用于生物分子测定的装置制造方法及图纸

本文公开了在蛋白质和

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于生物分子测定的装置
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求
2021
年2月
26
日提交的美国临时申请第
63/154,660
号和
2022
年2月4日提交的美国临时申请第
63/306,951
号的权益，其各自的全部内容通过引用并入本文
。

技术介绍

[0003]低丰度生物分子的分析是蛋白质组学的重大挑战
。
虽然最近的一些进展改善了从样品中捕捉单个生物分子，但诊断方法通常需要检测大量生物分子才能准确鉴定生物学状态
、
组学和有机体
。
因此，需要用于从样品中富集大部分低丰度生物分子的组合物和方法
。

技术实现思路

[0004]在一个方面，本文提供了一种选择用于生物分子测定的表面的方法，包括：
(a)
提供包含多个生物分子的一个或多个生物样品；
(b)
使一个或多个生物样品与多个表面接触，使得多个表面中的每个表面吸附多个生物分子中的生物分子子集；
(c)
对于多个表面中的每个表面，确定吸附在其上的生物分子子集的丰度；以及
(d)
当与多个表面中的另一表面子集相比，表面子集吸附包含不同丰度模式的生物分子或生物分子分组时，至少部分地基于丰度来选择多个表面中的表面子集
。
[0005]在一些实施方案中，当表面子集中的第一表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第一集合时，选择该表面子集
。
在一些实施方案中，当表面子集中的第二表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第二集合时，选择该表面子集
。
[0006]在一些实施方案中，功能相关的生物分子的第一集合
、
功能相关的生物分子的第二集合或两者包括以下中的至少一种：激素蛋白
、
细胞溶解蛋白
、
先天免疫蛋白
、
膜攻击复合体
、
补体途径蛋白
、
淀粉样纤维
、
参与胆固醇代谢的蛋白质
、
参与类固醇代谢的蛋白质
、
具有
γ
羧基谷氨酸结构域的蛋白质
、
与淀粉样变性相关的蛋白质
、
硫酸化蛋白
、
蛋白聚糖蛋白
、
免疫球蛋白
、
适应性免疫蛋白
、
线粒体蛋白
、
膜蛋白
、
细胞形状蛋白
、
肌肉蛋白
、
与遗传物质结合的蛋白质
、
与基因表达和
/
或调控相关的蛋白质
、
与细胞内和
/
或细胞外空间相关的蛋白质及其任何组合
。
[0007]在一些实施方案中，该方法还可以包括将并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与表面子集接触，从而测定新生物样品中功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第一集合或第二集合
。
[0008]在一些实施方案中，第一表面和第二表面各自以不同的相对丰度吸附多个生物分子中的给定生物分子
。
在一些实施方案中，第一表面吸附至少一个未吸附在第二表面上的生物分子
。
[0009]在一些实施方案中，所述一个或多个生物样品是从患有给定疾病的对象获得的样品，使得选择的表面子集被优化用于针对给定疾病测定新生物样品
。
[0010]在一些实施方案中，该方法还包括将并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与表面子集接触，从而探测新生物样品中的生物分子以确定与给定疾病相关的新生
物样品的疾病状态
。
[0011]在一些实施方案中，一个或多个生物样品是从个体获得的，使得选择的表面子集被优化用于测定来自个体的生物样品
。
在一些实施方案中，从具有至少一种属性的个体分组获得一个或多个生物样品，使得选择的表面子集被优化用于测定来自具有至少一种属性的个体的生物样品
。
在一些实施方案中，所述至少一种属性包括遗传因素
、
非遗传因素或两者
。
在一些实施方案中，遗传因素包括一个或多个遗传突变
、
一个或多个等位基因的存在或缺失
、
一个或多个基因的存在或缺失
、
一个或多个染色体的存在或缺失或其任何组合
。
在一些实施方案中，非遗传因素包括身体活动水平
、
睡眠质量和模式
、
药物和
/
或酒精的消耗
、
生物统计学或其任何组合
。
在一些实施方案中，所述一个或多个生物样品是从一个或多个物种获得的样品，使得选择的表面子集被优化用于测定一个或多个物种中的至少一个物种
。
[0012]在一些实施方案中，当吸附在第一表面和第二表面上的不同生物分子子集的身份之间的
Jaccard
指数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
时，选择所述第一表面和所述第二表面
。
在一些实施方案中，当功能相关的生物分子的第一集合和功能相关的生物分子的第二集合的测量强度之间的皮尔逊相关系数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
或1时，选择所述第一表面和所述第二表面
。
[0013]在一些实施方案中，当与多个表面中的另一表面子集相比，表面子集以更大的动态范围吸附生物分子或生物分子分组时，选择所述表面子集
。
在一些实施方案中，更大的动态范围大至少约
1、2、3、4、5、6、7、8、9
或
10
个数量级
。
[0014]在一些实施方案中，一个或多个生物样品包括相同给定生物样品的衍生物或部分
。
在一些实施方案中，一个或多个生物样品包括人血浆样品
。
在一些实施方案中，一个或多个生物样品包括生物样品标准品
。
在一些实施方案中，生物样品标准品是
HeLa
细胞提取物
。
[0015]在一些实施方案中，所述多个生物分子包括聚氨基酸
。
在一些实施方案中，聚氨基酸包括肽
、
蛋白质或其组合
。
[0016]在一些实施方案中，吸附在多个表面中的至少一个表面上的不同生物分子子集包括不共享共同结合模体的至少两个生物分子
。
[0017]在一些实施方案中，
(c)
中确定身份是通过以下进行的：
(i)
将吸本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种选择用于生物分子测定的表面的方法，所述方法包括：
(a)
提供包含多个生物分子的一个或多个生物样品；
(b)
使所述一个或多个生物样品与多个表面接触，使得所述多个表面中的每个表面吸附所述多个生物分子中的生物分子子集；
(c)
对于所述多个表面中的每个表面，确定吸附在其上的所述生物分子子集的丰度；以及
(d)
当与所述多个表面中的另一表面子集相比，一表面子集吸附包含不同丰度模式的生物分子或生物分子分组时，至少部分地基于所述丰度来选择所述多个表面中的所述表面子集
。2.
根据权利要求1所述的方法，其中当所述表面子集中的第一表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第一集合时，选择所述表面子集
。3.
根据权利要求2所述的方法，其中当所述表面子集中的第二表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第二集合时，选择所述表面子集
。4.
根据权利要求2或3所述的方法，其中功能相关的生物分子的所述第一集合
、
功能相关的生物分子的所述第二集合或两者包括以下中的至少一种：激素蛋白
、
细胞溶解蛋白
、
先天免疫蛋白
、
膜攻击复合体
、
补体途径蛋白
、
淀粉样纤维
、
参与胆固醇代谢的蛋白质
、
参与类固醇代谢的蛋白质
、
具有
γ
羧基谷氨酸结构域的蛋白质
、
与淀粉样变性相关的蛋白质
、
硫酸化蛋白
、
蛋白聚糖蛋白
、
免疫球蛋白
、
适应性免疫蛋白
、
线粒体蛋白
、
膜蛋白
、
细胞形状蛋白
、
肌肉蛋白
、
与遗传物质结合的蛋白质
、
与基因表达和
/
或调控相关的蛋白质
、
与细胞内和
/
或细胞外空间相关的蛋白质及其任何组合
。5.
根据权利要求2‑4中任一项所述的方法，进一步包括使并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与所述表面子集接触，从而测定所述新生物样品中功能相关和
/
或结构相关的生物分子的所述第一集合或所述第二集合
。6.
根据权利要求2‑5中任一项所述的方法，其中所述第一表面和所述第二表面各自以不同的相对丰度吸附所述多个生物分子中的给定生物分子
。7.
根据权利要求2‑6中任一项所述的方法，其中所述第一表面吸附至少一个未吸附在所述第二表面上的生物分子
。8.
根据权利要求1‑7中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品是从患有给定疾病的对象获得的样品，使得所述选择的表面子集被优化用于针对所述给定疾病测定新生物样品
。9.
根据权利要求8所述的方法，进一步包括使并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与所述表面子集接触，从而探测所述新生物样品中的生物分子以确定与所述给定疾病相关的所述新生物样品的疾病状态
。10.
根据权利要求1‑7中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品是从个体获得的，使得所述选择的表面子集被优化用于测定来自所述个体的生物样品
。11.
根据权利要求1‑7中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品是从具有至少一种属性的个体分组获得的，使得所述选择的表面子集被优化用于测定来自具有所述至少一种属性的个体的生物样品
。12.
根据权利要求
11
所述的方法，其中所述至少一种属性包括遗传因素
、
非遗传因素或
两者
。13.
根据权利要求
12
所述的方法，其中所述遗传因素包括一个或多个遗传突变
、
一个或多个等位基因的存在或缺失
、
一个或多个基因的存在或缺失
、
一个或多个染色体的存在或缺失或其任何组合
。14.
根据权利要求
12
或
13
所述的方法，其中所述非遗传因素包括身体活动水平
、
睡眠质量和模式
、
药物和
/
或酒精的消耗
、
生物统计学或其任何组合
。15.
根据权利要求1‑7中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品是从一个或多个物种获得的样品，使得所述选择的表面子集被优化用于测定所述一个或多个物种中的至少一个物种
。16.
根据权利要求3‑
15
中任一项所述的方法，其中当吸附在所述第一表面和所述第二表面上的不同生物分子子集的身份之间的
Jaccard
指数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
时，选择所述第一表面和所述第二表面
。17.
根据权利要求3‑
16
中任一项所述的方法，其中当功能相关的生物分子的所述第一集合和功能相关的生物分子的所述第二集合的测量强度之间的皮尔逊相关系数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
或1时，选择所述第一表面和所述第二表面
。18.
根据权利要求1‑
17
中任一项所述的方法，其中当与所述多个表面中的另一表面子集相比，所述表面子集以更大的动态范围吸附生物分子或生物分子分组时，选择所述表面子集
。19.
根据权利要求
18
所述的方法，其中所述更大的动态范围大至少约
1、2、3、4、5、6、7、8、9
或
10
个数量级
。20.
根据权利要求1‑
19
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品包括相同给定生物样品的衍生物或部分
。21.
根据权利要求1‑
19
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品包括人血浆样品
。22.
根据权利要求1‑
19
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个生物样品包括生物样品标准品
。23.
根据权利要求
22
所述的方法，其中所述生物样品标准品是
HeLa
细胞提取物
。24.
根据权利要求1‑
23
中任一项所述的方法，其中所述多个生物分子包括聚氨基酸
。25.
根据权利要求
24
所述的方法，其中所述聚氨基酸包括肽
、
蛋白质或其组合
。26.
根据权利要求1‑
25
中任一项所述的方法，其中吸附在所述多个表面中的至少一个表面上的不同生物分子子集包括不共享共同结合模体的至少两个生物分子
。27.
根据权利要求1‑
26
中任一项所述的方法，其中
(c)
中的所述确定身份是通过以下进行的：
(i)
将吸附在所述多个表面中的每个表面上的所述不同生物分子子集解吸以产生解吸的生物分子，
(ii)
对所述解吸的生物分子进行质谱法以产生质谱信号，以及
(iii)
量化所述质谱信号以确定所述不同生物分子子集的身份
。28.
根据权利要求
27
所述的方法，其中
(i)
进一步包括消化所述不同生物分子子集的至少一部分以产生解吸的生物分子
。29.
根据权利要求
28
所述的方法，其中所述消化包括使所述不同生物分子子集与蛋白酶接触
。
30.
根据权利要求1‑
29
中任一项所述的方法，其中所述多个表面中的每个表面吸附所述多个生物分子中的不同生物分子子集
。31.
根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员：丹尼尔，
申请(专利权)人：禧尔公司，
类型：发明
国别省市：