【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于橡胶树品种分子生物，尤其涉及用于区分橡胶树品种的snp分子标记及品种鉴定方法。
技术介绍
1、橡胶树原产巴西亚马逊河流域，是热带地区重要的经济作物，其生产的天然橡胶是我国重要的战略资源，在军事、航空航天、海洋工程、轨道交通等领域具有不可替代的作用。橡胶树自1904年引种至中国以来，迄今国内保存的橡胶树栽培品种、野生种质、以及同属种质材料5个种、1个变种共计6165份种质材料。长期以来，橡胶树品种资源鉴定一直以形态性状鉴定为主要依据，这种经典的、常规鉴定方法一般要在橡胶树开花后才能完成其鉴定过程。然而，橡胶树属多年生异花授粉高大乔木，一般在定植后5-6年才能开花结果，具有有性世代周期长，品种高度杂合等不利因素，导致其性状鉴定过程中不仅鉴定周期较长，而且其农艺性状易受环境条件和栽培管理措施的影响。此外，传统的鉴定方法对于一些性状差异较小、亲缘关系较近品种的鉴定十分困难，给橡胶树种质资源和品种鉴定带来了诸多不便。因此，亟需准确的分子标记方法来对橡胶树种质资源和品种进行鉴定。
2、分子标记分析方法均以dna的多态性为基础，如rflp、rapd、aflp、issr、ssr、以及snp标记等，它们均能产生具有高度个体特异性的dna指纹图谱。早期rflp、rapd、aflp分子标记技术曾被应用到多个物种的dna指纹图谱建库上，但以上几个标记技术在使用中经常出现稳定性差、多态性低、以及数据整合困难等问题未能被广泛应用。因此，国际新品种保护联盟建议ssr和snp作为首选的dna指纹标记技术。由于snp标记具有覆盖全基因组
3、随着二代测序技术的发展，测序通量呈现指数增长趋势，而测序成本则急剧降低，为全基因组水平snp标记的检测提供了强有力的技术支持。每个物种上存在丰富的snp，如何根据不同鉴定目标，制定snp位点筛选原则、位点数目、位点组合、判定阈值等成为筛选snp构建指纹图谱的关键。本专利技术基于橡胶树重测序获得的snp，通过snp测序质量的控制、snp位点质量控制、snp筛选的判定阈值设定等，以获得标准化的snp构建指纹图谱的流程，用来建立橡胶树的分子身份证。目前，还没有建立起完整的橡胶树品种指纹图谱库从而鉴别品种的报道。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于针对现有技术的不足，提供用于区分橡胶树品种的snp分子标记及品种鉴定方法。以解决现有技术中使用rapd、issr等共显性dna标记，重复性差、多态性低的问题；本专利技术的另一目的是提供橡胶树核基因组snp分子标记的多态性引物在橡胶树品种鉴定、遗传结构和资源遗传多样性分析中的应用，从而为从分子水平鉴定橡胶树种质资源和栽培品种提供依据。
2、本专利技术的第一个方面是提供一种用于构建橡胶树dna指纹图谱的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合包括lg01_54721919、和/或lg01_96036745、和/或lg02_214754、和/或lg02_8025843、和/或lg02_57849162、和/或lg03_40084932、和/或lg03_57340517、和/或lg03_96006922、和/或lg03_104230492、和/或lg04_224562、和/或lg04_16174898、和/或lg04_33465133、和/或lg04_71146652、和/或lg04_80306944、和/或lg04_96013598、和/或lg05_56475、和/或lg05_16004126、和/或lg05_88010730、和/或lg06_32377524、和/或lg07_8072524、和/或lg07_32411839、和/或lg07_57540924、和/或lg07_72003724、和/或lg07_80004402、和/或lg08_8000585、和/或lg08_28146509、和/或lg08_35232681、和/或lg08_48608369、和/或lg09_8012416、和/或lg09_16001432、和/或lg09_46132314、和/或lg09_50708986、和/或lg09_64555870、和/或lg10_34723841、和/或lg11_54415、和/或lg11_8139610、和/或lg11_34802586、和/或lg12_284283、和/或lg12_32322540、和/或lg12_40522222、和/或lg13_32072502、和/或lg13_40000353、和/或lg14_605466、和/或lg14_33209388、和/或lg14_56176655、和/或lg15_32001166、和/或lg15_24017141、和/或lg17_24096219、和/或lg17_32001525、和/或lg18_10766；
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7、
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9、上表中，“sequence”为snp分子标记的核苷酸序列；“[]”标注的为snp分子标记位点位置，其中的碱基为该位点的多态性。
10、应当理解的是，在实际应用时，本领域技术人员可根据实际情况来选择合适所述的snp分子标记进行应用。比如，实际已知待测橡胶树为海垦1或rrim623，那么可用于鉴定的snp分子标记可选择lg01_96036745、lg03_104230492、lg04_16174898、lg04_33465133、lg04_71146652、lg04_96013598、lg07_57540924、lg07_72003724、lg09_50708986、lg09_64555870、lg11_54415、lg11_34802586、lg14_33209388、lg18_10766等(参照下文表5)中的一种即可，也可以选择两种或两种以上进行多重验证鉴定。又比如，实际已知待测橡胶树为海垦1、rrim623或大丰95，也可以只采用一种snp分子标记即可，如lg03_104230492、lg04_33465133、lg11_34802586、lg15_32001166等(参照下文表5)，当然也可以采用两种以上的snp分子标记。当已知待测橡胶树为四种或四种以上橡胶树中的一种时，本领域技术人员也可以参照下文中的表5，选择适当的snp分子标记来进行鉴定。当待测橡胶树完全未知时，本领域技术人员也可以将上述snp分子标记分批次来进行鉴定。
11、优选地，所述snp分子标记组合包括lg01_54721919、lg01_96036745、lg02_214754、lg02_8025843、lg02_57849162、lg03_40084932、lg03_57340517、lg03_96006922、lg03_104230492、lg04_224562、lg04_16174898、lg04_33465133、lg04_711466本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于区分海垦1和RRIM623的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为LG01_96036745、LG03_104230492、LG04_16174898、LG04_33465133、LG04_71146652、LG04_96013598、LG07_57540924、LG07_72003724、LG09_50708986、LG09_64555870、LG11_54415、LG11_34802586、LG14_33209388、LG18_10766、LG02_8025843、LG05_16004126、LG05_88010730、LG13_32072502、LG14_56176655、LG15_32001166、LG15_24017141、LG17_32001525、LG07_8072524、LG07_32411839、或LG09_16001432；
2.一种SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括权利要求1所述的SNP分子标记；
3.根据权利要求2所述的SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合至少包括LG0
4.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物对、或者用于扩增如权利要求2或3所述的SNP分子标记组合的引物组、或者含有用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物对的试剂盒或基因芯片、或者含有用于扩增如权利要求2或3所述的SNP分子标记组合的引物组的试剂盒或基因芯片。
5.根据权利要求4所述的引物对或引物组，其特征在于：各个SNP分子标记的引物对分别为
6.如权利要求1所述SNP分子标记、或者权利要求2或3所述SNP分子标记组合、或者权利要求4或5所述的引物对或引物组或试剂盒或基因芯片在区分海垦1和RRIM623中的应用。
7.如权利要求1所述SNP分子标记、或者权利要求2或3所述SNP分子标记组合、或者权利要求4或5所述的引物对或引物组或试剂盒或基因芯片在橡胶树品种群体遗传结构、和/或橡胶树资源遗传多样性分析、和/或橡胶树品种鉴定、和/或构建橡胶树DNA指纹图谱中的应用；
8.一种橡胶树品种DNA指纹库的构建方法，其特征在于，提取各个橡胶树品种的总DNA；采用权利要求4或5中用于扩增如权利要求3所述的SNP分子标记组合的引物组进行扩增；利用权利要求3所述的SNP分子标记组合进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果对各个橡胶树品种进行基因分型，从而构建橡胶树品种DNA指纹库；
9.采用权利要求8所述的构建方法所构建的橡胶树品种DNA指纹库。
10.一种区分海垦1和RRIM623的鉴定方法，其特征在于，提取海垦1、RRIM623的总DNA；采用权利要求4或5所述的引物对或引物组进行扩增；利用权利要求1所述的SNP位点或权利要求2或3所述的SNP分子标记组合进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果对海垦1、RRIM623进行基因分型；采用权利要求4或5所述的引物对或引物组对待测样品的总DNA进行PCR扩增，然后进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果确定SNP分子标记的基因分型，再与海垦1、RRIM623的基因分型进行比对。
...【技术特征摘要】
1.一种用于区分海垦1和rrim623的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记为lg01_96036745、lg03_104230492、lg04_16174898、lg04_33465133、lg04_71146652、lg04_96013598、lg07_57540924、lg07_72003724、lg09_50708986、lg09_64555870、lg11_54415、lg11_34802586、lg14_33209388、lg18_10766、lg02_8025843、lg05_16004126、lg05_88010730、lg13_32072502、lg14_56176655、lg15_32001166、lg15_24017141、lg17_32001525、lg07_8072524、lg07_32411839、或lg09_16001432；
2.一种snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合包括权利要求1所述的snp分子标记；
3.根据权利要求2所述的snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合至少包括lg03_104230492、lg02_8025843、lg01_54721919、lg15_32001166、lg07_72003724、lg05_88010730和lg02_214754。
4.用于扩增如权利要求1所述的snp分子标记的引物对、或者用于扩增如权利要求2或3所述的snp分子标记组合的引物组、或者含有用于扩增如权利要求1所述的snp分子标记的引物对的试剂盒或基因芯片、或者含有用于扩增如权利要求2或3所述的snp分子标记组合的引物组的试剂盒或基因芯片。
【专利技术属性】
技术研发人员：位明明，李维国，黄华孙，黄肖，高新生，王祥军，张晓飞，张源源，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院橡胶研究所，
类型：发明
国别省市：
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