常染色体隐性非综合征型耳聋致病基因制造技术

本发明专利技术涉及常染色体隐性疾病，更具体而言本发明专利技术涉及常染色体隐性非综合征型耳聋致病基因。

【技术实现步骤摘要】
常染色体隐性非综合征型耳聋致病基因
本专利技术涉及常染色体隐性疾病，更具体而言本专利技术涉及常染色体隐性非综合征型耳聋致病基因。
技术介绍
耳聋（hearingloss,HL）是导致语言交流障碍的最常见疾病，一般新生儿耳聋的发病率可达到1/1000，在不发达国家中新生儿耳聋发病率甚至可高达1/5001。作为有着13亿人口的中国，每年有近3万名先天性神经感音性耳聋患儿出生。鉴定分离导致耳聋的致病基因，明确耳聋发生的分子机制，通过产前基因诊断和预防等有效措施来降低耳聋的发生率，是防聋治聋的根本途径之一。单基因遗传的耳聋占全部耳聋50%，其中70％是以耳聋为唯一临床表现的非综合征耳聋。非综合征型耳聋具有高度的遗传异质性，80%是常染色体隐性遗传2。占比例最大的常染色体隐性非综合征型耳聋（autosomalrecessivenonsyndromichearingloss,ARNSHL）,是利用经典的耳聋家系定位和鉴定分离致病基因的研究热点。据HereditaryHearLossHomepage（HHH）提供的最新信息可知，已定位或分离的ARNSHL基因有63个，其中克隆分离到的致病基因有39个，已被定位但未分离到基因的有24个。2002年本专利技术人从山东省遗传病调查中收集到一个近亲婚配导致的ARNSHL耳聋家系。我们在排除已知耳聋基因的基础上，利用纯合子定位法，将该家系耳聋基因定位于17q11.2-12的D17S1850和D17S1818之间5.07cM区域。该基因的发现将有助于对耳聋发生机制的进一步研究，为耳聋的基因诊断和预防等提供帮助。
技术实现思路
2001年收集到山东临沂一耳聋家系，经临沂市人民医院协助确诊为非综合征性耳聋。家系图如图1。在此基础上，专利技术人利用外显子组测序技术，对患者进行分析，在位于候选区域内的TMEM132E基因(transmembraneprotein132E)第7外显子检测到一个错义突变，该突变被进一步证实在家系中与耳聋症状共分离；正常群体中分析排除是SNP多态位点；突变位点氨基酸在多物种进化高度保守。这些结果提示TMEM132E基因是该山东临沂ARNSHL耳聋家系的致病基因，而且是一个新的耳聋致病基因。在第一方面中，本专利技术涉及突变的TMEM132E基因，该基因与野生型TMEM132E基因相比有一个或多个有义突变。有义突变是造成TMEM132E基因编码氨基酸序列变化的突变，特别是引起TMEM132E蛋白功能变化的突变。所述功能变化，包括功能增强、减弱或消失。在一个实施方案中，本专利技术涉及TMEM132E基因第420位密码子CGA→CAA，导致其编码蛋白的第420位氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q，表示蛋白质序列第420位由R变成Q）。在一个实施方案中，突变TMEM132E基因为SEQIDNO:1的序列表示。在第二方面中，本专利技术的突变TMEM132E蛋白，该蛋白与野生型相比有一个或多个氨基酸变化。优选地，所述一个或多个氨基酸变化引起TMEM132E蛋白功能变化。所述功能变化，包括功能增强、减弱或消失。在一个实施方案中，本专利技术涉及TMEM132E蛋白第420位氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q）。在另一个实施方案中，突变TMEM132E蛋白为SEQIDNO:2的序列表示。在第三方面中，本专利技术涉及一种检测耳聋或阴性携带者的方法，所述方法包括检测受试者的TMEM132E基因或TMEM132E蛋白中是否存在突变，如果有纯合突变位点，则所述受试者被鉴定为患有耳聋，如果有杂合突变位点，则所述受试者被鉴定为耳聋阴性携带者。在一个实施方案中，本专利技术的检测耳聋或阴性携带者的方法包括，获得TMEM132E基因的部分或全长基因序列并进行测序的步骤。优选地，获得TMEM132E基因的部分或全长基因序列通过PCR扩增进行。优选地，所述测序使用测序仪进行。优选突变是有义突变，即造成TMEM132E基因编码氨基酸序列变化的突变，特别是引起TMEM132E蛋白功能变化的突变。所述功能变化，包括功能增强、减弱或消失。在一个实施方案中，所述突变是该基因第420位密码子CGA→CAA，或其编码蛋白的第420为氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q）。在一个实施方案中，本专利技术的检测耳聋或阴性携带者的方法包括以可扩增TMEM132E基因部分或全长的引物对进行扩增的步骤。在一个实施案中，所述引物对为：SEQIDNO:3和SEQIDNO:4。在第四方面，本专利技术涉及通过PCR检测突变TMEM132E基因中使用的引物对，所述引物对可扩增TMEM132E基因部分或全长。优选地，所述引物对的扩增产物涵盖所述突变。在一个实施方案中，所述突变是该基因第420位密码子CGA→CAA，或其编码蛋白的第420为氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q），所述引物对分别基于该基因第420位密码子前后设计，使得扩增产物涵盖该位置。在一个实施方案中，所述引物对是SEQIDNO:3和SEQIDNO:4。在第五方面，本专利技术涉及与突变TMEM132E基因全长或部分互补的核苷酸序列，所述互补区序列涵盖所述突变。优选所述核苷酸序列较短，可以作为核酸探针，探测所述突变TMEM132E基因。在一个实施方案中，所述突变是该基因第420位密码子CGA→CAA，或其编码蛋白的第420为氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q），所述核酸探针与该基因的互补区包括该基因第420位密码子。在第六方面，本专利技术涉及检测突变TMEM132E基因的试剂盒，所述试剂盒包含可扩增TMEM132E基因部分或全长的引物对。优选地，所述引物对的扩增产物涵盖所述突变。在一个实施案中，所述引物对为：SEQIDNO:3和SEQIDNO:4。所述突变是该基因第420位密码子CGA→CAA，或其编码蛋白的第420为氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q），所述引物对分别基于该基因第420位密码子前后设计，使得扩增产物涵盖该位置。在一个实施方案中，所述引物对是SEQIDNO:3和SEQIDNO:4。在第七方面，本专利技术涉及检测突变TMEM132E基因的试剂盒，所述试剂盒包含全长或部分互补的核苷酸序列，所述互补区序列含有一个或多个突变。优选所述核苷酸序列较短，可以作为核酸探针，探测所述突变TMEM132E基因。在一个实施方案中，所述突变是该基因第420位密码子CGA→CAA，或其编码蛋白的第420为氨基酸由精氨酸→谷氨酰胺（p.R420Q），所述核酸探针与该基因的互补区包括该基因第420位密码子。TMEM132E是新的耳聋致病基因；该突变位点可用于耳聋的基因诊断。附图说明图1山东临沂一耳聋家系图。其中空心圆（○）表示表型正常女性；空心正方形（□）表示表型正常男性；实心正方形（■）表示男性患者；实心圆（●）表示女性患者。I、II、III和IV分别表示该家系中的第1代、第2代、第3代和第4代。图中1、2和3用于区分同一代中各成员。图2验证实施例结果。其中，N1、N2、和N3是正常人的酶切结果；III1、III2、IV1、IV2和IV3是山东临沂ARNSHL家系成员的酶切结果，IV1和IV3是患者，其他是携带者。序列表说明本专利技术中使用了如下序列：实施例中检测的突变TMEM132E基因的序列（SEQI本文档来自技高网...

【技术保护点】
突变TMEM132E基因或TMEM132E蛋白，该基因与野生型TMEM132E基因相比有一个或多个有义突变，该蛋白与野生型TMEM132E蛋白相比有一个或多个氨基酸变化。

【技术特征摘要】
1.与突变TMEM132E基因全长互补的核苷酸序列用于制备检测耳聋或隐性携带者的试剂盒的用途，所述试剂盒用于检测受试者的TMEM132E基因中是否存在突变，如果有纯合突变位点，则所述受试者被鉴定为患有耳聋，如果有杂合突变位点，则所述受试者被鉴定为耳聋隐性携带者，其中所述突变是序列为SEQIDNO:2的TMEM132E蛋白的第420位氨基酸由精氨酸变成谷氨酰胺。2...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘奇迹，龚瑶琴，李江夏，张锡宇，肖若，张清岩，王俊，汪建，杨焕明，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，山东大学，
类型：发明
国别省市：