用于测序的核酸样品的制备制造技术

提供了用于扩增核酸，包括无细胞核酸片段，以准备进行测序的组合物和方法。提供了制备具有[T]

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于测序的核酸样品的制备
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年12月18日提交的美国临时专利申请号63/127,566的优先权权益，其公开内容通过引用整体并入本文。


[0003]本公开的主题涉及用于制备用于测序的核酸样品的组合物和方法。

技术介绍

[0004]DNA中胞嘧啶的甲基化是多种疾病和病状的越来越重要的诊断标志物。例如，DNA甲基化谱分析已被用作检测、诊断和/或表征癌症的诊断工具。这些分析通常使用来自体液的片段化DNA(cfDNA)。鉴定经甲基化的碱基的测序通常涉及转换步骤，其中未甲基化的胞嘧啶被转换为尿嘧啶，然后添加测序衔接子。添加测序衔接子通常涉及两个连接步骤，这会降低转换效率，并增加额外的清理步骤。这种方法降低了整体文库转换效率。
[0005]因此，本领域需要简化DNA文库制备并提高效率的方法。

技术实现思路

[0006]本公开的主题涉及一种制备环化模板的方法，该方法在不同的实施方案中包括：(a)提供单链核酸片段的样品；(b)将具有[PS]‑<br/>[L]‑...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种具有[T]
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[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]结构的环化核酸模板，其中：(a)T是靶核酸序列；(b)PS1和PS2各自是核酸引物位点；(c)L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头；以及(d)所述结构通过将其5
’
端结合到其3
’
端而环化。2.一种具有[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]
‑
[T
’
]结构的环化核酸模板，其中：(a)T
’
是靶核酸序列的互补序列；(b)PS1和PS2各自是核酸引物位点；(c)L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头；以及(d)所述结构通过将其5
’
端结合到其3
’
端而环化。3.一种扩增靶序列的方法，所述方法包括：(a)提供根据权利要求1或2中任一项所述的环化模板；(b)使与PS1互补的引物结合至PS1并且使与PS2互补的引物结合至PS2；以及(c)使用聚合酶通过引物延伸反应复制所述靶序列。4.一种制备环化模板的方法，所述方法包括：(a)提供单链靶核酸片段的样品；(b)将具有[PS]
‑
[L]
‑
[PS]结构的片段连接到或复制入所述靶核酸片段的每一个，其中PS是核酸引物位点，并且L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头；以及(c)环化。5.一种制备具有[T]
‑
[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]结构的环化模板的方法，所述方法包括：(a)提供[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链，其中PS1和PS2各自是核酸引物位点，并且L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头；(b)提供[T]核酸；(c)将[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链连接到[T]链以产生[T]
‑
[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链；(d)环化[T]
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[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链以产生环化的[T]
‑
[PS1]
‑
[L]
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[PS2]。6.一种制备具有[PS1]
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[L]
‑
[PS2]
‑
[T
’
]结构的环化模板的方法，所述方法包括：(a)提供[T]链；(b)提供[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链，其中PS1和PS2各自是核酸引物位点，并且L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头；(c)将与所述[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链的[PS2]互补的引物位点[PS2
’
]链连接到所述[T]链的3
’
端；(d)将所述[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]链与连接的[T]
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[PS2
’
]退火；(d)使用聚合酶通过引物延伸反应延伸所述[PS1]
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[L]
‑
[PS2]链以产生[PS1]
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[L]
‑
[PS2]
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[T
’
]链，其中[T
’
]是所述[T]链的互补序列；以及(e)环化所述[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]
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[T
’
]链以产生环化的[PS1]
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[L]
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[PS2]
‑
[T
’
]。7.一种具有[PS1]
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[L]
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[PS2]结构的单链核酸，其中PS1和PS2各自是核酸引物位点，并且L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头。8.一种试剂盒，其包括：(a)具有封闭的3
’
端的5
’
磷酸化单链引物位点寡核苷酸；和(b)具有[PS1]
‑
[L]
‑
[PS2]结构的单链核酸，其中PS1和PS2各自是核酸引物位点，L是包含终止引物延伸反应的有机分子的接头，并且[PS2]与具有封闭的3
’
端的所述引物位点寡核苷酸互补。9.根据权利要求1
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8中任一项所述的环化模板、方法、核酸或试剂盒，其中L包含聚亚烷基二醇。10.根据权利要求1
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8中任一项所述的环化模板、方法、核酸或试剂盒，其中L包含聚乙二醇。11.根据权利要求1
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8中任一项所述的环化模板、方法、核酸或试剂盒，其中L包含以磷酸基团封端的聚亚烷基二醇。12.根据权利要求1
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【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：格瑞尔有限责任公司，
类型：发明
国别省市：