【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于鱼类分子育种领域，具体涉及一种鳜液相育种芯片及其应用。
技术介绍
1、鳜（siniperca chuatsi）是我国名贵淡水养殖鱼类之一，经过40多年的发展，鳜已经成为我国养殖渔业产业重要的组成部分。2021年鳜全国产量将近38万吨，种苗年销售量约为30亿尾，产值350亿元以上。鳜养殖业的发展带动了整个产业的快速增长，形成了从苗种生产、成鱼养殖、流通、加工、销售的一体化供应链，同时也带动了饵料鱼生产、饲料生产等相关产业链环节的发展，对解决农户就业、增加农户收入、繁荣农村经济、提高农民素质具有重要作用。
2、鳜食性特殊，自开口起终生以活鱼虾为食。鳜的养殖主要依赖活饵料鱼饲喂，鳜的饵料系数高，饵料鱼养殖需要大量的配套面积，使得鳜产业发展对活饵料鱼的依存度非常高，养殖成本不断提高，且造成生物、土地、水资源的浪费。近年来，饲料化养殖鳜在全国兴起，取得了良好的发展势头。但饲料化养殖鳜要求鳜种苗具有较强的食性转化的适应性状。目前饲料化养殖鳜的种苗完全是通过大量的饵料鱼为食物人工驯化后获得，有相当部分的种苗因食性转化过程无法适应而被淘汰，造成了大量生物资源的浪费。此外，随着鳜和大口黑鲈集约化养殖规模的不断扩大，各种传染性疾病不断爆发和流行，已造成严重经济损失，阻碍鳜养殖产业的可持续发展。因此，亟需结合现代化的分子育种技术选育人工饲料适应性强、抗病抗逆的鳜新品种。
3、目前常用的分子标记鉴定方法有rflp、rapd和ssr技术，具有如下缺点：（1）rflp（限制性内切酶片段长度多态性）实验操作繁琐，检测周期
技术实现思路
1、本专利技术的一个目的是针对以上要解决的技术问题，提供一种标记密度高、自动化强、检测通量高的鳜液相育种芯片。
2、本专利技术的另一个目的是提高所述鳜液相育种芯片的应用。
3、为了实现以上专利技术目的，本专利技术提供了一种鳜液相育种芯片，其包括20456个snp位点。该snp位点位于ncbi鳜参考基因组（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/gca_027580155.1/）。
4、优选地，所述snp位点的位置信息如下所示：
5、
6、
7、
8、
9、
10、
11、
12、
13、
14、
15、
16、
17、
18、
19、
20、
21、
22、
23、
24、
25、另一方面，本专利技术还提供了一种鳜液相育种芯片，其中，该鳜液相育种芯片包括20456个snp位点。
26、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜育种中的应用。
27、另一方面，本专利技术还提供了一种用于鳜液相育种芯片的snp分子标记组合，其中，该snp分子标记组合包括20456个snp位点。
28、另一方面，本专利技术还提供了一种制备所述鳜液相育种芯片的方法，其包括以下步骤：
29、（1）进行鳜全基因组重测序，并进行比对和样本变异位点检测；
30、（2）根据上述结果，筛选出适合开发液相育种芯片的20456个snp位点；
31、（3）将挑选出的20456个候选snp位点，运用靶向测序基因分型技术开发成所述鳜液相育种芯片。
32、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜样本检测中的应用。
33、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜种质资源遗传多样性分析中的应用。
34、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜遗传与进化分析中的应用。
35、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜亲缘关系鉴定中的应用。
36、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜全基因组关联分析中的应用。
37、另一方面，本专利技术还提供了所述鳜液相育种芯片在鳜基因组选择中的应用。
38、本专利技术的有益效果如下：
39、（1）本专利技术的鳜20k液相育种芯片具有位点代表性好、特异性强、多态性高等特点，是一套精准高效的分子育种芯片，可广泛适用于不同品种鳜材料的检测。
40、（2）本专利技术的鳜20k液相育种芯片基于高通量测序技术，该检测方法检测通量高，一次性产出数据量大，可同时覆盖近千份材料的检测。同时适用于illumina、mgi等二代测序主流平台，具备平台广适性。
41、（3）本专利技术的鳜20k液相育种芯片可以用于鳜品种资源分子标记指纹分析、鳜杂交群体后代基因型鉴定、鳜品种真实性鉴定、鳜育种材料遗传背景分析和筛选、鳜全基因组关联分析、种质资源遗传多样性分析和亲缘关系鉴定。
42、综上，相比于现有的其他检测方式，本专利技术的基于snp标记的液相育种芯片具备特异性高、标记密度高、自动化强、检测通量高等特征，可建立现代育种体系，促进鳜育种发展。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种鳜液相育种芯片，其特征在于，所述鳜液相育种芯片包括20456个SNP位点。
2.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜育种中的应用。
3.一种用于鳜液相育种芯片的SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括20456个SNP位点。
4.一种制备权利要求1所述的鳜液相育种芯片的方法，其特征在于包括以下步骤：
5.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜样本检测中的应用。
6.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜种质资源遗传多样性分析中的应用。
7.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜遗传与进化分析中的应用。
8.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜亲缘关系鉴定中的应用。
9.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜全基因组关联分析中的应用。
10.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜基因组选择中的应用。
【技术特征摘要】
1.一种鳜液相育种芯片，其特征在于，所述鳜液相育种芯片包括20456个snp位点。
2.权利要求1所述的鳜液相育种芯片在鳜育种中的应用。
3.一种用于鳜液相育种芯片的snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合包括20456个snp位点。
4.一种制备权利要求1所述的鳜液相育种芯片的方法，其特征在于包括以下步骤：
5.权利要求1所述的鳜液相育种芯片...
【专利技术属性】
技术研发人员：王牧骅，贺孟芸，何建国，翁少萍，李桂峰，张勇，李水生，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。