本发明专利技术属于分子生物学技术领域，具体是一种检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记、引物、鉴定方法、试剂盒及应用。检测条石鲷基因内含子区DNA插入变异特异性标记为条石鲷sf3b3基因内含子区DNA片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列，序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示碱基。该方法缩短了条石鲷sf3b3基因内含子区变异准确鉴定的时间，提升了检测效率。在条石鲷基于sf3b3基因雌、雄前体mRNA剪切效率研究及雌雄性别鉴定、高雄苗种制备和家系选育上具有重要的意义和应用价值。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学，具体是一种检测条石鲷sf3b3基因内含子（dna）插入变异特异性标记、特异性引物、鉴定方法、试剂盒及在雌雄遗传性别鉴定中的应用。
技术介绍
1、条石鲷为栖息在我国黄海、东海等海域的一种恋礁定居性观赏和养殖鱼类。它主要分布在温带和亚热带的岩礁区，外形优美被称为"梦幻之鱼"。条石鲷不仅食用价值高，而且还是一种受欢迎的观赏鱼。我国近年来在条石鲷的人工繁殖、苗种养殖等方面取得了长足进步。此外，它作为混养对象还可降低其他水产养殖的成本。据研究条石鲷采用性别决定机制为x1x1x2x2/x1x2y。雄鱼生长速度更快是因为带有y染色体。未来如果能研发快速鉴定鱼苗性别的技术，有助于选育生长更快的雄性品种，从而提高养殖效率和产值，更好地开发利用这一重要渔业资源。
2、剪接因子3b亚基3基因（splicing factor 3b subunit 3, sf3b3）编码剪接因子3b 蛋白复合物的第3亚基。sf3b3蛋白与剪接因子 3a 和一个 12s rna 单元一起形成 u2小核糖核蛋白复合物 (u2 snrnp)，复合物以序列独立的方式结合内含子分支位点上游的前体 mrna，并可能将 u2 snrnp 锚定到前体mrna。剪接体复合体对于去除内含子和将外显子连接在一起以产生成熟的信使核糖核酸分子至关重要。如果没有适当的剪接，遗传信息就无法准确地转录和翻译成功能蛋白。sf3b3基因的突变与各种疾病有关，包括某些类型的癌症和遗传性疾病。了解这种基因的功能对于开发针对这些疾病的靶向疗法和治疗方法至关重要。
r/>技术实现思路
1、本专利技术的目的在于克服了现有斑石鲷itih4a/itih4b基因间区dna插入变异检测技术不足，提供了一种检测条石鲷sf3b3基因内含子（dna）插入变异特异性标记、特异性引物、鉴定方法、试剂盒及在雌雄遗传性别鉴定中的应用。
2、为实现上述目的，本专利技术采用技术方案为：
3、一种检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，检测条石鲷基因内含子区dna插入变异特异性标记为条石鲷sf3b3基因内含子区dna片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列，序列为seq id no:1（chrx1sf3b3）和seq id no:2（chrysf3b3）所示碱基。
4、检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，所述条石鲷sf3b3基因内含子区dna片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列seq id no:1所示碱基为条石鲷雌、雄鱼x1染色体共有sf3b3基因内含子区未发生dna插入变异的同源片段，其为条石鲷sf3b3基因内含子区碱基非插入与插入个体共有dna特征标记；且，所述seq id no:1所示碱基序列第283位点和284位点之间、第354位点和355位点之间插入序列片段，即为seq id no:2所示碱基序列。
5、一种所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记的应用，所述特异性标记在检测条石鲷雌雄遗传性别中的应用。
6、一种所述特异性标记鉴定条石鲷基因内含子区插入变异的方法，
7、（1）pcr扩增：取待测条石鲷，提取基因组dna；以所得基因组dna为模板，采用条石鲷sf3b3基因内含子区特异性引物，进行pcr扩增，并将所得pcr扩增产物与所述的条石鲷sf3b3基因内含子区dna片段非插入与插入特异性标记进行对比；
8、（2）结果判断：从待测条石鲷的基因组dna中扩增出528bp（seq id no:1所示碱基）和1251bp（seq id no:2所示碱基）两个dna片段，即为判断该待测条石鲷为sf3b3基因内含子区发生dna片段插入变异个体；
9、（3）待测条石鲷的基因组dna中仅扩增出528bp（seq id no:1所示碱基）的单一dna片段，即为判断该待测条石鲷为条石鲷sf3b3基因内含子区未发生dna片段插入变异个体。
10、所述特异性引物为
11、chsf3b3_f:1 : 5’-attgtgaagtagcattagcgtcc-3’；
12、chsf3b3_r:2 : 5’-gaacctccaggtatcagagtgg-3’。
13、所述步骤（2）中待测条石鲷个体为雄鱼（x1x2y）；
14、步骤（3）中待测条石鲷个体为雌性（x1x1x2x2）。
15、一种条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记的引物，
16、chsf3b3_f:1 : 5’-attgtgaagtagcattagcgtcc-3’；
17、chsf3b3_r:2 : 5’-gaacctccaggtatcagagtgg-3’。
18、一种鉴定条石鲷雌雄遗传性别的试剂盒，所述试剂盒含所述的引物。
19、本专利技术所具有的优点：
20、本专利技术通过条石鲷雄鱼融合染色体y上的sf3b3基因与位于雌鱼同源染色体x上的sf3b3基因相比较发生了大片段的内含子序列插入，进而高效、快速精准鉴定条石鲷sf3b3基因内含子是否发生dna插入变异，对于揭示条石鲷的雌、雄前体mrna剪切效率及变异，实现雌、雄遗传性别的快速鉴定，提升条石鲷遗传育种进程和优质苗种规模化生产具有重要的意义和应用价值。
21、本专利技术从条石鲷全基因组序列中筛选并获得了条石鲷x和y染色体sf3b3基因内含子同源区段且有大片段dna插入标记序列，进一步建立了条石鲷sf3b3基因内含子dna插入变异快速检测方法，采用该方法可以快速、准确和高效的鉴定待检测条石鲷sf3b3基因内含子是否发生dna插入。该方法利用一对引物在sf3b3基因内含子dna插入个体中扩增出1251bp和528bp两个相差723bp的条带，在sf3b3基因内含子为发生dna插入个体中仅扩增出528bp的单一条带，并可以通过琼脂糖凝胶电泳分辨，缩短了条石鲷sf3b3基因内含子变异准确鉴定的时间，提升了检测效率。在条石鲷基于sf3b3基因雌、雄前体mrna剪切效率及变异研究及雌雄性别鉴定、高雄苗种制备和家系选育上具有重要的意义和应用价值。
本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，其特征在于：检测条石鲷基因内含子区DNA插入变异特异性标记为条石鲷sf3b3基因内含子区DNA片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列，序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示碱基。
2.根据权利要求1所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，其特征在于：所述条石鲷sf3b3基因内含子区DNA片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列SEQ IDNO:1所示碱基为条石鲷雌、雄鱼X1染色体共有sf3b3基因内含子区未发生DNA插入变异的同源片段，其为条石鲷sf3b3基因内含子区碱基非插入与插入个体共有DNA特征标记；且，所述SEQ ID NO:1所示碱基序列第283位点和284位点之间、第354位点和355位点之间插入序列片段，即为SEQ ID NO:2所示碱基序列。
3.一种权利要求1所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记的应用，其特征在于：所述特异性标记在检测条石鲷雌雄遗传性别中的应用。
4.一种利用权利要求1所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记鉴定条石鲷基因内含子区插入变异的方法，其特征在于，
5.根据权利要求4所述的鉴定条石鲷基因内含子区插入变异的方法，其特征在于，特异性引物为
6.根据权利要求4所述的鉴定条石鲷基因内含子区插入变异的方法，其特征在于，步骤（2）中待测条石鲷个体为雄鱼X1X2Y；
7.一种检测权利要求1所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记的引物，其特征在于：
8.一种鉴定条石鲷雌雄遗传性别的试剂盒，其特征在于：试剂盒含权利要求7所述的引物。
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【技术特征摘要】
1.一种检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，其特征在于：检测条石鲷基因内含子区dna插入变异特异性标记为条石鲷sf3b3基因内含子区dna片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列，序列为seq id no:1和seq id no:2所示碱基。
2.根据权利要求1所述的检测条石鲷基因内含子区插入变异的特异性标记，其特征在于：所述条石鲷sf3b3基因内含子区dna片段非插入与插入特异性标记的核苷酸序列seq idno:1所示碱基为条石鲷雌、雄鱼x1染色体共有sf3b3基因内含子区未发生dna插入变异的同源片段，其为条石鲷sf3b3基因内含子区碱基非插入与插入个体共有dna特征标记；且，所述seq id no:1所示碱基序列第283位点和284位点之间、第354位点和355位点之间插入序列片段，即为seq id n...
【专利技术属性】
技术研发人员：肖永双，肖志忠，李军，马玉婷，吴燕铎，赵海霞，陈少华，徐平蕊，
申请(专利权)人：中国科学院海洋研究所，
类型：发明
国别省市：
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