【技术实现步骤摘要】
技术介绍
技术实现思路
1、在一些方面，本公开内容提供了包括通过分析来自受试者的生物样品中的无细胞脱氧核糖核酸(dna)片段来鉴别所述受试者中的核酸片段化模式的方法。在一些实施方案中，所述无细胞dna片段源自正常细胞并且可能来自病变细胞。在一些实施方案中，所述方法包括从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，所述方法包括富集所述生物样品。在一些实施方案中，所述方法包括富集所述生物样品中的具有可映射到一个或多个基因座的末端的一组无细胞dna片段。在一些实施方案中，所述一个或多个基因座与疾病相关。在一些实施方案中，所述富集包括使至少一种探针与所述无细胞dna片段的每个末端杂交。在一些实施方案中，所述探针包含与所述无细胞dna片段的至少一个末端互补的给定序列。在一些实施方案中，所述探针的给定序列的每个核苷酸与所述无细胞dna片段杂交。在一些实施方案中，所述方法包括对该组富集的无细胞dna片段或其衍生物进行测序以获得多个序列。在一些实施方案中，所述方法包括将所述多个序列与参考进行比对以确定所述多个序列的基因组位置。在一些实施方案中，所述基因组位置包括对应于所述无细胞dna片段的末端的位置。在一些实施方案中，所述方法包括鉴别所述多个序列中具有特定片段化模式的一组基因座。在一些实施方案中，该组基因座对应于与所述疾病相关的一个或多个基因座。在一些实施方案中，所述方法包括对获得的生物样品进行酶促操作。在一些实施方案中，对该组无细胞dna片段进行测序不包括对富集的无细胞dna片段进行dna扩增的步骤。在
2、在一些方面，本公开内容提供了包括通过分析来自受试者的生物样品中的无细胞脱氧核糖核酸(dna)片段来鉴别所述受试者中的核酸片段化模式的方法。在一些实施方案中，所述无细胞dna片段源自正常细胞并且可能来自病变细胞。在一些实施方案中，所述方法包括从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，所述方法包括通过探针捕获来富集所述生物样品中的具有可映射到一个或多个基因座的末端的一组无细胞dna片段。在一些实施方案中，所述一个或多个基因座与疾病相关。在一些实施方案中，所述富集包括使至少一种探针与所述无细胞dna片段的每个末端杂交。在一些实施方案中，所述探针包含与所述无细胞dna片段的至少一个末端互补的给定序列。在一些实施方案中，所述探针的给定序列的每个核苷酸与所述无细胞dna片段杂交。在一些实施方案中，所述方法包括鉴别该组富集的无细胞dna片段中具有特定片段化模式的一组基因座。在一些实施方案中，通过阵列杂交鉴别该组基因座。在一些实施方案中，通过核酸扩增鉴别该组基因座。在一些实施方案中，所述核酸扩增包括聚合酶链反应(pcr)。在一些实施方案中，所述疾病为癌症。
3、在一些方面，本公开内容提供了包括扩增来自受试者的生物样品中的无细胞核酸分子的方法。在一些实施方案中，所述方法包括将衔接子连接到来自所述受试者的生物样品的所述无细胞核酸分子的每个末端。在一些实施方案中，所述衔接子包含用于限制性内切核酸酶的识别序列。在一些实施方案中，所述限制性内切核酸酶能够在所述衔接子与所述无细胞核酸分子的末端之间的连接处切割。在一些实施方案中，所述方法包括使用在所述无细胞核酸分子的每个末端处的衔接子扩增在每个末端处包含衔接子的所述无细胞核酸分子，以生成在每个末端处包含衔接子的扩增的无细胞核酸分子。在一些实施方案中，所述方法包括使用所述限制性内切核酸酶将至少一个衔接子与在每个末端包含衔接子的所述扩增的无细胞核酸分子的至少一个末端分离。在一些实施方案中，所述分离发生在所述衔接子与所述无细胞核酸分子的末端之间的连接处。在一些实施方案中，所述无细胞核酸分子是双链的。在一些实施方案中，所述限制性内切核酸酶是ii型核酸酶。在一些实施方案中，所述ii型核酸酶选自btsci、foki、ap内切核酸酶和s1内切核酸酶。在一些实施方案中，所述样品中的所述无细胞核酸分子的浓度为每毫升约10至10000个基因组。在一些实施方案中，所述生物样品选自全血、血浆、血清、尿液、脑脊液、血沉棕黄层及其组合。在一些实施方案中，所述方法包括修复来自所述受试者的生物样品的所述无细胞核酸分子的一个或多个末端。在一些实施方案中，所述修复包括使所述无细胞核酸分子的一个或多个末端中的至少一个平端化，以包含末端5′-磷酸基团和3′-羟基基团中的至少一种。在一些实施方案中，所述修复进一步包括在所述无细胞核酸分子的一个或多个末端处附接脱氧腺苷核苷酸。在一些实施方案中，所述衔接子是双链的。在一些实施方案中，所述方法包括使至少一种探针与所述扩增的无细胞核酸分子的每个末端杂交。在一些实施方案中，所述探针包含与所述扩增的无细胞核酸分子的至少一个末端互补的给定序列。在一些实施方案中，所述探针的给定序列的每个核苷酸与扩增的无细胞核酸分子杂交。在一些实施方案中，所述方法包括对所述扩增的无细胞核酸分子进行测序。在一些实施方案中，所述方法包括对所述扩增的无细胞核酸分子进行测序以获得对应于所述无细胞核酸分子的多个序列。在一些实施方案中，所述方法包括将所述多个序列与参考基因组进行比对。在一些实施方案中，所述方法包括确定所述多个序列的末端在该处以高于阈值的速率发生的所述参考基因组中的一组基因组位置，从而确定所述受试者中的核酸片段化模式。
4、在一些方面，本公开内容提供了包括扩增来自受试者的生物样品中的无细胞核酸分子的方法。在一些实施方案中，所述方法包括将衔接子连接到来自所述受试者的生物样品的所述无细胞核酸分子的每个末端。在一些实施方案中，与所述无细胞核酸分子连接的所述衔接子的末端包含腺嘌呤碱基和胸腺嘧啶碱基。在一些实施方案中，所述方法包括使用在所述无细胞核酸分子的每个末端处的所述衔接子扩增在每个末端处包含衔接子的所述无细胞核酸分子，以生成在每个末端包含衔接子的扩增的无细胞核酸分子。在一些实施方案中，所述扩增的无细胞核酸分子的扩增子在所述胸腺嘧啶碱基的位置包含尿嘧啶碱基、尿苷碱基和脱氧尿苷碱基中的一种。在一些实施方案中，所述方法包括使用所述限制性内切核酸酶将至少一个衔接子与在每个末端处包含衔接子的所述扩增的无细胞核酸分子的至少一个末端分离。在一些实施方案中，所述分离发生在所述衔接子与所述无细胞核酸分子的末端之间的连接处。在一些实施方案中，所述方法包括用尿嘧啶-dna糖基化酶(udg)处理所述扩增的无细胞核酸分子，其中所述udg处理去除所述尿嘧啶碱基、所述尿苷碱基和所述脱氧尿苷碱基中的一种，从而产生脱嘌呤/脱嘧啶(ap)位点。在一些实施方案中，所述扩增包括使用在所述一个或多个引物的3’端处包含尿嘧啶碱基、尿苷碱基和脱氧尿苷碱基中的一种的一个或多个引物。在一些实施方案中，所述限制性内切核本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施鉴别受试者中的核酸片段化模式的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的计算机系统，其中对该组无细胞DNA片段进行测序无需且不依赖于对(a)中富集的无细胞DNA片段进行任何DNA扩增。
3.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述鉴别具有特定片段化模式的该组基因座包括将所述多个序列与所述参考基因组进行比较，以鉴别具有特定片段化模式的该组基因座。
4.根据权利要求3所述的计算机系统，其中在该组基因座的每个基因座处，相对于所述参考基因组具有序列变异的序列的数目高于阈值。
5.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述疾病为肿瘤。
6.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述多个序列为多个序列读取。
7.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施鉴别受试者中的核酸片段化模式的方法，所述方法包括：
8.根据权利要求7所述的计算机系统，其中通过阵列杂交鉴别该组基因座。
9.根据权利要求7所述的计算机系统，其中通过核酸扩增鉴别该组基因座。
10.
11.根据权利要求7所述的计算机系统，其中所述疾病为癌症。
12.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施用于分析来自受试者的生物样品中的无细胞核酸分子的方法，所述方法包括：
13.根据权利要求12所述的计算机系统，其中该组无细胞核酸分子片段中的至少两个是不同长度的。
14.根据权利要求12所述的计算机系统，其中所述连接包括将所述无细胞核酸片段的所述3′端延伸到所述无细胞核酸分子片段的所述5′端。
15.根据权利要求12所述的计算机系统，其中所述连接包括使用连接酶进行连接。
16.根据权利要求12所述的计算机系统，进一步包括扩增所述环化无细胞核酸分子。
17.根据权利要求16所述的计算机系统，其中所述扩增包括进行滚环扩增。
18.根据权利要求12所述的计算机系统，其中所述确定包括进行定量聚合酶链反应(PCR)。
19.根据权利要求12所述的计算机系统，其中所述疾病为癌症。
20.一种试剂盒，所述试剂盒包含一种或多种核酸探针，所述核酸探针中的每一种包含：
21.一种或多种核酸探针在制备用于分析来自受试者的生物样品中的无细胞核酸分子的试剂盒中的用途，所述核酸探针中的每一种包含：
22.根据权利要求21所述的用途，其中所述富集效率为至少90％。
23.根据权利要求21所述的用途，其中所述富集效率为至少95％。
24.根据权利要求21所述的用途，其中所述富集效率为至少98％。
25.根据权利要求21所述的用途，其中所述第一探针序列和所述第二探针序列中的至少一个可映射到与疾病相关的一个或多个基因座。
26.根据权利要求25所述的用途，其中所述疾病为癌症。
27.根据权利要求21所述的用途，其中所述第一探针序列和所述第二探针序列中的一个或两者具有支持与所述靶核酸形成的稳定异源双链体的序列组成和长度。
...【技术特征摘要】
1.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施鉴别受试者中的核酸片段化模式的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的计算机系统，其中对该组无细胞dna片段进行测序无需且不依赖于对(a)中富集的无细胞dna片段进行任何dna扩增。
3.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述鉴别具有特定片段化模式的该组基因座包括将所述多个序列与所述参考基因组进行比较，以鉴别具有特定片段化模式的该组基因座。
4.根据权利要求3所述的计算机系统，其中在该组基因座的每个基因座处，相对于所述参考基因组具有序列变异的序列的数目高于阈值。
5.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述疾病为肿瘤。
6.根据权利要求1所述的计算机系统，其中所述多个序列为多个序列读取。
7.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施鉴别受试者中的核酸片段化模式的方法，所述方法包括：
8.根据权利要求7所述的计算机系统，其中通过阵列杂交鉴别该组基因座。
9.根据权利要求7所述的计算机系统，其中通过核酸扩增鉴别该组基因座。
10.根据权利要求9所述的计算机系统，其中所述核酸扩增包括聚合酶链反应(pcr)。
11.根据权利要求7所述的计算机系统，其中所述疾病为癌症。
12.一种计算机系统，所述计算机系统用于实施用于分析来自受试者的生物样品中的无细胞核酸分子的方法，所述方法包括：
13.根据权利要求12所述的计算机系统，其中该组无细胞核酸分子片段中的至少两个是不同长度的。
14....
【专利技术属性】
技术研发人员：欧金尼·纳姆萨拉伊夫，马尼什·简恩，
申请(专利权)人：格瑞尔有限责任公司，
类型：发明
国别省市：
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