常规育种筛选、鉴定方法的时间周期长、工作量大等缺陷，从而大幅加速育种进程；另一方面，由于借助于PCR扩增方法进行检测，具有特异性好、准确度高、鉴定效率高等优点，可在甜瓜幼苗早期即可准确判定甜瓜材料表型，从而有针对性开展后续育种工作。

Molecular markers closely linked to SI/si of melon stem length trait

The invention belongs to the field of melon genetic engineering technology, in particular to a molecular marker closely linked with the melon (Cucumis melo L.) vine length trait gene SI/si and its application patent application. The molecular marker is named CmSSR17253, consisting of CmSSR17253 F and CmSSR17253 R. The molecular marker can be used to identify and locate the short and normal vine genes of melon, and to assist in molecular marker-assisted breeding. This application can overcome the shortcomings of the existing conventional breeding screening and identification methods, such as long time period and heavy workload, thus greatly speeding up the breeding process. On the other hand, due to the advantages of good specificity, high accuracy and high identification efficiency, it can be used in the early stage of muskmelon seedling detection by means of PCR amplification method. Accurate identification of melon phenotypes, so as to carry out targeted breeding follow-up work.

【技术实现步骤摘要】
与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记
本专利技术属于甜瓜基因工程
，具体涉及一个与甜瓜（CucumismeloL.）蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记及其应用专利申请事宜。
技术介绍
甜瓜(CucumismeloL.)是葫芦科甜瓜属一年生蔓生草本植物，具有营养物质含量丰富、适应性广、产量高、易运输等特点，在我国瓜菜周年供应以及出口创汇中占有重要的地位。随着甜瓜产业的迅速发展，现在我国大多地区甜瓜种植多采用日光温室或大棚等设施栽培方式，该类栽培方式以直立式栽培为主。普通甜瓜瓜蔓长度约为2m左右，株型较高，在设施栽培中会影响植株光照利用效率，且高植株的田间管理费时费力，不利于设施栽培管理。因此，理想高度株型的甜瓜种质资源对选育更适于温室、大棚等设施栽培及机械化采收的甜瓜新品种具有十分重要的意义。专利技术人的初步研究表明，甜瓜蔓茎长短这一表型性状由SI/si基因控制。甜瓜短蔓基因si是单基因隐性遗传基因，所以用于制备短蔓甜瓜品种时的双亲材料必需同时含有si基因。同时由于si杂合材料表型表现为正常型，无法直接通过外观性状判断其是否含有甜瓜短蔓基因si，故传统育种时需通过对其进行自交、测交等方式鉴定其基因型。这不仅加大了工作量，而且延缓了育种进程。DNA分子标记辅助育种技术可以在分子水平上利用与目标性状基因紧密连锁的分子标记准确鉴定植株的基因型，且不受周围环境和时间的影响，可有效减少工作量，加速育种进程。因此与SI/si紧密连锁的分子标记的获得和利用将对甜瓜短蔓材料的选育提供极大的帮助。
技术实现思路
本申请目的在于提供一个与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si（short-internode）紧密连锁的分子标记CmSSR17253，该SSR分子标记具有特异性强、稳定性好的特点，可以用于筛选、鉴定甜瓜材料中是否含有短蔓基因si。本专利技术的技术方案详述如下。与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记，该分子标记命名为CmSSR17253；甜瓜蔓茎长短的表型性状，分为正常蔓茎（长蔓茎）和短蔓茎，正常蔓茎材料中，含有SI基因，为显性控制（基因型为SI/si、或者SI/SI）；短蔓茎材料中，含短蔓基因si，为隐性控制（基因型为si/si）；所述分子标记CmSSR17253，由一对PCR扩增用的上游引物（CmSSR17253-F）和下游引物（CmSSR17253-R）组成，具体碱基序列如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示，具体如下：CmSSR17253-F：5'-ACATACCCAAGCCCACTCAG-3'，CmSSR17253-R：5'-ACAAAAATGGTCCCCAACAA-3'。利用所述CmSSR17253引物对进行PCR扩增时，如果扩增模板为纯合正常长蔓茎表型甜瓜材料（SI/SI），扩增特征条带为199bp，碱基序列如SEQIDNO.3所示，具体为：ACATACCCAAGCCCACTCAGCAATCTCTCAACATCCTGACAAAATAATAATAATAATAATAATAATAAGGAACCTATTTAGGGGAGTGGGGGGGGTTATTTTCGTCATTCGCCATTCAAAGCAAAAGGACATATCACTCATGATTTAGAGATTCCAGAAAATGATGGCTTTTTGGCCACTTGTTGGGGACCATTTTTGT；所述正常型甜瓜材料，具体例如为正常型甜瓜材料M323；如果扩增模板为短蔓茎表型（si/si）甜瓜材料，扩增特征条带为202bp，碱基序列如SEQIDNO.4所示，具体为：ACATACCCAAGCCCACTCAGCAATCTCTCAACATCCTGACAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAGGAACCTATTTAGGGGAGTGGGGGGGGTTATTTTCGTCATTCGCCATTCAAAGCAAAAGGACATATCACTCATGATTTAGAGATTCCAGAAAATGATGGCTTTTTGGCCACTTGTTGGGGACCATTTTTGT；所述短蔓甜瓜材料，具体例如为短蔓甜瓜材料M406；如果扩增模板为杂合的正常长蔓茎表型甜瓜材料（SI/si），则扩增特征条带包括上述199bp的SEQIDNO.3和202bp的SEQIDNO.3两个条带。利用所述与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253，可制备用于鉴定是否包含短蔓基因si的甜瓜种质资源PCR扩增用试剂盒，该试剂盒中除包含必须的CmSSR17253引物外，还应包括PCR反应和电泳分析所需的试剂。所述与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253在甜瓜育种中的应用，用于识别、定位甜瓜短蔓基因si和/或正常蔓基因SI，用于分子标记辅助育种。利用与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253鉴别甜瓜种质资源是否含有短蔓基因si基因的筛选方法，具体包括如下步骤：（1）对筛选鉴定的甜瓜材料的基因组DNA进行提取；（2）以步骤（1）所提取基因组DNA为模板，利用CmSSR17253引物进行PCR扩增；10μL扩增反应体系可参考设计如下：基因组DNA模板，30ng/μL、1μL；CmSSR17253-F引物，0.5μL、5μmol/L；CmSSR17253-R引物，0.5μL、5μmol/L；PCRMagicMix，5.0μL；ddH2O，3.0μL；PCR扩增程序为：94℃、5min；94℃、30s，55℃、30s，72℃、30s，35个循环；72℃、5min；对PCR扩增产物4℃保存备用，或者直接进行电泳检测；电泳检测时，具体例如进行8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，电泳时：聚丙烯酰胺凝胶电泳缓冲液为0.6×TBE，200V恒压电泳1~1.5h，最后银染显色；（3）依据步骤（2）中的电泳结果进行判定，具体而言：如果电泳条带包含有202bp条带，则表明待筛选鉴定甜瓜材料中含有短蔓基因si；如果电泳条带仅有199bp条带，则表明待筛选鉴定甜瓜材料中不含有短蔓基因si。总体而言，本申请首次提供了与甜瓜短蔓基因si紧密连锁的分子标记CmSSR17253，及利用该分子标记对si基因进行快速准确筛选的方法，可在甜瓜生长的任意阶段进行筛选、检测和判定，能够较好克服现有常规育种筛选、鉴定方法的时间周期长、工作量大等缺陷，从而大幅加速育种进程；另一方面，由于借助于PCR扩增方法进行检测，具有特异性好、准确度高、鉴定效率高等优点，可在甜瓜幼苗早期即可准确判定甜瓜材料表型（是否含有短蔓基因si），从而有针对性开展后续育种工作。总之，由于分子辅助育种技术的便捷性、高效性等技术优势，使得本申请所提供分子标记及筛选鉴定方法在甜瓜育种中具有很好的实用价值和推广应用意义。附图说明图1为短蔓甜瓜材料M406和正常型甜瓜材料M323；图2为分子标记CmSSR17253在M323×M406的F2群体部分单株中的扩增结果；从左至右泳道1是正常亲本M323，泳道2是短蔓亲本M406，泳道3是F1，泳道4-63是F2群体中随机挑选的60植株的PCR扩增结果；下面的条带代表与SI基因连锁，上面的条带代表与si基因连锁；图3为甜瓜短蔓本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记，其特征在于，该分子标记命名为CmSSR17253；所述分子标记CmSSR17253，由一对PCR扩增用的上游引物CmSSR17253‑F和下游引物CmSSR17253‑R组成，具体碱基序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，具体如下：CmSSR17253‑F：5'‑ ACATACCCAAGCCCACTCAG‑3'，CmSSR17253‑R：5'‑ACAAAAATGGTCCCCAACAA‑3'。

【技术特征摘要】
1.与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记，其特征在于，该分子标记命名为CmSSR17253；所述分子标记CmSSR17253，由一对PCR扩增用的上游引物CmSSR17253-F和下游引物CmSSR17253-R组成，具体碱基序列如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示，具体如下：CmSSR17253-F：5'-ACATACCCAAGCCCACTCAG-3'，CmSSR17253-R：5'-ACAAAAATGGTCCCCAACAA-3'。2.利用权利要求1所述与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253所制备的用于鉴定是否包含短蔓基因si的甜瓜种质资源PCR扩增用试剂盒，其特征在于，该试剂盒中包含CmSSR17253分子标记，即，包含引物对CmSSR17253-F和CmSSR17253-R。3.权利要求1所述与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253在甜瓜育种中的应用，其特征在于，用于识别、定位甜瓜短蔓基因si和正常蔓基因SI，用于分子标记辅助育种。4.利用权利要求1所述与甜瓜蔓茎长短性状基因SI/si紧密连锁的分子标记CmSSR17253鉴别甜瓜种质资源是否含有短蔓基因si基因的筛选方法，其特征在于，具体包括如下步骤：（1）对筛选鉴定的甜瓜材料的基因组DNA进行提取；（2）以步骤（1）所提取基因组DNA为模板，利用CmSSR17253引物进行PCR扩增；并对扩增产物进行电泳检测；（3）依据步骤（2）中的电泳结果进行判定，具体而言：如果电泳条带包含有202bp条带，则表明待筛选鉴定甜瓜材料中含有短蔓基因si；如果电泳条带仅有199bp条带，则表明待筛选鉴定甜瓜材料中不含有短蔓基因si；所述199bp条带，碱基序列如...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨路明，朱华玉，刘东明，张肖静，胡建斌，侯娟，孙守如，
申请(专利权)人：河南农业大学，
类型：发明
国别省市：河南,41