【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体是涉及一种snp芯片及其制备方法和应用。
技术介绍
1、基因芯片(gene chip)，又叫单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism,snp)微阵列(array)，将数百万dna标记序列有规律地排列在玻片或特殊硅片上，固定形成dna或snp探针阵列。它的工作原理是通过固定在芯片上的dna标记序列与目标基因组发生碱基配对反应，从而精准鉴定基因信息。在植物育种中应用最多的是snp芯片，即通过芯片上的snp探针检测生物个体中大量的snp变异位点，从而可以推测基因组的基因型和关键的遗传变异。专门为基因组育种设计的snp芯片，被称之为“基因组育种芯片”。目前，市场上有两家美国生物技术公司，illumina和affymetrix提供基因组育种芯片制作技术。illumina公司主要基于infinium平台技术制作snp芯片，affymetrix公司则利用axiom平台技术制作snp芯片。illumina infinium芯片是基于光纤微珠的高密度芯片，将特定的基因探针序列与直径3μm的微珠偶联，然后在基质的微孔中进行自我组装，从而形成微珠芯片。affymetrixaxiom芯片采用的是原位光刻技术，通过光刻在基片上原位合成基因探针序列。这两款芯片在人类和动物基因组变异研究中已得到广泛应用，近年来在植物基因组育种中也得到了应用。
2、目前常规所制作的snp芯片最多能检测500多万个snp位点，通量相对较小，成本较高。而植物基因组育种中会涉及到需要大通量的snp芯片，如何实现更
技术实现思路
1、基于此，本专利技术的目的是提供一种snp芯片及其制备方法和应用，本专利技术所述制备方法，可以用于制作高密度的snp芯片，检测1000万个以上的snp位点，通量更高，同时通过规模效应降低成本。
2、实现上述目的的技术方案包括如下。
3、本专利技术的第一个方面，是提供一种snp芯片，其包括修饰有两种引物的固相载体，通过所述引物在该固相载体上固定有由多个文库序列制备的寡核苷酸探针的簇，所述寡核苷酸探针从5’末端至3’末端依次包括p7序列，接头序列1、特异性杂交序列和所述文库序列经酶切后产生的至少四个核苷酸的序列，所述核苷酸任意选自a、t、c、g。
4、本专利技术的第二个方面，是提供上述任一种snp芯片的制备方法，包括以下步骤：
5、s1.设计至少一个文库序列，所述文库序列由5’末端至3’末端依次包括p7序列，接头序列1、特异性杂交序列、限制性内切酶酶切位点序列、接头序列2、p5序列，所述限制性内切酶酶切位点序列是在酶切之后能产生3’端至少四个任意核苷酸的序列；
6、s2.将至少一个文库序列混合，加载到在固相载体上，扩增和测序，所述固相载体上固定有文库序列簇，其中，所述p7序列与所述固相载体上的引物杂交，使文库在芯片表面扩增；
7、s3.进行酶切，所述文库序列经酶切后形成固定于固相载体寡核苷酸探针簇，干燥，即得。
8、在其中一些实施例中，所述限制性内切酶是能够对酶切位点序列在酶切之后能产生3’端至少四个任意核苷酸的内切酶，在一些优选实施例中，是baeⅰ、barⅰ。
9、在其中一些实施例中，所述至少四个任意核苷酸为4-6个核苷酸，所述核苷酸任意选自a、t、c、g。
10、在其中一些实施例中，混合时每种所述文库序列的用量比是等量。
11、在其中一些实施例中，步骤s2中的扩增和测序，是按照单端测序方式进行。
12、本专利技术的第三个方面，是提供上述任一种snp芯片在植物育种中检测snp变异位点的应用。
13、本专利技术的第四个方面，是提供一种检测物种snp变异位点的方法，包括以下步骤：
14、s1)获得上述任一种snp芯片；
15、s2)将待测样本与所述snp芯片杂交，杂交完成后探针捕获到对应的基因，以基因为模板进行一个碱基的延伸反应，延伸所用的dntp为带荧光基团的阻断dntp，延伸完成后对芯片拍照获得各个捕获区域聚合的碱基类型。
16、在其中一些实施例中，所述物种是植物或动物。
17、本专利技术的第五个方面，是提供一种检测物种snp变异位点的试剂盒，其包括任一种上述snp芯片。
18、在其中一些实施例中，还包括限制性内切酶，优选所述限制性内切酶是baeⅰ、barⅰ。
19、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
20、本专利技术是以测序芯片为基础制作snp芯片，以测序过程中扩增的方式生成多种探针，并通过测序的方式获得探针的位置信息；通过限制性内切酶酶切的办法获得捕获探针，由于芯片上检测snp位点需要检测各种不同的基因，每个不同cluster区域的探针序列都不同，因此使用的内切酶必须为酶切后产生3’端nnnn序列的，如baeⅰ、barⅰ等等。本专利技术获得的snp芯片在检测相同数量的snp位点情况下最多可同时检测70-80个样本，或者在检测相同样本数量时最多可检测2000-2500万个snp位点，通量显著提高，可以大通量地用于植物基因组育种中检测snp变异位点，通过规模效应降低成本。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种SNP芯片，其特征是，其包括修饰有两种引物的固相载体，通过所述引物在该固相载体上固定有由多个文库序列制备的寡核苷酸探针的簇，所述寡核苷酸探针从5’末端至3’末端依次包括P7序列、接头序列1、特异性杂交序列和所述文库序列经酶切后产生的至少四个核苷酸的序列，所述核苷酸任意选自A、T、C、G。
2.根据权利要求1所述的SNP芯片，其特征是，所述文库序列由5’末端至3’末端依次包括P7序列，接头序列1、特异性杂交序列、限制性内切酶酶切位点序列、接头序列2、P5序列构成，所述限制性内切酶酶切位点序列是在酶切之后能产生3’端至少四个任意核苷酸的序列。
3.一种SNP芯片的制备方法，其特征是，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的SNP芯片的制备方法，其特征是，所述限制性内切酶是能够对酶切位点序列在酶切之后能产生3’端至少四个任意核苷酸的内切酶，优选是BaeⅠ、BarⅠ。
5.根据权利要求3所述的SNP芯片的制备方法，其特征是，混合时每种所述文库序列的用量比是等量。
6.根据权利要求3所述的SNP芯片的制备方法，其特征是，步
7.权利要求1或2所述的SNP芯片在植物育种中检测SNP变异位点中的应用。
8.一种检测物种SNP变异位点的试剂盒，其特征是，包括权利要求1或2任一所述SNP芯片。
9.根据权利要求8所述的的试剂盒，其特征是，还包括限制性内切酶。
10.一种检测物种SNP变异位点的方法，其特征是，包括以下步骤：
11.根据权利要求10所述的方法，其特征是，所述物种是植物，或动物。
...【技术特征摘要】
1.一种snp芯片，其特征是，其包括修饰有两种引物的固相载体，通过所述引物在该固相载体上固定有由多个文库序列制备的寡核苷酸探针的簇，所述寡核苷酸探针从5’末端至3’末端依次包括p7序列、接头序列1、特异性杂交序列和所述文库序列经酶切后产生的至少四个核苷酸的序列，所述核苷酸任意选自a、t、c、g。
2.根据权利要求1所述的snp芯片，其特征是，所述文库序列由5’末端至3’末端依次包括p7序列，接头序列1、特异性杂交序列、限制性内切酶酶切位点序列、接头序列2、p5序列构成，所述限制性内切酶酶切位点序列是在酶切之后能产生3’端至少四个任意核苷酸的序列。
3.一种snp芯片的制备方法，其特征是，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的snp芯片的制备方法，其特征是，所述限制性内切酶是能够对酶切位点...
【专利技术属性】
技术研发人员：傅德丰，王谷丰，刘二凯，赵陆洋，
申请(专利权)人：深圳赛陆医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。