【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、截至2017年，美国每年新增病例总数超过160万例，癌症是一个突出的全球公共卫生问题。参见siegel等人，2017年，“cancer statistics”，ca cancer j clin.，第67卷第1期：第7-30页。筛查程序和早期诊断在改善癌症患者的无病存活率和降低死亡率方面具有重要影响。由于用于早期诊断的非侵入性方法有助于提高患者的顺从性，因此可将它们包括在筛查程序中。
2、游离细胞核酸(cfnas)可在血清、血浆、尿液和其他体液中发现(chan等人，临床生物化学家协会临床科学评论委员会，“cell-free nucleic acids in plasma,serum andurine:a new tool in molecular diagnosis”，ann clin biochem.，2003年；第40卷第2期：第122-130页)，代表“液体活检”，这是一种特定疾病的循环图像。参见de mattos-arruda和caldas，2016年“cell-free circulating tumour dna as a liquid biopsy inbreast cancer”，mol oncol.，2016年；第10卷第3期：第464-474页。类似地，已经提出将游离细胞rna作为癌症检测的可能分析物。参见tzimagiorgis等人，“recoveringcirculating extracellular or cell-free rna from bodily fluids”，c
3、然而，癌症仍然是世界范围内常见的死亡原因。在过去的几十年中，治疗选择有所改善，但存活率仍然很低。通过手术切除和基于药物的方法的成功治疗强烈依赖于早期肿瘤的鉴定。然而，目前的技术，诸如成像和基于生物标志物的方法，往往在疾病进入更晚期之前无法鉴定肿瘤。
技术实现思路
1、考虑到上述情况，仍然需要能够在治疗干预具有更大成功机会的最早阶段鉴定疾病的非侵入性检测模式。本公开的各方面解决了这种需要，并且还提供了其他优点。
2、在一些方面，本公开提供了检测受试者的癌症的方法。在实施方案中，这些方法包括：(a)测量受试者的生物流体中的多种靶分子，其中该多种靶分子选自表11的多肽；以及/或者(b)检测癌症，其中检测癌症包括检测高于阈值水平的靶分子中的一者或多者。在实施方案中，该多种靶分子选自表8或表12至表19中的一者或多者的多肽(例如，表8、表11至表14或表17至表19中的至少5、10、15或20种多肽)。
3、在一些实施方案中，(a)该多种靶分子进一步包含游离细胞多核苷酸，这些游离细胞多核苷酸包括(i)来自编码多肽的基因的游离细胞dna(cfdna)，和/或(ii)编码多肽的基因的游离细胞rna(cfrna)转录物；并且(b)检测高于阈值水平的靶分子中的一者或多者包括(i)检测高于第一阈值水平的多肽中的一者或多者，以及(ii)对于检测到的高于第一阈值水平的多肽中的每一者，检测高于第二阈值水平的对应的游离细胞多核苷酸。
4、在一些方面中，本公开提供了用于实施本文所公开的各种方面中的任一者的方法中的一个或多个步骤的计算机系统。
5、在一些方面中，本公开提供了非暂态计算机可读介质，其上存储有用于实施本文所公开的各种方面中的任一者的方法中的一个或多个步骤的计算机可读指令。
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1.一种检测受试者的癌症的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种靶分子选自表8或表12至表19中的一者或多者的多肽。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种靶分子选自表8、表11至表14或表17至表19中的至少5、10、15或20种多肽。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含来自以下的多种多肽：(i)表11；(ii)表2、表5和表12中的每一者；(iii)表3、表4、表6和表13中的每一者；(iv)表14；(v)表8；或(vi)表18和表19。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含表11至表15中的一者或多者的至少30种多肽。
6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子选自表14的多肽。
7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子是选自下组的多肽：ADAMTS15、AFP、AGR2、AIF1、ALPP、BPIFB2、CEACAM5、CGA、CHGA、CWC15、CXCL1
8.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表8的多肽。
9.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子是选自下组的多肽：CEACAM5、RHOV、SFTA2、SCGB1D2、IGF2BP1、SFTPA1、CA12、SFTPB、CDH3、MUC6、SLC6A14、HOXC9、AGR3、TMEM125、TFAP2B、IRX2、POTEKP、ARHGEF38、GPR87、LMX1B、ATP10B、NELL1、MUC21、SOX9、LINC00993、STMND1、ERVH48-1、SCTR、MAGEA3、MB、LEMD1、SIX4和NXNL2。
10.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含(a)表11至表14中的一者或多者的多肽，和(b)表1至表6中的一种或多种多肽。
11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含(a)表8或表11至表14中的一者或多者的多肽，和(b)表7中的一种或多种多肽。
12.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是肺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表18的多肽。
13.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是肺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自WFDC2、CXCL17、MMP12、GDF15或CEACAM5中的一者或多者的多肽。
14.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是乳腺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表19的多肽。
15.根据权利要求14所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自ADAMTS15、LEP、ERBB2、ERBB4或CGA中的一者或多者的多肽。
16.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含表16A或表16B的多肽。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述多种靶分子包含表17的多肽。
18.根据权利要求16所述的方法，其中所述多种靶分子包含选自AGR3、CA12、CEACAM5、CXCL17、GP2、IL20、MMP7、TFF1、VTCN1的多肽。
19.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中：
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述游离细胞多核苷酸包含cfRNA。
21.根据权利要求19所述的方法，其中所述游离细胞多核苷酸包含cfDNA。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述cfDNA是甲基化cfDNA。
23.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述测量包括测序、微阵列分析、逆转录PCR、实时PCR、定量实时PCR、数字PCR、数字液滴PCR、数字乳液PCR、多重PCR、杂交捕获、寡核苷酸连接测定或它们的任何组合。
24.根据权利要求19所述的方法，其中所述测量包括对所述游离细胞多核苷酸进行测序以产生序列读段。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述测序...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种检测受试者的癌症的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种靶分子选自表8或表12至表19中的一者或多者的多肽。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种靶分子选自表8、表11至表14或表17至表19中的至少5、10、15或20种多肽。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含来自以下的多种多肽：(i)表11；(ii)表2、表5和表12中的每一者；(iii)表3、表4、表6和表13中的每一者；(iv)表14；(v)表8；或(vi)表18和表19。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含表11至表15中的一者或多者的至少30种多肽。
6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子选自表14的多肽。
7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子是选自下组的多肽：adamts15、afp、agr2、aif1、alpp、bpifb2、ceacam5、cga、chga、cwc15、cxcl17、dxo、erbb2、erbb4、f7、fgfbp1、fgfr2、fkbpl、folr1、gdf15、gfra1、gp2、insl4、lama4、lep、mia、mmp12、prss8、sfrp1、sftpa2、spon1、tff1、vtcn1和wfdc2。
8.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表8的多肽。
9.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子是选自下组的多肽：ceacam5、rhov、sfta2、scgb1d2、igf2bp1、sftpa1、ca12、sftpb、cdh3、muc6、slc6a14、hoxc9、agr3、tmem125、tfap2b、irx2、potekp、arhgef38、gpr87、lmx1b、atp10b、nell1、muc21、sox9、linc00993、stmnd1、ervh48-1、sctr、magea3、mb、lemd1、six4和nxnl2。
10.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含(a)表11至表14中的一者或多者的多肽，和(b)表1至表6中的一种或多种多肽。
11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含(a)表8或表11至表14中的一者或多者的多肽，和(b)表7中的一种或多种多肽。
12.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是肺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表18的多肽。
13.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是肺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自wfdc2、cxcl17、mmp12、gdf15或ceacam5中的一者或多者的多肽。
14.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中(i)所述癌症是乳腺癌，并且(ii)检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自表19的多肽。
15.根据权利要求14所述的方法，其中检测到的高于阈值的所述多种靶分子选自adamts15、lep、erbb2、erbb4或cga中的一者或多者的多肽。
16.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多种靶分子包含表16a或表16b的多肽。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述多种靶分子包含表17的多肽。
18.根据权利要求16所述的方法，其中所述多种靶分子包含选自agr3、ca12、ceacam5、cxcl17、gp2、il20、mmp7、tff1、v...
【专利技术属性】
技术研发人员：马修·拉森，露丝·E·蒙兹，大卫·伯克哈特，
申请(专利权)人：格里尔公司，
类型：发明
国别省市：
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