【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学领域，特别是涉及一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的ssr标记组合及其应用。
技术介绍
1、棉花是世界上重要的经济作物，其纤维是重要的可再生纺织原料，其种子是油料和饲料的重要来源。具有优良基因的棉花品种不但能够提高作物产量，还可以同时提高产品质量，从而增加种植者和棉花相关产业的经济效益。中国是世界上主要植棉大国，在过去的二十年间，通过国家和各省级审定的棉花品种数量达到1000多个，其种植地区广泛分布于北纬18°～46°和东经76°～124°之间，主要分为黄河流域棉区、长江流域棉区和西北内陆棉区。在不同的生态环境下，如年平均降水量、日照、太阳辐射和温度等，品种产生区域适应，成为遗传上有差异的、适应不同生态环境的类群，被称为品种的“生态型”。伴随着我国棉花产业结构的不断调整，棉花产区由过去的黄河流域和长江流域，逐渐向西北内陆转移，截至2020年，西北内陆地区棉花种植面积已占全国的87％。
2、棉区迁移加剧了研究陆地棉生态适应性的紧迫性，如何快速育成适应特定棉区的品种，是棉区变迁中亟需解决的问题。本专利技术拟通过开发一种ssr标记组合，以实现对陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的早期鉴定。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的ssr标记组合及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该ssr标记组合可用于陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的早期鉴定，具有广阔的应用前景。
2、为实现上述目的，本专利
3、本专利技术提供一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的ssr标记组合，所述ssr标记组合包括ssr标记ccri009和ssr标记ccri049；
4、所述ssr标记ccri009位于a08染色体的42219598-42219615bp处，重复序列为aat，重复次数为6次；
5、所述ssr标记ccri049位于d02染色体的1378179-1378196bp处，重复序列为ggggtt，重复次数为3次。
6、本专利技术还提供一种扩增上述的ssr标记组合的引物组合，包括核苷酸序列如seqid no.9-10所示的扩增所述ssr标记ccri009的引物对和核苷酸序列如seq id no.11-12所示的扩增所述ssr标记ccri049的引物对。
7、本专利技术还提供上述的引物组合在制备鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的产品中的应用。
8、进一步地，所述产品为试剂盒或试剂。
9、本专利技术还提供一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的产品，包括上述的引物组合。
10、进一步地，所述产品为试剂盒或试剂。
11、本专利技术还提供上述的ssr标记组合、引物组合或产品在鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性中的应用。
12、本专利技术还提供一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的方法，包括以下步骤：
13、提取得到待检陆地棉的基因组dna；
14、以所述基因组dna为模板，利用上述的引物组合进行pcr扩增，根据pcr扩增结果判断所述待检陆地棉在长江流域棉区的生态适应性，当所述基因组dna中存在至少一个上述的ssr标记时，提示所述待检陆地棉在长江流域棉区的生态适应性良好。
15、本专利技术公开了以下技术效果：
16、本专利技术提供的与陆地棉生态适应性关联的分子标记为ssr标记组合，与snp标记相比，采用本专利技术的ssr标记组合，检测陆地棉生态适应性，检测方法简单，对仪器设备、实验条件要求不高，检测成本更低，便于在广大的普通实验室开展工作；ssr标记在种群和个体水平上具有较高的多态性，能够提供更丰富的遗传信息。相反，snp标记开发相对复杂，需要进行大规模的基因组测序和数据分析，snp检测需要昂贵的仪器设备，使用的试剂耗材价格高，检测成本高；snp标记为二态性，遗传信息含量较少。此外，利用本专利技术的ssr标记组合进行生态适应性检测，检测对象为棉花的各个组织和发育阶段，不受环境和季节的限制，检测结果为ssr引物在基因组上的扩增片段大小，不受基因表达与否的影响。
17、本专利技术开发的ssr标记组合，可用于鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性，此外还可用于棉花遗传背景分析和筛选，以及生态适应性位点分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。
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1.一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的SSR标记组合，其特征在于，所述SSR标记组合包括SSR标记CCRI009和SSR标记CCRI049；
2.一种扩增权利要求1所述的SSR标记组合的引物组合，其特征在于，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.9-10所示的扩增SSR标记CCRI009的引物对和核苷酸序列如SEQ ID NO.11-12所示的扩增SSR标记CCRI049的引物对。
3.一种如权利要求2所述的引物组合在制备鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的产品中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述产品为试剂盒或试剂。
5.一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的产品，其特征在于，包括权利要求2所述的引物组合。
6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于，所述产品为试剂盒或试剂。
7.一种如权利要求1所述的SSR标记组合、权利要求2所述的引物组合或权利要求5或6所述的产品在鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性中的应用。
8.一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的方法
...【技术特征摘要】
1.一种鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的ssr标记组合，其特征在于，所述ssr标记组合包括ssr标记ccri009和ssr标记ccri049；
2.一种扩增权利要求1所述的ssr标记组合的引物组合，其特征在于，包括核苷酸序列如seq id no.9-10所示的扩增ssr标记ccri009的引物对和核苷酸序列如seq id no.11-12所示的扩增ssr标记ccri049的引物对。
3.一种如权利要求2所述的引物组合在制备鉴定陆地棉在长江流域棉区的生态适应性的产品中的应用。
【专利技术属性】
技术研发人员：吴玉珍，匡猛，彭军，周大云，黄龙雨，黄义文，付守阳，栗战帅，徐青，
申请(专利权)人：中国农业科学院棉花研究所，
类型：发明
国别省市：
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