【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种用于检测水稻oshxk3基因特异性indel标记的引物及应用，属于植物分子生物学。
技术介绍
1、植物通过光合作用同化co2合成糖类物质，蔗糖是光合产物在源库器官间长距离运输的主要形式。蔗糖卸载到库器官中后，在转化酶(inv)的催化下产生葡萄糖等六碳糖，葡萄糖被己糖激酶(hxk)磷酸化后才能进入代谢通路(ruan,2017)。
2、水稻中，共鉴定出10个hxk家族成员基因，oshxk1-oshxk10(cho et al.,2009)。据现有的报道，oshxks基因不仅可以参与葡萄糖信号转导和代谢、诱发细胞程序性死亡，还能调控水稻种子发育，控制花粉育性，并且在调节气孔开闭，响应生物和非生物逆境等方面也具有重要作用(wang et al.,2017；zheng et al.,2019；kim et al.,2016；sheng et al.,2023)。总体而言，水稻作为单子叶模式植物，尽管oshkxs基因克隆的时间较早，但由于其复杂的调控网络，对于其家族基因功能的研究还不够全面和深入。
3、oshxk3基因作为oshxks基因家族的重要成员，目前对其研究还较少，单从表达模式上看，oshxk3属于组成型表达，但是在水稻的多个组织(叶片、根、茎)中的表达量都相对较低，而在水稻孕穗末期(花粉发育晚期)的幼穗中的表达量较高(cho et al.,2006)。据报道oshxk3能调控水稻籽粒大小，还与oshxk5、oshxk6和oshxk10一起参与调控水稻花粉发育过程(yun et al.,20
4、花粉育性是水稻生殖发育的重要性状，与水稻的产量直接相关。目前，检测水稻花粉育性主要通过花粉i2-ki染色后在显微镜下镜检，这种检测方法需要在水稻抽穗期花粉成熟后才能进行，当检测群体较大时，工作量大且效率低。因此，开发与花粉育性相关基因的分子标记，能大大加速育种进程、降低育种成本、减少育种中的不确定性，对水稻花粉发育中关键调控基因和分子的利用具有重要意义，同时为水稻杂交育种、品种改良及高产品种的培育提供参考价值。
5、本专利技术基于对oshxk3基因的研究中发现oshxk3基因的第五内含子区域，存在一个235bp的indel序列，并发现存在该235bp片段的水稻材料的孕穗末期穗部的oshxk3基因相对表达量较高，花粉育性也较高，而缺失该235bp片段的水稻材料的孕穗末期穗部的oshxk3基因相对表达量较低，花粉育性也较低。因此，通过ncbi(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)水稻基因组数据库，查找oshxk3基因序列，用软件primer 5.0设计能扩增该indel序列片段的特异性引物oshxk3-if和oshxk3-ir。然后利用pcr技术对该indel标记扩增，就可准确快速鉴别水稻种质材料的花粉育性高低。
6、参考文献
7、cho ji,ryoo n,eom js,et al.role of the rice hexokinases oshxk5 andoshxk6 as glucose sensors[j].plant physiol,2009,149(2):745-759.
8、cho ji,ryoo n,ko s,et al.structure,expression,and functional analysisofthe hexokinase gene family in rice(oryza sativa l.)[j].planta.2006；224(3):598-611
9、huang w,yu c,hu j,et al.pentatricopeptide-repeat family proteinrf6functions with hexokinase 6to rescue rice cytoplasmic male sterility[j].proc natl acad sci u sa,2015,112(48):14984-14989.
10、kim hb,cho ji,ryoo n,et al.role of rice cytosolic hexokinase oshxk7in sugar signaling and metabolism[j].j integr plant biol,2016,58(2):127-135.
11、lee sk,kim h,cho ji,et al.deficiency of rice hexokinase hxk5 impairssynthesis and utilization of starch in pollen grains and causes malesterility[j].j exp bot,2020,71(1):116-125.
12、ruan yl.sucrose metabolism:gateway to diverse carbon use and sugarsignaling[j].annu rev plant biol,2014,65:33-67.
13、sheng c,li x,xia s,et al.an osprmt5-osago2/mir1875-oshxk1 moduleregulates rice immunity to blast disease[j].j integr plant biol,2023,65(4):1077-1095.
14、wang l,dong q,zhu q,et al.conformational characteristics of ricehexokinase oshxk7 as a moonlighting protein involved in sugar signalling andmetabolism[j].protein j,2017,36(4):249-256.
15、xu f,li x,ruan y.rnai-mediated suppression ofhexokinase geneoshxk10in rice leads to non-dehiscent anther and reduction ofpollengermination[j].plant sci,2008,175(5):674-684.
16、yun p,li y,wu b,et al.oshxk3 encodes a hexokinase-like prote本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测水稻OsHXK3基因特异性InDel标记的引物，其特征在于：所述特异性InDel分子标记引物包括以下序列的正向引物OsHXK3-iF和反向引物OsHXK3-iR：
2.一种如权利要求1所述特异性InDel标记的引物在筛选高育性水稻中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：具体包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：步骤(2)中PCR反应体系为：0.5μL正向引物，0.5μL反向引物，7.5μL 2×Taq PCR Master Mix，5.5μL ddH2O，1μL浓度为10ng/μL的总DNA。
5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：步骤(2)中PCR扩增程序为：94℃预变性4min；其次94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸45s，30个循环；72℃延伸5min；10℃保存。
6.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：步骤(3)中取5μL的PCR产物，用1.5％的琼脂糖凝胶，电压110V电泳40min后溴化乙锭(EB)染色，在凝胶成像系统下拍照。
【技术特征摘要】
1.一种用于检测水稻oshxk3基因特异性indel标记的引物，其特征在于：所述特异性indel分子标记引物包括以下序列的正向引物oshxk3-if和反向引物oshxk3-ir：
2.一种如权利要求1所述特异性indel标记的引物在筛选高育性水稻中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：具体包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：步骤(2)中pcr反应体系为：0.5μl正向引物，0.5μl反向引物，7.5μl 2×taq...
【专利技术属性】
技术研发人员：李丹丹，李秋平，王帅兵，马凯，文建成，董陈文华，李娟，黄大军，陈丽娟，
申请(专利权)人：云南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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