用于血浆游离RNA分析的多种方法技术

提供了测量多个血浆游离(cell

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于血浆游离RNA分析的多种方法
[0001]相关申请案
[0002]本申请主张2020年6月16日申请的第63/039,886号美国临时专利申请案的优先权，其内容在此通过引用其整体并入本文中以用于所有目的。

技术介绍

[0003]截至2017年，美国每年共有超过160万例新病例，癌症是一个突出的全球公共卫生问题。参见Siegel等人,2017,“癌症统计(Cancer statistics)”,CA Cancer J Clin.67(1):7
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30。多个筛查计划和早期诊断对提高癌症患者的无病生存率和降低死亡率具有一重要影响。由于早期诊断的多种非侵入性方法可以促进患者的依从性，因此可以将它们包括在多个筛查计划中。
[0004]多个血浆游离核酸(cell
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free nucleic acid，cfNA)可在血清、血浆、尿液和其他体液中发现(Chan等人,“临床生化学家协会临床科学评论委员会血浆、血清和尿液中的游离核酸:一种新的分子诊断工具(Clinical Sciences Reviews Committee of the Association of Clinical Biochemists Cell
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free nucleic acids in plasma,serum and urine:a new tool in molecular diagnosis)”,Ann Clin Biochem.2003；40(Pt 2):122
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130)代表一“液体活检”，这是一特定疾病的一循环图像。参见De Mattos
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Arruda和Caldas,2016,“血浆游离循环肿瘤DNA作为乳腺癌的一液体活检(Cell
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free circulating tumour DNA as a liquid biopsy in breast cancer)”,Mol Oncol.2016；10(3):464
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474。类似地，已提出血浆游离(cell
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free)RNA作为癌症检测的一可能分析物。参见Tzimagiorgis等人,“从多种体液中恢复循环的细胞外或血浆游离RNA(Recovering circulating extracellular or cell
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free RNA from bodily fluids)”,Cancer Epidemiology 2011；35(6):580
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589。这些方法代表筛查各种疾病，例如多种癌症的多种潜在非侵入性方法。
[0005]然而，癌症仍然是全世界一常见的死亡原因。在过去的数十年里治疗方案有所改进，但存活率仍然很低。手术切除和药物治疗的所述成功很大程度上取决于多个早期肿瘤的识别。然而，多种当前的技术，例如成像和多种基于生物标记物(biomarker)的方法，通常在所述疾病进入所述更晚期阶段之前无法识别多个肿瘤。
[0006]因此，当多个治疗干预具有一更大的成功机会时，仍然需要能够在最早阶段识别疾病的多种新的非侵入性检测方式。本专利技术满足这些和其他需要。

技术实现思路

[0007]根据各种实施例，本公开的主题提供了多种测量一样本中的多个标靶血浆游离RNA(cell
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free RNA，cfRNA)分子的方法。在多个实施例中，所述多种方法包括以下步骤：(a)富集所述多个标靶cfRNA分子或其多个互补DNA(cDNA)分子，以产生多个多核苷酸的一富集样本；及/或(b)对所述富集样本的所述多个多核苷酸或其多个扩增产物测序；其中，所述多个标靶cfRNA分子选自表11中的一个或多个转录物。在多个实施例中，所述多个标靶
cfRNA分子可以选自表8或12
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15中的一者或多者，或其任意组合(例如来自表8或11
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14中的一者或多者的5、10、15或20个基因的多个转录物)。
[0008]在一些方面，本主题公开提供了一种检测一受试者中癌症的方法。在多个实施例中，所述多种方法包括以下步骤：(a)测量所述受试者的一样本中的多个标靶血浆游离RNA(cfRNA)分子，其中所述多个标靶cfRNA分子选自表11中的多个转录物；及/或(b)检测所述癌症，其中检测所述癌症包括检测高于一阈值水平的所述多个标靶cfRNA分子中的一个或多个。在多个实施例中，检测高于一阈值的所述标靶cfRNA分子的一个或多个的步骤包括(i)检测、(ii)高于背景检测、或(iii)在一水平检测，所述水平比未患有所述病况的多位受试者中的多个相应序列读数的一水平高。在多个实施例中，所述多个标靶cfRNA分子选自表8或12
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15中的一者或多者(例如来自表8或11
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14中的一者或多者的5、10、15或20个基因的多个转录物)。
[0009]在各个方面，本公开提供了检测一受试者的一疾病状态的多种方法和多种组合物。在多个实施例中，所述多种方法包括检测血浆游离核糖核酸(cfRNA)中的一种或多种标记物。在多个实施例中，检测cfRNA的步骤包括对来自一受试者的一生物样本中的cfRNA测序，以产生多个cfRNA读数。在多个实施例中，所述方法进一步包括对来自一受试者的多个细胞中的RNA测序，以产生多个细胞读数，并且过滤所述多个cfRNA读数，以排除对应于一个或多个细胞读数的多个cfRNA读数。在多个实施例中，所述多个细胞是多个血球细胞。在多个实施例中，所述多种方法包括过滤所述多个cfRNA读数，以排除一个或多个核醣体、线粒体及/或血液相关的转录物。在多个实施例中，仅测量与一外显子(exon)
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外显子连接重叠的多个cfRNA读数(或多个读数对)。在多个实施例中，测量对应于一种或多种标记物的cfRNA(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25或多种标记物)。所述一种或多种标记物可以是本文公开的所述多种标记物中的任一者，以任意组合形式。在多个实施例中，所述一种或多种标记物与所述疾病状态相关。在多个实施例中，所述多种方法包括治疗一受试者的所述疾病状态。
[0010]本公开的多个方面包括多种用于检测一受试者中一疾病状态的方法，所述方法包括：从所述受试者中分离一生物测试样本，其中所述生物测试样本包括多个血浆游离核糖核酸(cfRNA)分子；从所述生物测试样本中提取所述多个cfRNA分子；对所述多个提取的cfRNA分子进行一测序程序，以产生多个序列读数；执行一过滤程序，以产生源自一个或多个健康细胞的多个序列读数的一排除群体以及多个序列读数的一非排除群体；对所述多个非排除的序列读数执行一量化程序；以及当所述量化程序产生超过一阈值的一值时，检测所述受试者中的所述疾病状态。在多个实施例中，检测高于一阈值的一个或多个非排除的序列读数的步骤包括(i)检测、(ii)高于背景检测、或(iii)在一水平检测，所述水平比未患有所述病本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种检测一受试者中癌症的方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：(a)测量所述受试者的一样本中的多个标靶血浆游离RNA分子，其中所述多个标靶血浆游离RNA分子选自表11中的一个或多个转录物；及(b)检测所述癌症，其中检测所述癌症包括检测高于一阈值水平的所述多个标靶血浆游离RNA分子中的一个或多个。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子选自表8或12
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15中的一者或多者。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子选自来自表8或11
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14中的一者或多者的至少5、10、15或20个基因的多个转录物。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子包括来自以下的多个转录物：(i)表11；(ii)表2、5和12中的每一者；(iii)表3、4、6和13中的每一者；(iv)表14；或(v)表8。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子包括来自表8或11
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15中的一者或多者的至少30个基因的多个转录物。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子是选自表14中的多个转录物。7.如权利要求1所述的方法，其特征在于：检测到高于一阈值的所述多个标靶血浆游离RNA分子是衍生自选自由以下多个基因所组成的群组的多个血浆游离RNA分子：ADIPOQ、AGR3、ANKRD30A、AQP4、BPIFA1、CA12、CEACAM5、CFTR、CXCL17、CYP4F8、FABP7、FOXI1、GGTLC1、GP2、IL20、ITIH6、LDLRAD1、LEMD1、LMX1B、MMP7、NKAIN1、NKX2
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1、ROPN1、ROS1、SCGB1D2、SCGB2A2、SFTA2、SFTA3、SLC34A2、SOX9、STK32A、STMND1、TFAP2A、TFAP2B、TFF1、TRPV6、VGLL1及VTCN1。8.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子是选自表8中的多个转录物。9.如权利要求1所述的方法，其特征在于：检测到高于一阈值的所述多个标靶血浆游离RNA分子是衍生自选自由以下多个基因所组成的群组的多个血浆游离RNA分子：CEACAM5、RHOV、SFTA2、SCGB1D2、IGF2BP1、SFTPA1、CA12、SFTPB、CDH3、MUC6、SLC6A14、HOXC9、AGR3、TMEM125、TFAP2B、IRX2、POTEKP、ARHGEF38、GPR87、LMX1B、ATP10B、NELL1、MUC21、SOX9、LINC00993、STMND1、ERVH48
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1、SCTR、MAGEA3、MB、LEMD1、SIX4及NXNL2。10.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子包括(a)表8或11
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14中的一者或多者的多个转录物、及(b)表1
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6中的一个或多个转录物。11.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多个标靶血浆游离RNA分子包括(a)表8或11
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14中的一者或多者的多个转录物、及(b)表7中的一个或多个转录物。12.如权利要求1所述的方法，其特征在于：(i)所述癌症是肺癌，及(ii)检测到高于一阈值的所述多个标靶血浆游离RNA分子是选自表2、5或12中的一者或多者的多个转录物。13.如权利要求1所述的方法，其特征在于：(i)所述癌症是乳癌，及(ii)检测到高于一阈值的所述多个标靶血浆游离RNA分子是选自表3、4、6或13中的一者或多者的多个转录物。14.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其特征在于：所述测量包括测序、微阵列分析、反转录PCR、实时PCR、定量实时PCR、数位PCR、数位微滴PCR、数位乳化PCR、多重PCR、杂交
捕获、多种寡核苷酸连接测定或其任意组合。15.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其特征在于：所述测量的步骤包括对多个血浆游离RNA分子测序，以产生多个血浆游离RNA序列读数。16.如权利要求15所述的方法，其特征在于：对所述多个血浆游离RNA分子测序的步骤包括全转录组测序。17.如权利要求15所述的方法，其特征在于：对所述多个血浆游离RNA分子测序的步骤包括反转录以产生多个互补DNA分子，以及对所述多个互补DNA分子测序以产生所述多个血浆游离RNA序列读数。18.如权利要求15所述的方法，其特征在于：对所述多个血浆游离RNA分子测序的步骤包括富集所述多个标靶血浆游离RNA分子或其多个互补DNA分子。19.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其特征在于：所述样本包...

【专利技术属性】
技术研发人员：露丝，
申请(专利权)人：格里尔公司，
类型：发明
国别省市：