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一种预后生物标志物识别系统技术方案

技术编号:40051214 阅读:26 留言:0更新日期:2024-01-16 21:14
本发明专利技术涉及生物信息学技术领域,公开了一种预后生物标志物识别系统,包括:数据获取与预处理模块,用于获取疾病的基因表达数据,并筛选出差异表达基因,将差异表达基因与所述疾病的先验标志基因整合;基因互作网络生成模块,用于将整合后的基因表达数据,映射到基因相互作用网络后,提取最大连通分支和最小节点割;连通网络预后标志物识别模块,用于基于所述最大连通分支和最小节点割,通过最小化带有连通不等式约束的稀疏图惩罚项的对数偏似然函数,得到基因相互作用网络中节点的回归系数,非零回归系数对应的基因即为预后生物标志物。有效提高了预后生物标志物的识别准确性和可靠性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学,特别是涉及一种预后生物标志物识别系统


技术介绍

1、本部分的陈述仅仅是提到了与本专利技术相关的
技术介绍
,并不必然构成现有技术。

2、在生物信息学领域,对于疾病的准确预后和分型是疾病治疗和干预的关键因素之一,尤其是像乳腺癌这一威胁女性健康的“头号杀手”。2023年1月12日,全球医学期刊《临床医师癌症杂志》发表的《2023年度癌症报告》显示,在女性肿瘤的前十大患病率中,乳腺癌患病率最高,占比约为31%。乳腺癌是一种让所有女性闻之色变的恶性肿瘤,如果治疗不及时或治疗不当,就可能发生转移,随时威胁生命安全。

3、乳腺癌是一种多因素复杂疾病,准确的预后标志物对于指导治疗决策和改善患者预后至关重要。目前,对基因表达数据的分析越来越关注基因表达与生存表型间的关系(例如乳腺癌复发或死亡时间),以识别可用于改善乳腺癌预后和治疗的新型生物标志物。机器学习和特征选择算法能够从高通量数据集中识别潜在的乳腺癌预后标志物,从而为乳腺癌患者的临床决策、治疗选择和预后提供更多有用信息。

4、传统的乳腺癌预后标志物识别方法缺本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种预后生物标志物识别系统,其特征是,包括:

2.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,所述数据获取与预处理模块,还用于在筛选差异表达基因前,对基因表达数据进行对数变化和归一化处理。

3.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,假设基因相互作用网络G由顶点集V和边集E组成,顶点集V的子集C是基因相互作用网络G的所有连通分支的所有顶点的集合,如果C∪{k},对于任意的k∈C\U都不连通,则集合U是子集C的最大连通分支的集合。

4.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,假设基因相互作用网络G由顶点集V...

【技术特征摘要】

1.一种预后生物标志物识别系统,其特征是,包括:

2.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,所述数据获取与预处理模块,还用于在筛选差异表达基因前,对基因表达数据进行对数变化和归一化处理。

3.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,假设基因相互作用网络g由顶点集v和边集e组成,顶点集v的子集c是基因相互作用网络g的所有连通分支的所有顶点的集合,如果c∪{k},对于任意的k∈c\u都不连通,则集合u是子集c的最大连通分支的集合。

4.如权利要求1所述的一种预后生物标志物识别系统,其特征是,假设基因相互作用网络g由顶点集v和边集e组成,从顶点k到顶点j的边为ekj,给定不相连的两个顶点{k,j}∈u,u表示最大连通分支的集合,满足ekj∈e,如果在g[u\s]中,顶点k和顶点j之间无任意一条连线,则集合为分离顶点k和...

【专利技术属性】
技术研发人员:刘治平李苓玉杨佳新武传艳高瑞
申请(专利权)人:山东大学
类型:发明
国别省市:

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