【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开提供了与tet辅助吡啶硼烷测序(taps)相关的组合物和方法。特别地，本公开提供了用于cfdna的优化taps(cftaps)，其提供高质量和高深度全基因组细胞游离甲基化组。本文提供的组合物和方法有助于获取关于cfdna特征的多模态信息，包括用于疾病诊断和治疗的dna甲基化、起源组织和dna片段化。
技术介绍
1、尽管癌症研究的最新进展提供了治疗癌症的新方式，但早期检测仍然是治愈癌症的最佳机会。早期治疗不仅大大提高了患者存活率，而且费用也大大降低。循环细胞游离dna(cfdna)-血浆中自由漂浮dna，源自各种健康和患病组织中的细胞死亡-在开发早期癌症检测测定方面具有巨大的潜力。cfdna中的遗传信息(诸如突变和拷贝数变异(cnv))证明了用于监测癌症进展和治疗的潜在用途。然而，鉴于早期疾病中肿瘤dna的比例较低，检测遗传改变具有挑战性。此外，遗传改变对于起源组织的信息很弱，起源组织是确定恶性肿瘤位置所需的。
2、相比之下，广泛的表观遗传变化(诸如癌细胞和肿瘤微环境的dna甲基化)发生在肿瘤发生的早期。最近的研究表明，...
【技术保护点】
1.一种获得甲基化特征的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中由TAPS产生的唯一映射率是至少80％和/或唯一去重复映射率是至少70％。
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中制备所述测序文库包括将测序衔接子连接至所述经分离的cfDNA。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中在进行TAPS之前将载体DNA添加至所述测序文库。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法还包括从所述cfDNA全基因组甲基化特征中鉴定至少一种甲基化生物标志物，并且确定所述甲基化生物标志物是否指示癌症。<...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种获得甲基化特征的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中由taps产生的唯一映射率是至少80％和/或唯一去重复映射率是至少70％。
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中制备所述测序文库包括将测序衔接子连接至所述经分离的cfdna。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中在进行taps之前将载体dna添加至所述测序文库。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法还包括从所述cfdna全基因组甲基化特征中鉴定至少一种甲基化生物标志物，并且确定所述甲基化生物标志物是否指示癌症。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述甲基化生物标志物包含差异甲基化区域(dmr)。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述方法还包括基于与参考dmr相比的dmr对所述样品进行分类。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述参考dmr对应于非癌性对照或癌性对照。
9.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法还包括从所述cfdna全基因组甲基化特征中鉴定至少一种甲基化生物标志物，并且确定对应于所述甲基化生物标志物的起源组织。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述方法还包括基于所述起源组织生物标志物对所述样品进行分类。
11.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法还包括鉴定dna片段化谱并确定所述片段化谱是否指示癌症。
12.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法还包括从所述cfdna鉴定至少一种序列变体，并且确定所述序列变体是否指示癌症。
13.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中对所述测序文库进行taps以获得所述全基因组甲基化特征包括鉴定所述cfdna中的5mc修饰并提供所述5mc修饰的频率的定量测量。
14.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中对所述测序文库进行taps以获得所述全基因组甲基化特征包括鉴定所述cfdna中的5hmc修饰并提供所述5hmc修饰的频率的定量测量。
15.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中对所述测序文库进行taps以获得所述全基因组甲基化特征包括鉴定所述cfdna中的5cac修饰并提供所述5cac修饰的频率的定量测量。
16.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中对所述测序文库进行taps以获得所述全基因组甲基化特征包括鉴定所述cfdna中的5fc修饰并提供所述5fc修饰的频率的定量测量。
17.一种使用如权利要求1至16所述的方法中的任一种来确定受试者是否患有癌症的方法。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述癌症包括肝细胞癌(hcc)或胰腺导管腺癌(pdac)。
19.一种使用如权利要求1至16所述的方法中的任一种来确定受试者是否患有早期癌症的方法。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述早期癌症包括早期肝细胞癌(hcc)或早期胰腺导管腺癌(pdac)。
21.一种分析患者样品中的cfdna的多模态方法，所述方法包括：
22.如权利要求21所述的方法，其中对所述经修饰的cfdna样品进行测序以鉴定所述样品中的甲基化区域的步骤包括鉴定至少一个差异甲基化区域(dmr)。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述方法还包括基于与参考dmr相比的dmr对所述样品进行分类。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述参考dmr对应于非癌性对照或癌性对照。
25.如权利要求21所述的方法，其中确定所述经修饰的cfdna样品中的一个或多个靶标的拷贝数变异(cnv)的步骤包括通过将参考基因组分成多个仓并对每个仓中的读段数量进行计数来确定整个基因组中的靶序列的观察到的读段计数。
26.如权利要求25所述的方法，其中大于500kb的拷贝数畸变的存在指示患者中的cnv。
27.如权利要求21所...
【专利技术属性】
技术研发人员：C·宋，P·西吉卡齐林斯卡，J·程，F·杰克森，Y·刘，
申请(专利权)人：牛津大学校长，教师和学者，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。