增加样本和/或靶通量的测定方法技术

本发明专利技术提供增加可在单个测定中分析的样本和/或靶核酸的数量的测定方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】增加样本和/或靶通量的测定方法相关申请的交叉引用本申请特此将以下在先美国临时申请以引用的方式全文纳入：2008年8月26日提交的61/092,010、2008年9月19日提交的61/098,621和2009年1月22日提交的61/146,567。
本专利技术大体上涉及用于检测具体靶核酸的高通量测定领域。具体而言，本专利技术涉及用于增加可在单个测定中分析的样本和/或靶的数目的方法。
技术介绍
检测样本中的特异核酸序列的能力已在诊断和预测医学、环境、食品和农业监控、分子生物学研究和许多其他领域形成了新方法。其他方法，特别是使得能检测样本中的多种靶并且/或者同时分析宽浓度范围的多个样本的方法，将会是十分有利的。
技术实现思路
本专利技术提供了一种用于检测多个样本中的多个靶核酸(即，T个靶核酸，其中T是大于1的整数)的第一测定方法。在一些实施方案中，所述方法需要提供在测定前混合在一起的S个样本，其中S是大于1的整数。使这些样本的每一个分别进行编码反应，所述编码反应产生一系列T个带标签的靶核苷酸序列，每个带标签的靶核苷酸序列包括样本特异的核苷酸标签和靶核苷酸序列。对于所述S个样本的每一个(即，待合并的样本的每一个)，可将带标签的靶核苷酸序列混合形成测定混合物。以该方式，可以成批地测定样本，因此，若例如48个样本待分析，则S可以是例如3，这意味着制备16份测定混合物。参见实施例1。可对所述测定混合物或其等分试样用S×T对独特的(unique)扩增引物进行扩增，其中每对扩增引物包括：会与靶核苷酸序列退火的正向或反向扩增引物；和会与样本特异性核苷酸标签退火的各自的反向或正向扩增引物。在具体实施方案中，对于每对独特的引物，确定扩增产物在扩增混合物中或其等分试样中的存在或量。扩增产物的存在或量指示具体靶核酸在具体样本中的存在或量。在所述第一种测定方法的示例性实施方案中，所述编码反应包括使用针对每个样本的不同正向和反向预扩增引物系列分别预扩增所述S个样本的每一个来产生预扩增的样本，其中：每个预扩增引物系列包括T对正向和反向预扩增引物，其中每对预扩增引物能够扩增一个具体的靶核酸；并且在给定系列中的所有正向预扩增引物或所有反向预扩增引物都包括共同的样本特异性核苷酸标签。将所述S个样本的每一个的预扩增样本混合来形成测定混合物(例如，待一起分析的每一系列样本的一份测定混合物)。然后，可通过以下方式分析所述测定混合物：将其分成最多S×T个扩增混合物，并且用独特扩增引物对来分别扩增所述每个扩增混合物，其中每对扩增引物包括：会与靶核酸序列退火的正向或反向扩增引物；和会与样本特异性核苷酸标签退火的各自的反向或正向扩增引物。确定扩增产物在所述扩增混合物中的存在或量以确定具体靶核酸在具体样本中的存在或量。本专利技术提供了检测多个样本中的多个靶核酸(即，T个靶核酸，其中T是大于1的整数)的第二测定方法。在一些实施方案中，所述方法需要提供在测定前混合在一起的S个样本，其中S是大于1的整数。对这些样本的每一个分别进行编码反应，所述编码反应产生一系列T个带标签的靶核苷酸序列，每个带标签的靶核苷酸序列包括连接至靶核苷酸序列的第一核苷酸标签，所述靶核苷酸序列连接至第二核苷酸标签。对于这些S个样本的每一个(即，所述待合并的样本的每一个)，将带标签的靶核苷酸序列混合形成测定混合物。用S×T对独特的扩增引物扩增所述测定混合物或其等分试样，其中每对扩增引物包括：会与第一核苷酸标签退火的正向或反向扩增引物；和会与第二核苷酸标签退火的反向或正向扩增引物。对于每对独特的引物，确定扩增产物在所述扩增混合物或其等分试样中的存在或量。扩增产物的存在指示具体靶核酸在具体样本中的存在或量。在所述第二测定方法的示例性实施方案中，所述编码反应包括使用针对每个样本的不同正向和反向预扩增引物系列分别对所述S个样本的每一个进行预扩增来产生预扩增样本，其中：每个预扩增引物系列包括T对正向和反向预扩增引物，其中每对预扩增引物能够扩增一个具体的靶核酸；并且每个正向预扩增引物包括正向核苷酸标签，每个反向预扩增引物包括反向核苷酸标签；将所述S个样本的每一个的预扩增样本混合形成测定混合物。然后，可通过以下方式分析所述测定混合物：将每个测定混合物分为最多S×T个扩增混合物，并且用独特的扩增引物对分别扩增每个所述扩增混合物，其中每对扩增引物包括：会与正向核苷酸标签退火的正向扩增引物；和会与反向核苷酸标签退火的反向扩增引物。确定扩增产物在所述扩增混合物中的存在或量。扩增产物的存在指示具体靶核酸在具体样本中的存在或量。本专利技术还提供了检测样本中的多个靶核酸(即，T个靶核酸)的第三测定方法。所述方法需要向样本提供T个正向预扩增引物，其中每个正向预扩增引物包括不同的靶特异性核苷酸序列和系列特异性核苷酸标签，其中使用X个不同的正向系列特异性核苷酸标签，X是大于1小于T的整数，因此T/X个引物包括相同的正向系列特异性核苷酸标签。还向所述样本提供T个反向预扩增引物，其中每个反向预扩增引物包括不同的靶特异性核苷酸序列和反向系列特异性核苷酸标签，其中使用Y个不同的反向系列特异性核苷酸标签，Y是大于1小于T的整数，因此T/Y个引物包括相同的反向系列特异性核苷酸标签。预扩增所述样本以产生测定混合物，其中针对具体靶生产的任何预扩增产物参入正向和反向系列特异性核苷酸标签的独特组合。用扩增引物扩增所述测定混合物或其等分试样，其中每对扩增引物包括：会与所述正向系列特异性核苷酸标签退火的正向扩增引物；和会与所述反向系列特异性核苷酸标签退火的反向扩增引物。对于每对独特的引物，确定扩增产物在所述扩增混合物或其等分试样中的存在或量。扩增产物的存在指示具体靶核酸在所述样本中的存在。本专利技术的第四测定方法提供了一种检测样本中多个靶核酸的模块化方法。该方法需要将样本分为R个等分试样，其中R是大于1的整数。对R个等分试样的每一份分别进行编码反应，所述编码反应产生一系列T个带标签的核苷酸序列，其中T是每个等分试样中待检测的靶核酸的数目，T是大于1的整数。每个带标签的靶核苷酸序列包括在靶核苷酸序列5’的第一核苷酸标签、靶核苷酸序列和在所述靶核苷酸序列3’的第二核苷酸标签。所述T个带标签的靶核苷酸序列的每一个中的核苷酸标签组合对每个等分试样中的每个带标签的靶核苷酸序列来说都是独特的。然而，将相同系列的第一和第二核苷酸标签组合用于每个所述等分试样的所述编码反应中。所述方法的该方面使得能够使用针对每个等分试样的相同系列T对不同的扩增引物分别扩增每个等分试样。每对引物均包括会与每个带标签的靶核苷酸序列中的所述第一核苷酸标签退火的第一引物和会与其中的所述第二核苷酸标签退火的第二引物。对于每个等分试样中的每对独特的引物，所述方法需要确定扩增产物是否存在于所述等分试样中。扩增产物的存在指示具体靶核酸在所述样本中的存在。在该方法的变化方法中，在所述编码反应后，将每个等分试样分为T个亚等分试样。将所述T对不同的扩增引物的一对与每个亚等分试样组合，并且将所述亚等分试样分别进行扩增反应。在上述方法的具体实施方案中，所述样本可以是基因组DNA样本。在这些实施方案的变化方案中，可在存在一份量的阻断剂的情况下进行基因组DNA的预扩增，其中所述阻断剂的量足以提高所述靶核酸的特异性扩增。附图说本文档来自技高网...

【技术保护点】
１．一种用于检测多个样本中的多个靶核酸的测定方法，所述方法包括：提供在测定前混合在一起的Ｓ个样本，其中Ｓ是大于１的整数；使所述Ｓ个样本的每一个分别进行编码反应，所述编码反应产生一系列Ｔ个带标签的靶核苷酸序列，每个带标签的靶核苷酸序列包括样本特异的核苷酸标签和靶核苷酸序列；其中Ｔ是待检测的靶核酸的数目，Ｔ是大于１的整数；对于所述Ｓ个样本的每一个，将带标签的靶核苷酸序列混合形成测定混合物；对所述测定混合物或其等分试样用Ｓ×Ｔ对独特的扩增引物进行扩增，其中每对扩增引物包括：会与靶核苷酸序列退火的正向或反向扩增引物；和会与样本特异性核苷酸标签退火的各自的反向或正向扩增引物；并且对于每对独特的引物，确定扩增产物是否存在于扩增混合物或其等分试样中，从而扩增产物的存在指示具体靶核酸在具体样本中的存在。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】US61/092,0102008年8月26日1.一种用于检测样本中多个靶核酸的用于非诊断目的的测定方法，所述方法包括：向样本提供T个正向预扩增引物，其中每个正向预扩增引物包括不同的靶特异性核苷酸序列和系列特异性核苷酸标签，其中使用X个不同的正向系列特异性核苷酸标签，其中T是待检测靶的数目，所述数目至少是384，X是大于1小于T的整数，因此T/X个引物包括相同的正向系列特异性核苷酸标签；向所述样本提供T个反向预扩增引物，其中每个反向预扩增引物包括不同的靶特异性核苷酸序列和反向系列特异性核苷酸标签，其中使用Y个不同的反向系列特异性核苷酸标签，Y是大于1小于T的整数，因此T/Y个引物包括相同的反向系列特异性核苷酸标签；预扩增所述样本以产生测定混合物，其中针对具体靶生产的任何预扩增产物掺入正向和反向系列特异性核苷酸标签的独特组合；用扩增引物扩增所述测定混合物或其等分试样，其中每个扩增引物对包括：会与所述正向系列特异性核苷酸标签退火的正向扩增引物；和会与所述反向系列特异性核苷酸标签退火的反向扩增引物；其中所述扩增包括将所述测定混合物分成T个扩增混合物，并且使用独特的扩增引物对分别扩增所述扩增混合物的中每一个；并且对于每个独特的引物对，通过扩增检测所述扩增混合物或其等分试样中的任何扩增产物，从而扩增产物的存在指示具体靶核酸在具体样本中的存在。2.权利要求1的测定方法，其中X至少是选自12、24、48和96的数值。3.权利要求1的测定方法，其中所述T至少是选自576、768、1152、2304、3600、4608和9216的数值。4.一种用于检测样本中的多个靶核酸的用于非诊断目的的测定方法，所述方法包括：将样本分为R个等分试样，其中R是大于1的整数；对所述R个等分试样中的每一个分别进行编码反应，所述编码反应产生一系列T个带标签的靶核苷酸序列，其中T是每个等分试样中待检测的靶核酸的数目，T是大于1的整数，其中R和/或T至少是12，并且其中：每个带标签的靶核苷酸序列包括在靶核苷酸序列5’的第一核苷酸标签、靶核苷酸序列和在所述靶核苷酸序列3'的第二核苷酸标签；所述T个带标签的靶核苷酸序列的每一个中的核苷酸标签组合对每个等分试样中的每个带标签的靶核苷酸序列来说都是独特的；并且将相同系列的第一和第二核苷酸标签组合用于每个所述等分试样的所述编码反应中；使用针对每个等分试样的相同系列的T个不同的扩增引物对分别扩增每个等分试样，每个引物对均包括会与每个带标签的靶核苷酸序列中的所述第一核苷酸标签退火的第一引物和会与其中的所述第二核苷酸标签退火的第二引物；其中，在扩增前：将每个等分试样分为T个亚等分试样；将所述T个不同的扩增引物对中的一对与每个亚等分试样组合；并且对所述亚等分试样分别进行扩增反应；并且对于每个亚等分试样中的每个独特的引物对，通过扩增检测所述亚等分试样中的任何扩增产物，从而扩增产物的存在指示具体靶核酸在具体样本中的存在。5....

【专利技术属性】
技术研发人员：A·摩尔，
申请(专利权)人：弗卢迪格姆公司，
类型：发明
国别省市：US