【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症中免疫治疗的基因标签
本专利技术涉及可用于诊断来自不同解剖部位的癌症的分子诊断测试,其包括使用与DNA损伤相关的免疫应答亚型。本专利技术包括使用44种基因的分类模型来鉴定与DNA损伤修复缺陷分子亚型相关的这种免疫应答。一项应用是对针对治疗药物种类的响应进行分层并选择患者,所述治疗药物种类包括抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂。另一项应用是将癌症患者分层为对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂作出响应的那些和对其不作出响应的那些。本专利技术提供了可以指导常规治疗选择以及选择患者组用于在新治疗剂的临床试验评价期间进行富集策略的测试。可以由新鲜/冷冻(fresh/frozen,FF)或福尔马林固定石蜡包埋(formalinfixedparaffinembedded,FFPE)患者样品鉴定先天性免疫途径STING/TBK1/IRF3活化的癌症亚型。
技术介绍
生物制药工业不断追求比当前施用的药物更有效、更具特异性或具有更少副作用效果的新药物治疗选择。由于人群中的遗传变异使得很多药物的有效性显著不同,因此正不断开发新型或替选的药物治疗。因此,尽管当前有广泛多种药物治疗选择可供利用,但是总是需要更多的药物治疗以防患者不能受益。传统上,医师使用的治疗模式一直是以对治疗疾病可产生最高成功率的一线药物治疗开处方。如果第一种无效的话,则以替选药物治疗开处方。这种治疗模式显然对于某些疾病而言不是最佳的方法。例如,在如癌症的疾病中,第一治疗通常是最重要的,并且为成功治疗提供最佳机会,因此非常需要选择对特定患者疾病最有效的初始药物。预期 ...
【技术保护点】
预测针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于预测针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.07.21 GB 1512869.7;2015.10.05 US 62/237,4971.预测针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于预测针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。2.权利要求1所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高预测具有针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。3.权利要求1或2所述的方法,其包括确定至少两种所述基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)预测具有针对抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。4.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,预测具有响应性。5.预测针对与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于预测针对与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。6.权利要求5所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高预测具有针对与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。7.权利要求5或6所述的方法,其包括确定至少两种所述基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)预测具有针对与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂的响应性。8.权利要求5至7中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,预测具有响应性。9.鉴定可用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于鉴定可用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。10.权利要求9所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高鉴定为可用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。11.权利要求9或10所述的方法,其包括确定至少两种基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)鉴定为可用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。12.权利要求9至11中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,鉴定为可有效治疗的癌症。13.鉴定可用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于鉴定可用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。14.权利要求13所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高鉴定为可用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。15.权利要求13或14所述的方法,其包括确定至少两种所述基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)鉴定为可用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂有效治疗的癌症。16.权利要求13至15中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,鉴定为可有效治疗的癌症。17.针对癌症选择治疗的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于选择用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。18.权利要求17所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高用于选择用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。19.权利要求17或18所述的方法,其包括确定至少两种所述基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)用于选择用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。20.权利要求17至19中任一项所述的方法,其还包括使用所选择的拮抗剂和/或激动剂来治疗所述癌症。21.权利要求17至20中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,选择使用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂。22.针对癌症选择治疗的方法,其包括:确定来自对象的样品中选自2B、2A或1的至少一种基因的表达水平,其中所确定的表达水平用于选择用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。23.权利要求22所述的方法,其中所述至少一种基因的表达水平提高用于选择用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。24.权利要求22或23所述的方法,其包括确定至少两种所述基因的表达水平,并且所确定的表达水平用于生成组合测试评分,其中阳性组合测试评分(一般高于阈值,但是可等于或高于阈值)用于选择用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂来治疗所述癌症。25.权利要求22至24中任一项所述的方法,其还包括使用所选择的与DNA损伤治疗剂组合的拮抗剂和/或激动剂来治疗所述癌症。26.权利要求22至25中任一项所述的方法,其包括:(i)推导捕获所述表达水平的组合测试评分;(ii)提供包含使所述组合测试评分与响应性相关联之信息的阈值评分;(iii)以及将所述组合测试评分与所述阈值评分进行比较;其中当所述组合测试评分超过所述阈值评分时,选择使用与DNA损伤治疗剂组合的抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂。27.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定选自以下的至少6种基因的表达水平:CXCL10、MX1、IDO1、IFI44L、CD2、GBP5、PRAME、ITGAL、LRP4、APOL3、CDR1、FYB、TSPAN7、RAC2、KLHDC7B、GRB14、AC138128.1、KIF26A、CD274、CD109、ETV7、MFAP5、OLFM4、PI15、FOSB、FAM19A5、NLRC5、PRICKLE1、EGR1、CLDN10、ADAMTS4、SP140L、ANXA1、RSAD2、ESR1、IKZF3、OR211P、EGFR、NAT1、LATS2、CYP2B6、PTPRC、PPP1R1A和AL137218.1。28.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定选自CD2、ITGAL、PTPRC、CXCL10和IDO1的至少一种基因以及选自以下的至少一种另外基因的表达水平:MX1、IFI44L、GBP5、PRAME、LRP4、APOL3、CDR1、FYB、TSPAN7、RAC2、KLHDC7B、GRB14、AC138128.1、KIF26A、CD274、CD109、ETV7、MFAP5、OLFM4、PI15、FOSB、FAM19A5、NLRC5、PRICKLE1、EGR1、CLDN10、ADAMTS4、SP140L、ANXA1、RSAD2、ESR1、IKZF3、OR211P、EGFR、NAT1、LATS2、CYP2B6、PPP1R1A和AL137218.1。29.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定选自表1的至少12种基因的表达水平。30.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定以下基因的表达水平:选自CD2、ITGAL、PTPRC、CXCL10、IDO1、CD3D、HLA-DPB1、CXCL9、CCL5、STAT1、IL2RG、CD3E、IRF1、IKZF3和IGJ的至少一种基因以及选自表1(中剩余基因)的至少一种另外基因或者来自表2B(44种基因的组)(中剩余基因)的至少一种另外基因。31.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定以下每一种的表达水平:CXCL10、MX1、IDO1、IFI44L、CD2、GBP5、PRAME、ITGAL、LRP4、APOL3、CDR1、FYB、TSPAN7、RAC2、KLHDC7B、GRB14、AC138128.1、KIF26A、CD274、CD109、ETV7、MFAP5、OLFM4、PI15、FOSB、FAM19A5、NLRC5、PRICKLE1、EGR1、CLDN10、ADAMTS4、SP140L、ANXA1、RSAD2、ESR1、IKZF3、OR211P、EGFR、NAT1、LATS2、CYP2B6、PTPRC、PPP1R1A和AL137218.1。32.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定来自表4至45中任一个的每一种基因的表达水平。33.前述权利要求中任一项所述的方法,其中每种基因的权重值如表2B所示,或者其中每种基因的权重和/或偏倚值如表3至45中任一个所示。34.前述权利要求中任一项所述的方法,其包括确定以下基因的表达水平:CCL5、CXCL9和CXCL10中至少一种且多至全部的,以及选自表1(中剩余基因)的至少一种另外基因或者来自表2B(44种基因的组)(中剩余基因)的至少一种另外基因。35.前述权利要求中任一项所述的方法,其中确定所述表达水平采用来自表2E的至少一种引物或引物对和/或来自表2E的至少一种探针。36.前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述组合测试评分(或“标签评分”)根据下式推导:其中wi是每种基因的权重,bi是基因特异性偏倚,gei是预处理后的基因表达,并且k是常值偏移。37.治疗癌症的方法,其包括向对象施用抑制性免疫检查点的拮抗剂和/或刺激性免疫检查点的激动剂,其特征在于,在施用之前来自所述对象的样品显示出由来自表2B、2A或1的至少两种基因确定的表达水平所推导的阳性组合测试评分,或者来自表2B、2A或1的至少一种基因的表达水平提高。38.治疗癌症的方法,其包括将与DNA损伤治...
【专利技术属性】
技术研发人员:提摩西·戴维森,祖德·奥唐奈,马克斯·比勒舍,菲奥努阿拉·帕特森,史蒂夫·德哈罗,劳拉·A·希尔,凯瑟琳·E·基廷,维塔利·普劳茨基,丹尼斯·保罗·哈金,理查德·肯内迪,尼古拉斯·戈法尔,史蒂文·瓦尔克,劳拉·塔格特,艾琳·帕克斯,
申请(专利权)人:阿尔麦克诊断有限公司,
类型:发明
国别省市:英国,GB
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