【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物信息领域，具体地，本专利技术涉及一种基于环境微生物菌落图片的物种识别方法。
技术介绍
1、随着微生物测序技术不断发展，鉴于微生物样本的培养到挑菌上机测序再到分析测序出具结果的整个流程周期时间较长，无法快速得到物种鉴定结果。
2、图片检索比对是指通过算法对比两张图片的特征，从中提取出相同之处给出相似比率并检索到与之相似度较高的图片。但是这些比对需要在大量数据支持下才能发挥最大准确度。
技术实现思路
1、为了能够快速定位到菌落物种的另一种方法，本专利技术的目的是提供一种基于环境微生物菌落图片的物种识别方法，该方法应用于微生物菌落鉴定中，能有效提高微生物鉴定出结果的速率，快速获得样本菌落图片的鉴定结果。
2、一种基于环境微生物菌落图片的物种识别方法，包括以下步骤：
3、步骤一：建设样本菌落图片数据库：排除混样与液体类，采集到已知物种鉴定结果的至少50000个环境微生物菌落样品图片，对样品图片使用圆圈图形标记出待测样品菌落在平皿上的具体位置，然后在mysql数据库维护一张提取位置信息后的图片与物种鉴定结果的关系表格，字段包括：id(图片唯一标识),image_file_path(图片存储在服务器上的路径),test_result（图片所对应的物种鉴定结果）；
4、步骤二：开发数据处理web服务端和微信小程序服务端；开发上传图片操作接口，开发样品图片菌落标记功能，通过操作界面使用圆形标记出待测样品菌落的位置以及范围；开发结果展
5、步骤三：开发图片处理算法分析程序，处理程序从上传的样品图片中提取标记信息，并且同样本菌落图片数据库进行比对，从而得到与标记区域最为相似的结果，并给出鉴定结果。
6、所述图片为菌落样本培养结束后图片，包括单克隆。
7、所述图片处理算法分析程序包括算法分析模块和图片上传模块。
8、所述算法分析程序的模块如下：
9、选择使用lire库作为图片特征提取引擎系统架构，使用lire库其提供的图像特征提取功能，得到包括：
10、1）.rgb和hsv颜色空间中的颜色直方图；
11、2）.mpeg-7描述符可缩放的颜色，颜色布局和边缘直方图；
12、3）.tamura纹理特征具有粗糙，对比度和方向性；
13、4）.颜色和边缘方向性描述符，cedd；
14、5）.模糊颜色和纹理直方图，fcth。
15、所述图片上传模块是根据下列步骤确定的：
16、步骤一：设计绘制图片上传界面，查询图像；
17、步骤二：图片预处理，微生物特征提取，查询图像特征；
18、步骤三：相似性图片搜索，图片比对、索引、检索，得出鉴定结果。
19、所述鉴定结果采用图片加文字形式输出，第一行为相似度输出，第二行为菌种拉丁名及碱基序列号，第三行为菌种拉丁名，第四行为菌种中文名。
20、本专利技术的有益效果在于：
21、1）通过待测样本菌落图片可以快速的从图片数据库中比对出相似的样本图片的鉴定结果，节约了分析成本和时间成本。
22、2）降低了微生物鉴定分析的门槛和操作难度，不需要进行培训就可以操作，而且接口多，使大规模应用成为可能。
23、3）建立了庞大而不易获取的数据库提高了分析准确度。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种基于环境微生物菌落图片的物种识别方法，其特征在于：包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述图片为菌落样本培养结束后图片，包括单克隆。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述图片处理算法分析程序包括算法分析模块和图片上传模块。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述算法分析程序的模块如下：
5.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述图片上传模块是根据下列步骤确定的：
6.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述鉴定结果采用图片加文字形式输出，第一行为相似度输出，第二行为菌种拉丁名及碱基序列号，第三行为菌种拉丁名，第四行为菌种中文名。
【技术特征摘要】
1.一种基于环境微生物菌落图片的物种识别方法，其特征在于：包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述图片为菌落样本培养结束后图片，包括单克隆。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述图片处理算法分析程序包括算法分析模块和图片上传模块。
4.如权利要求3所述的方...
【专利技术属性】
技术研发人员：洪烨，王庭璋，张力，马云婷，钟啸萍，赵红霞，庞襄伟，张世泳，
申请(专利权)人：浙江天科高新技术发展有限公司，
类型：发明
国别省市：
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