【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学和生物芯片领域，具体地，本申请提供了一种中高密度奶牛全基因组126k snp芯片及其应用。
技术介绍
1、snp(单核苷酸多态性)分析是目前挖掘与鉴定重要复杂性状关键基因以及基因组选择(genome selection，gs)的重要分析手段。基于芯片的snp基因分型技术可以实现同时对大量snp位点进行检测，具有快速、高通量的优势，显著提高了检测效率。作为基因组选择的信息载体，目前奶牛通用商业化芯片品类繁多，且大多是基于微珠阵列的固相芯片。自2009年，美国illumina公司陆续开发出2款牛基因组芯片，bovine snp 50k芯片(含54,000snps)和bovine hd(含777,962snps)；自2014年，美国纽勤公司陆续开发了geneseek80k、geneseek 150k、geneseek 100k、geneseek 9k牛基因组snp芯片。目前，我国的奶牛育种工作所用芯片全部依赖进口。这些芯片广泛应用于国内外奶牛基因组评估及基因挖掘，但存在以下几点不足：(1)芯片研发基于欧美国家荷斯坦奶牛群体(荷斯坦奶牛在世界大多数国家的奶业生产中都占有主导地位)，我国荷斯坦奶牛群体重要性状相关的snp效应位点未纳入芯片(中国荷斯坦牛占我国奶牛存栏的90％)。因此，针对我国荷斯坦奶牛群体遗传背景的基因组评估和基因挖掘效率较低；(2)芯片检测技术受限于人，奶牛生物样本需送至国外检测基因信息，导致我国奶牛个体遗传资源信息安全无法得到保障；(3)现国际奶牛通用芯片为固相芯片，该技术基于微珠阵列检测量化荧
2、设计和开发一款针对我国荷斯坦奶牛群体的中高密度snp育种芯片用于全基因组选择很有必要的，不仅可以实现奶牛育种关键技术摆脱进口依赖，提高我国优秀种牛自主培育能力，加快种牛育种效率；同时可保障我国奶牛遗传资源基因信息安全；还可以降低检测成本，方便增加新的重要性状相关snp位点以维持芯片持续迭代升级。综合考虑以上因素，专利技术人提出一款基于目标区域基因组序列液相捕获和高深度测序分型技术的中高密度奶牛全基因组126k snp芯片。
技术实现思路
1、本申请提供了一种中高密度奶牛全基因组126k snp芯片，所述126k snp芯片包含检测与奶牛产奶、体型和健康性状相关的snp位点的试剂。
2、进一步地，所述的126k snp芯片包含检测说明书表3所示的snp位点的试剂。
3、进一步地，所述试剂为探针。
4、进一步地，所述126k snp芯片为液相探针杂交芯片。
5、进一步地，所述126k snp芯片包含序列如seq id no.1-12所示的探针。
6、另一方面，本申请提供了上述126k snp芯片在奶牛育种中的应用。
7、进一步地，所述育种为分子标记辅助育种,具体指基因组选择育种。
8、另一方面，本申请提供了上述126k snp芯片在奶牛基因分型检测中的应用。
9、另一方面，本申请提供了上述126k snp芯片在奶牛中的亲缘关系鉴定中的应用。
10、另一方面，本申请提供了上述126k snp芯片在奶牛中的遗传缺陷病诊断中的应用。
11、进一步地，所述奶牛为荷斯坦奶牛。
12、所述snp分子标记主要来自于3类snp位点：第一类，专利技术人团队前期研究挖掘与鉴定的奶牛重要经济性状显著相关的snp位点，包含5,363个snp位点；第二类，奶牛主要遗传缺陷基因位点和亲子鉴定基因位点，包含223个snp位点；第三类，基于我国的大规模奶牛群体，根据检出率、基因频率、位置唯一性、基因型填充原理及基因组上的分布，从现有商业化奶牛基因组芯片挑选的snp位点，包含114,569个snp位点。以上3类共计包含120,155个snp位点。
13、由于篇幅原因，本申请中仅列举了部分探针序列。在已知snp位点的情况下，本领域技术人员可以根据芯片种类，检测方法等需求常规设计相应的检测探针，并对其准确性进行验证。
14、本申请的奶牛126k snp芯片具有三个优点：(1)添加了针对我国荷斯坦奶牛群体遗传背景的重要性状相关功能基因遗传变异位点，专利技术人团队前期通过多组学研究挖掘和鉴定了大量产奶、体型和健康性状显著相关的功能基因snp效应位点，使得该款芯片更适用于我国荷斯坦奶牛的基因组选择和遗传分析；(2)snp位点在我国奶牛群体中多态性高，而且在全基因组范围内分布均匀，保证了基因组选择的准确性；(3)相比国际通用奶牛50k、80k、100k、150k芯片，其检测成本有一定幅度降低，更适合大规模基因组参考群扩建和种牛育种价值评价。为提高优秀种牛选育效率，考虑到分型成本和基因组选择准确性，本专利设计了126k snp(120,155snps)芯片。这对我国摆脱奶牛生物育种芯片进口依赖，快速扩大基因组参考群规模以及培育优秀种公牛、种母牛以加快群体遗传改良具有重要意义。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种低密度奶牛全基因组126K SNP芯片，其特征在于，所述126K SNP芯片包含检测与奶牛产奶、体型、繁殖和健康性状相关的SNP位点的试剂。
2.根据权利要求1所述的126K SNP芯片，其中所述的126K SNP芯片包含检测说明书表3所示的SNP位点的试剂。
3.根据权利要求2所述的126K SNP芯片，其中所述试剂为探针。
4.根据权利要求3所述的126K SNP芯片，其中所述126K SNP芯片为液相探针杂交芯片。
5.根据权利要求4所述的126K SNP芯片，其中所述126K SNP芯片包含序列如SEQ IDNO.1-13所示的探针。
6.根据权利要求1-5任一项所述的126K SNP芯片在奶牛育种中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用，其中所述育种为分子标记辅助育种,具体指基因组选择育种。
8.根据权利要求1-5任一项所述的126K SNP芯片在奶牛基因分型检测中的应用。
9.根据权利要求1-5任一项所述的126K SNP芯片在奶牛中的亲缘关系鉴定中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种低密度奶牛全基因组126k snp芯片，其特征在于，所述126k snp芯片包含检测与奶牛产奶、体型、繁殖和健康性状相关的snp位点的试剂。
2.根据权利要求1所述的126k snp芯片，其中所述的126k snp芯片包含检测说明书表3所示的snp位点的试剂。
3.根据权利要求2所述的126k snp芯片，其中所述试剂为探针。
4.根据权利要求3所述的126k snp芯片，其中所述126k snp芯片为液相探针杂交芯片。
5.根据权利要求4所述的126k snp芯片，其中所述126k snp芯片包含序列如seq idno.1...
【专利技术属性】
技术研发人员：孙东晓，麻柱，刘林，郑伟杰，张琪，吕小青，李艳华，贺巾锋，韩博，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。