【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、蛋白质组学分析受到生物系统的宽蛋白质浓度范围的挑战。许多生物体包含浓度在大于十个量级的范围内的蛋白质，这使得许多目前的蛋白质组学方法在没有事先富集步骤的情况下无法直接检测低丰度蛋白质。虽然多种富集方法实现了从样品中的单一蛋白质收集，但此类方法对更宽泛的蛋白质组学变异和更广泛表达模式的潜在联合影响的复杂性视而不见。
技术实现思路
1、蛋白质组学谱分析方法常常面对谱分析深度与分辨率之间的权衡。对于许多分析方法(例如，质谱蛋白质检测)，在宽动态范围内分析蛋白质可能限制辨别相似蛋白质或准确解析蛋白质丰度的能力。因此，收集数百或数千种蛋白质的富集方法对于鉴定相似样品之间细微差异可能并不总是最佳的。相反，高度靶向的富集方法(诸如组织学方法)常常包括漏掉靶向亚群体之外的变异的限制性结合特异性。本文认识到需要包括广度和可定制靶标特异性两者的选择性蛋白质富集和分析方法。
2、在一些方面中，本公开提供了一种系统，其包括表面；偶联至所述表面的肽，其中所述肽包含结合位点；以及在所述结合位点处与所述肽结合的至少三种不同的蛋白质。
3、在一些实施方案中，所述肽包含合成序列。
4、在一些实施方案中，所述肽包含一个或多个非天然氨基酸。
5、在一些实施方案中，所述肽包含一个或多个天然氨基酸。
6、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质包括至少4、5、6、7、8、9或10种不同的蛋白质。
7、在一些实施方案中，所述至少三种不同
8、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质与所述肽的单一实例(singleinstance)结合。
9、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质单独地与所述肽的不同实例(different instances)结合。
10、在一些实施方案中，所述肽包括被配置为结合所述至少三种不同蛋白质中的不同生物分子的给定肽的变体。
11、在一些实施方案中，所述结合位点包含所述肽的至少一部分。
12、在一些实施方案中，所述结合位点包含所述肽的全部。
13、在一些实施方案中，所述肽包含所述给定肽的给定结合位点的一部分。
14、在一些实施方案中，所述肽包含所述给定肽的突变，使得所述肽包含所述给定肽的所述给定结合位点的修饰形式。
15、在一些实施方案中，所述修饰形式包含不同于所述给定肽的所述给定结合位点的几何结构。
16、在一些实施方案中，所述修饰形式的所述结合位点包含所述给定肽的所述结合位点的不同振动模式，如通过ir光谱或拉曼光谱测量的。
17、在一些实施方案中，所述肽包含小于所述给定肽的给定结合位点的特异性。
18、在一些实施方案中，如在包含itc缓冲液的水性溶液中测量的，所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第一蛋白质之间结合的第一自由能基本上等同于所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第二蛋白质之间结合的第二自由能。
19、在一些实施方案中，如在包含所述itc缓冲液的所述水性溶液中测量的，所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的所述第一蛋白质之间结合的所述第一自由能基本上等同于所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第三蛋白质之间结合的第三自由能。
20、在一些实施方案中，如在包含itc缓冲液的水性溶液中测量的，所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第一蛋白质之间结合的第一平衡常数基本上等同于所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第二蛋白质之间结合的第二平衡常数。
21、在一些实施方案中，如在包含itc缓冲液的水性溶液中测量的，所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的所述第一蛋白质之间结合的所述第一平衡常数基本上等同于所述肽与所述至少三种不同的蛋白质中的第三蛋白质之间结合的第三平衡常数。
22、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质包括至少4、5、6、7、8、9或10种不同的蛋白质。
23、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质包括至少20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000或10000种不同的蛋白质。
24、在一些实施方案中，所述至少三种不同的蛋白质包括至多10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000或10000种不同的蛋白质。
25、在一些实施方案中，与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第一蛋白质的第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第二蛋白质的第二量在彼此的1个量级内。
26、在一些实施方案中，与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的所述第一蛋白质的所述第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第三蛋白质的第三量在彼此的1个量级内。
27、在一些实施方案中，所述第一量和所述第二量在彼此的2、3、4或5个量级内。
28、在一些实施方案中，所述第一量和所述第三量在彼此的2、3、4或5个量级内。
29、在一些实施方案中，所述第一量和所述第二量是用质谱测量的强度。
30、在一些实施方案中，所述第一量和所述第三量是用质谱测量的强度。
31、在一些实施方案中，可以在使所述表面与水、缓冲液或包含共溶剂的水性溶液接触时测量所述第一量和所述第二量。
32、在一些实施方案中，可以在所述表面具有在15与25摄氏度之间的温度时测量所述第一量和所述第二量。
33、在一些实施方案中，所述肽以至少约1个肽/5纳米、1个肽/50平方纳米或1个肽/500纳米的密度偶联至所述表面。
34、在一些实施方案中，所述肽包含至少20个氨基酸。
35、在一些实施方案中，所述肽包含多个模块单元。
36、在一些实施方案中，所述肽包含至少2、5或10个氨基酸。
37、在一些实施方案中，所述肽包含至少30、40、50、60、70、80、90或100个氨基酸。
38、在一些实施方案中，所述肽包含至多30、40、50、60、70、80、90或100个氨基酸。
39、在一些实施方案中，所述肽包含基本线性的结构域。
40、在一些实施方案中，所述基本线性的结构域可以包含α-螺旋构象。
41、在一些实施方案中，所述表面还包含与其偶联的多种肽，其中所述多种肽中的每种肽被配置为结合至少三种不同的蛋白质。
42、在一些实施方案中，所述多种肽中的第一肽被配置为结合本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种系统，所述系统包括：
2.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质包括至少4、5、6、7、8、9或10种不同的蛋白质。
3.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质与所述肽的单一实例结合。
4.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质单独地与所述肽的不同实例结合。
5.如权利要求1所述的系统，其中与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第一蛋白质的第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第二蛋白质的第二量在彼此的1个量级内。
6.如权利要求5所述的系统，其中与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的所述第一蛋白质的所述第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第三蛋白质的第三量在彼此的1个量级内。
7.如权利要求1所述的系统，其中所述肽以至少约1个肽/5纳米、1个肽/50平方纳米或1个肽/50平方纳米的密度偶联至所述表面。
8.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含至多约40个氨基酸。
9.如权利要求8所述的系统，其中所述
10.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含合成序列。
11.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含非天然氨基酸。
12.如权利要求1所述的系统，其中所述表面还包含与其偶联的多种肽，其中所述多种肽中的每种肽被配置为结合至少三种不同的蛋白质。
13.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质中的至少蛋白质子集包含相同表位。
14.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质中的至少蛋白质子集包括至少部分地由外显子的相同基因座表达的至少两种蛋白质形式。
15.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质与所述肽特异性结合。
16.如权利要求1所述的系统，其中所述系统还包括吸附在所述表面上的多种生物分子。
17.如权利要求16所述的系统，其中所述多种生物分子包含至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000或10000种未与所述肽特异性结合的蛋白质。
18.如权利要求16所述的系统，其中所述多种生物分子包含至少约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20的动态范围。
19.如权利要求1所述的系统，其中所述表面提供在溶液中，每μL所述溶液具有以所述表面的表面积计的至少约0.05、0.1、0.2、0.3、0.4或0.5cm2。
20.如权利要求1所述的系统，其中多种生物分子捕获在所述表面上，使得溶液中所述多种生物分子中的至少两种生物分子之间的丰度比相对于捕获在所述表面上的所述多种生物分子中的所述至少两种生物分子变化。
21.如权利要求1所述的系统，其中多种生物分子在下游测定中的可视性增加。
22.如权利要求21所述的系统，其中所述多种生物分子中生物分子的所述可视性通过强度是可测量的，如通过质谱测量的所述强度。
23.一种系统，其包括N数个表面，其中所述N数个表面中的第n表面包含：
24.如权利要求23所述的系统，其中N是至少3、4、5、6、7、8、9或10。
25.如权利要求23所述的系统，其中至少一种第n多种不同生物分子包括至少3、4、5、6、7、8、9或10种不同的生物分子。
26.如权利要求25所述的系统，其中至少2、3、4、5、6、7、8、9或10种第n多种不同生物分子各自包括至少3、4、5、6、7、8、9或10种不同的生物分子。
27.如权利要求23-26中任一项所述的系统，其中所述至少一种第n多种不同生物分子中的第一生物分子的第一量和所述至少一种第n多种不同生物分子中的第二生物分子的第二量在彼此的1个量级内。
28.如权利要求27所述的系统，其中所述至少一种第n多种不同生物分子中的所述第一生物分子的所述第一量和所述至少一种第n多种不同生物分子中的第三生物分子的第三量在彼此的1个量级内。
29.如权利要求23所述的系统，其中所述第n多种不同生物分子包括一种或多种蛋白质。
30.一种系统，所述系统包括：
31.如权利要求30所述的系统，其中所述至少五种不同的生物分子包括至少6、7、8、9或10种不同的蛋白质。
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【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种系统，所述系统包括：
2.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质包括至少4、5、6、7、8、9或10种不同的蛋白质。
3.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质与所述肽的单一实例结合。
4.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质单独地与所述肽的不同实例结合。
5.如权利要求1所述的系统，其中与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第一蛋白质的第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第二蛋白质的第二量在彼此的1个量级内。
6.如权利要求5所述的系统，其中与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的所述第一蛋白质的所述第一量和与所述肽结合的所述至少三种不同的蛋白质中的第三蛋白质的第三量在彼此的1个量级内。
7.如权利要求1所述的系统，其中所述肽以至少约1个肽/5纳米、1个肽/50平方纳米或1个肽/50平方纳米的密度偶联至所述表面。
8.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含至多约40个氨基酸。
9.如权利要求8所述的系统，其中所述肽包含至少约20个氨基酸。
10.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含合成序列。
11.如权利要求1所述的系统，其中所述肽包含非天然氨基酸。
12.如权利要求1所述的系统，其中所述表面还包含与其偶联的多种肽，其中所述多种肽中的每种肽被配置为结合至少三种不同的蛋白质。
13.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质中的至少蛋白质子集包含相同表位。
14.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质中的至少蛋白质子集包括至少部分地由外显子的相同基因座表达的至少两种蛋白质形式。
15.如权利要求1所述的系统，其中所述至少三种不同的蛋白质与所述肽特异性结合。
16.如权利要求1所述的系统，其中所述系统还包括吸附在所述表面上的多种生物分子。
17.如权利要求16所述的系统，其中所述多种生物分子包含至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000或10000种未与所述肽特异性结合的蛋白质。
18.如权利要求16所述的系统，其中所述多种生物分子包含至少约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20的动态范围。
19.如权利要求1所述的系统，其中所述表面提供在溶液中，每μl所述溶液具有以所述表面的表面积计的至少约0.05、0.1、0.2、0.3、0.4或0.5cm2。
20.如权利要求1所述的系统，其中多种生物分子捕获在所述表面上，使得溶液中所述多种生物分子中的至少两种生物分子之间的丰度比相对于捕获在所述表面上的所述多种生物分子中的所述至少两种生物分子变化。
21.如权利要求1所述的系统，其中多种生物分子在下游测定中的可视性增加。
22.如权利要求21所述的系统，其中所述多种生物分子中生物分子的所述可视性通过强度是可测量的，如通过质谱测量的所述强度。
23.一种系统，其包括n数个表面，其中所述n数个表面中的第n表面包含：
24.如权利要求23所述的系统，其中n是至少3、4、5、6、7、8、9或10...
【专利技术属性】
技术研发人员：阿西姆·西迪基，丹尼尔·霍恩博格，克雷格·斯托拉尔奇克，李怡娜，夏宏伟，
申请(专利权)人：禧尔公司，
类型：发明
国别省市：
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