【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】测序技术中的脱靶捕捉降低对相关申请的交叉引用本申请要求于2015年10月7日提交的标题为“DATA-GUIDEDDESIGNOFHYBRIDCAPTUREOFF-TARGETREDUCERS”的美国临时申请No.62/238,411的优先权,其公开内容通过引用并入本文用于所有目的。专利技术背景本公开一般涉及核酸测序
更具体地,本公开涉及用于富集靶物捕捉并且降低靶向测序工作流中待测序的核酸的脱靶捕捉的技术。下一代测序(NGS)平台的测序方法通常利用核酸片段文库。在靶向测序技术中,从核酸文库中分离含有基因组的感兴趣基因或区域的片段的亚组并对其测序。使用NGS的靶向性方法使研究人员将时间、费用和数据分析集中在特定的感兴趣领域。此类靶向分析可以包括外显子组(基因组的蛋白质编码部分)、感兴趣的特定基因(定制内容)、基因内的靶物、或线粒体DNA。靶向性方法与更全面的全基因组测序方法形成对比,但也涉及对所有用户可能不感兴趣的基因组测序区域。在靶向测序技术的一个实例中,杂合捕捉方法使用与核酸文库中的靶序列杂交的探针组或集。探针与靶序列的杂交允许将这些序列与测序文库中的片段的剩余部分分开。通过仅靶向核酸文库的一部分,杂合捕捉方法避免了不含感兴趣序列的脱靶(off-target)核酸片段的测序。然而,与基于扩增子的靶物富集方法不同,杂合捕捉方法具有较高的脱靶测序率,并且继而降低了中靶(on-target)特异性。例如,尽管使用商业杂交封闭剂如Cot1、tRNA、鲑鱼精DNA、聚(dIdC)和靶向文库片段通用衔接头的封闭剂,但某些杂合捕捉方法通常仅实现40%-60%的效率 ...
【技术保护点】
1.降低靶向测序反应中的脱靶捕捉的方法,其包括:提供一组脱靶杂交探针,其特异性结合存在于从样品产生的核酸文库中的多个脱靶序列,所述核酸文库包含多个核酸片段;提供一组靶物特异性杂交探针,其特异性结合存在于所述核酸文库中的多个靶序列;在所述脱靶杂交探针与所述脱靶序列杂交的条件下使所述脱靶杂交探针与所述核酸文库接触;在所述靶物特异性杂交探针与所述靶序列杂交的条件下使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触;从所述核酸文库中选择与所述靶物特异性杂交探针结合的一组核酸片段;并且对与所述靶物特异性杂交探针结合的所述一组核酸片段测序。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.10.07 US 62/238,411;2016.10.05 US 15/286,3741.降低靶向测序反应中的脱靶捕捉的方法,其包括:提供一组脱靶杂交探针,其特异性结合存在于从样品产生的核酸文库中的多个脱靶序列,所述核酸文库包含多个核酸片段;提供一组靶物特异性杂交探针,其特异性结合存在于所述核酸文库中的多个靶序列;在所述脱靶杂交探针与所述脱靶序列杂交的条件下使所述脱靶杂交探针与所述核酸文库接触;在所述靶物特异性杂交探针与所述靶序列杂交的条件下使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触;从所述核酸文库中选择与所述靶物特异性杂交探针结合的一组核酸片段;并且对与所述靶物特异性杂交探针结合的所述一组核酸片段测序。2.权利要求1的方法,其包括不对与所述脱靶杂交探针结合的不同组的核酸片段测序。3.权利要求1的方法,其包括在所述选择后对所述不同组的核酸片段测序,并提供所述不同组的测序数据以测定所述靶物特异性杂交探针或所述脱靶杂交探针之一或两者的质量度量(qualitymetric)。4.权利要求1的方法,其中所述核酸文库包含基因组DNA片段,并且所述脱靶杂交探针对鉴定为脱靶序列的基因组序列是特异性的。5.权利要求4的方法,其中所述基因组DNA片段源自人基因组DNA。6.权利要求1的方法,其中在存在全局杂交封闭剂(globalhybridizationblocker)的情况下进行使所述脱靶杂交探针与所述核酸文库接触或使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触之一或两者。7.权利要求6的方法,其中所述全局杂交封闭剂包含Cot1DNA、tRNA、鲑鱼精DNA、聚(dIdC)和靶向文库片段的通用衔接头的封闭剂中的一种或多种。8.权利要求1的方法,其中所述脱靶杂交探针对脱靶序列是特异性的,所述脱靶序列通过评估与所述靶物特异性杂交探针接触的参照核酸文库的脱靶序列数据鉴定。9.权利要求1的方法,其中同时进行使所述脱靶杂交探针与所述核酸文库接触以及使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触。10.权利要求1的方法,其中在使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触之前进行使所述脱靶杂交探针与所述核酸文库接触。11.权利要求10的方法,其中从所述核酸文库中选择与所述靶物特异性杂交探针结合的所述一组核酸片段包括在使所述靶物特异性杂交探针与所述核酸文库接触之前除去与所述脱靶杂交探针结合的核酸片段。12.权利要求1的方法,其中所述脱靶杂交探针是5’未修饰的并且所述靶物特异性杂交探针是5’生物素化的。13.权利要求1的方法,其中所述脱靶杂交探针和所述靶物特异性杂交探针是5’生物素化的。14.权利要求1的方法,其中选择所述组包括使用结合所述脱靶杂交探针或所述靶物特异性杂交探针之一或两者的链霉亲合素珠。15.权利要求1的方法,其中所述靶物特异性杂交探针对外显子序列是特异性的,并且所述脱靶杂交探针对内含子序列或基因间序列之一或两者是特异性的。16.权利要求1的方法,其中所述靶物特异性杂交探针包含对第一数目的不同靶序列特异性的多个探针,其中所述脱靶杂交探针包含对第二数目的不同脱靶杂交序列特异性的多个探针,并且其中所述第一数目大于所述第二数目。17.权利要求16的方法,其中经由用户规定的...
【专利技术属性】
技术研发人员:滕莉,谢嘉凌,C林,庄涵宇,
申请(专利权)人:亿明达股份有限公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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