一种组合物及研究蛋白质-DNA互作基因文库的构建方法技术

本申请提供一种组合物及研究蛋白质‑DNA互作基因文库的构建方法，属于生物技术领域。本申请的组合物可作为转座酶孵育缓冲液，通过降低组合物中盐离子的浓度，提升了染色质可及性，使用本申请方法构建蛋白质‑DNA互作基因文库不仅显著提升小片段占比，还提高了对转录因子及兴奋性组蛋白修饰靶点的检测效果。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物，具体涉及一种组合物及研究蛋白质-dna互作基因文库的构建方法。

技术介绍

1、染色质免疫沉淀(chip)是广泛用于研究蛋白质与dna相互作用的方法，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将chip与大规模平行dna测序技术相结合，可以让研究者精确绘制感兴趣蛋白的全局dna结合位点。chip的基本流程是：(1)交联：采用甲醛固定组织或细胞，使dna与蛋白质紧密结合；(2)片段化：该过程破坏染色质，最终获得用于chip分析的dna片段与蛋白复合物；(3)染色质免疫沉淀：通过加入针对目的蛋白的的抗体，结合靶蛋白-dna复合物；(4)dna回收和纯化：回收纯化富集的dna片段，通过下游检测技术(定量pcr、基因芯片、测序等)分析靶标蛋白特异结合的dna序列信息(parkp.j.,et al.chip-seq:advantages and challenges ofa maturing technology.nat revgenet.2009；10:669-680.)(图1)。然而，因chip技术需要对组织或细胞进行甲醛交联，然后再进本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种组合物，其包含缓冲成分，NaCl，KCl，亚精胺，细胞透化剂和蛋白酶抑制剂，所述NaCl的浓度为10-250mM。

2.根据权利要求1所述的组合物，所述缓冲成分是HEPES，所述细胞透化剂是洋地黄皂苷。

3.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物包含10-50mMHEPES，50-250mM NaCl，50-250mMKCl，0.1-5mM亚精胺，质量体积比为0.01％-0.1％的洋地黄皂苷和有效量的蛋白酶抑制剂；优选地，所述组合物包含10-30mMHEPES，50-250mMNaCl，50-250mMKCl，0.1-1mM亚精胺，质量体积比为0.01％-...

【技术特征摘要】

1.一种组合物，其包含缓冲成分，nacl，kcl，亚精胺，细胞透化剂和蛋白酶抑制剂，所述nacl的浓度为10-250mm。

2.根据权利要求1所述的组合物，所述缓冲成分是hepes，所述细胞透化剂是洋地黄皂苷。

3.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物包含10-50mmhepes，50-250mm nacl，50-250mmkcl，0.1-5mm亚精胺，质量体积比为0.01％-0.1％的洋地黄皂苷和有效量的蛋白酶抑制剂；优选地，所述组合物包含10-30mmhepes，50-250mmnacl，50-250mmkcl，0.1-1mm亚精胺，质量体积比为0.01％-0.05％的洋地黄皂苷和有效量的蛋白酶抑制剂；优选地，所述组合物包含20mm hepes，50-250mmnacl，50-250mmkcl，0.5mm亚精胺，质量体积比为0.01％的洋地黄皂苷和有效量的蛋白酶抑制剂。

4.一种转座酶孵育系统，其包含权利要求1-3任一项所述的组合物和转座酶复合物；优选地，所述转座酶复合物为x-转座酶复合物，所述x是proteina、protein g或proteinag；优选地，所述转座酶是tn5转座酶，所述tn5包埋有包含转座子末端序列及标签序列的部分双链寡核苷酸，所述标签序列可用于后续pcr扩增；优选地，所述转座酶复合物在所述转座酶孵育系统中的浓度是0.01-0.08μm；优选地，所述转座酶孵育系统还包含样本。

5.一种转座酶反应组合物，其包含权利要求1-3任一项所述的组合物和二价金属盐；优选地，所述二价金属盐是mg2+盐；优选地，所述二价金属盐是5-20mm的mg2+盐；优选地，所述二价金属盐是5-20mm的mgcl2。

6.一种转座酶反应系统，其包含权利要求4所述的转座酶孵育系统和二价金属盐；优选地，所述二价金属盐是mg2+盐；优选地，所述二价金属盐是5-20mm的mg2+盐；优选地，所述二价金属盐是5-20mm的mgcl2。

7.一种抗体孵育组合物，其包含缓冲成分、金属盐、亚精胺、螯合剂、稳定剂、细胞透化剂，以及至少一种非离子表面活性剂。

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【专利技术属性】
技术研发人员：易文洋，许超，聂俊伟，曹林，丁亚慧，
申请(专利权)人：南京诺唯赞生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：