【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物医药，特别是涉及一种慢性粒单核细胞白血病预后评估基因标志物、模型和应用。
技术介绍
1、慢性粒单核细胞白血病(chronic myelomonocytic leukemia,cmml)是一类具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,mds)和骨髓增殖性肿瘤(myeloidproliferative neoplasm,mpn)特征的恶性造血干细胞性疾病，是最具侵袭性的慢性白血病之一。传统治疗效果不佳，基因造血干细胞移植仍然是目前唯一可能治愈cmml的方法，但其仍有一定的局限性。cmml患者中位生存期在16-97个月。国内外多个团队根据大规模回顾性研究的结果，创建了多项针对cmml的预后评分系统，如mdaps(md anderson prognosticscore)、cpss(cmml-specific prognostic scoring system)和mmm(mayomolecularmodel)评分系统等。提前对cmml患者的预后及疗效进行预测，对预后可能差的患者提前予以有效干预，可能可以提高cmml患者的总体生存率。
2、目前尚无cmml转录水平预后相关标识物以及预后风险模型预测系统，用于预后和指导治疗，满足当前临床需求。
技术实现思路
1、基于此，有必要针对上述问题，提供一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物，可以用于评估cmml患者的总生存期(os)。
2、本专利技术提供的用于慢性粒单核
3、可以理解地，上述基因可以是dna或对应的mrna。
4、在其中一个实施例中，所述基因标志物包括lhb基因，以及c6orf132、lhb和stard4中的至少一个。
5、在其中一个实施例中，所述基因标志物包括以下基因：cfap58、c6orf132、lhb和stard4。
6、本专利技术还提供一种本专利技术所述的基因标志物在制备用于评估慢性粒单核细胞白血病患者总生存期和/或死亡风险的试剂或设备中的应用。
7、本专利技术还提供一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的试剂盒，包括用于检测本专利技术所述的基因标志物的试剂。
8、本专利技术还提供一种用于科学研究目的的慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物的检测方法，包括检测本专利技术所述的基因标志物的步骤。
9、在其中一个实施例中，还包括检测所述基因标志物的mrna表达水平的步骤。
10、本专利技术还提供一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的模型，所述模型为：rs＝a×cfap58+b×c6orf132+c×lhb+d×stard4，式中cfap58、c6orf132、lhb和stard4分别为cfap58、c6orf132、lhb和stard4基因的mrna表达量，a为-0.10～-0.09，b为0.04～0.05，c为0.37～0.38，d为0.0063～0.0064。
11、在其中一个实施例中，a为-0.097249，b为0.044028，c为0.376964，d为0.006460。即，rs＝-0.097249×cfap58+0.044028×c6orf132+0.376964×lhb+0.006460×stard4。
12、在其中一个实施例中，所述模型通过以下方法获得(如图1)：
13、步骤一：获取慢性粒单核细胞白血病患者初诊时骨髓样本，并收集患者临床信息，所述临床信息包括生存期信息和生存状态，以随访年限内出现全因性死亡事件与否进行分组；
14、步骤二：对步骤一获取的骨髓样本进行裂解红细胞、提取rna、反转录为cdna，进行二代测序，使用linux shell脚本对每个样本的上游进行分析，所述分析包括过滤、比对到grh38基因组及使用feature counts转为counts表达矩阵，获得每个基因的转录组表达量，并使用r语言deseq2包对基因转录组表达水平进行差异性分析，获得m种预后相关差异基因；
15、步骤三：利用单因素cox回归分别对步骤二获得的m种预后相关差异表达基因与死亡事件进行关联分析，筛选得到与慢性粒单核细胞白血病患者生存期相关度高的预后相关基因(具体见表1)；
16、步骤四：利用lasso和多因素cox回归对步骤二获得的m种预后相关基因与生存期信息和生存状态进行分析，删除共线性变量后进一步得到与慢性粒单核细胞白血病患者生存期相关度更高的与步骤二相同的n种预后相关基因，以及慢性粒单核细胞白血病患者的生存期预后风险模型。
17、本专利技术还提供一种本专利技术所述的模型的使用方法，包括：
18、构建与慢性粒单核细胞白血病患者生存期相关度高的预后相关基因的roc曲线，通过roc曲线获得预后死亡风险阈值，判断慢性粒单核细胞白血病患者的生存期预后指数是否大于预后死亡风险阈值，若是，则判断慢性粒单核细胞白血病患者的预后死亡风险为高风险，否则，慢性粒单核细胞白血病患者的预后死亡风险为低风险。
19、本专利技术还提供一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的系统，包括：
20、测序模块，用于检测生物样本中本专利技术所述的基因标志物，获得基因标志物的数据信息；
21、评分模块，用于对测序模块中得到的数据计算和评分；
22、分析模块，用于对评分模块得到的评分进行分类，根据预定规则判断预后死亡风险。
23、在其中一个实施例中，所述评分根据下式计算得到：rs＝-0.097249×cfap58+0.044028×c6orf132+0.376964×lhb+0.006460×stard4(公式1)。
24、在其中一个实施例中，所述预定规则为：当评分≥阈值时，则判断为预后死亡高风险，当评分＜阈值时，则判断为预后死亡低风险；所述预后死亡高风险为随访年限内出现全因性死亡事件，预后死亡低风险为随访年限内未出现全因性死亡事件。
25、本专利技术还提供一种计算机可读取介质，记载有可以运行以下方法的计算机程序：
26、步骤1，获取慢性粒单核细胞白血病患者外周血白细胞中权利要求1所述的基因标志物对应的mrna表达水平的数据信息；
27、步骤2，通过下式计算出样本的风险评分：rs＝-0.097249×cfap58+0.044028×c6orf132+0.376964×lhb+0.006460×stard4；
28、步骤3，根据风险评分对慢性粒单核细胞白血病患者的预后情况进行分类，大于等于阈值的样本被判定为预后死亡高风险的样本。
29、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
30、本专利技术的基因标志物cfap58、c6orf132、lhb和stard4与慢性粒单核细胞白血病患者的预后生存期有高度关联性，基于上述的基因标志物构建的本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物，其特征在于，包括以下基因中的至少一个：CFAP58、C6orf132、LHB和STARD4。
2.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，包括LHB基因，以及C6orf132、LHB和STARD4中的至少一个。
3.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，包括以下基因：CFAP58、C6orf132、LHB和STARD4。
4.权利要求1所述的基因标志物在制备用于评估慢性粒单核细胞白血病患者总生存期和/或死亡风险的试剂或设备中的应用。
5.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的试剂盒，其特征在于，包括用于检测权利要求1～3任一项所述的基因标志物的试剂。
6.用于科学研究目的的慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物的检测方法，其特征在于，包括检测权利要求1～3任一项所述的基因标志物的步骤。
7.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的模型，其特征在于，所述模型为：RS＝a×CFAP58+b×C6orf132+c×LHB+d×STARD4，式中CFAP
8.根据权利要求7所述的模型，其特征在于，a为-0.097249，b为0.044028，c为0.376964，d为0.006460。
9.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的系统，其特征在于，包括：
10.根据权利要求9所述的系统，其特征在于，所述评分根据下式计算得到：RS＝-0.097249×CFAP58+0.044028×C6orf132+0.376964×LHB+0.006460×STARD4；所述预定规则为：当评分≥阈值时，则判断为预后死亡高风险，当评分＜阈值时，则判断为预后死亡低风险；所述预后死亡高风险为随访年限内出现全因性死亡事件，预后死亡低风险为随访年限内未出现全因性死亡事件。
...【技术特征摘要】
1.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物，其特征在于，包括以下基因中的至少一个：cfap58、c6orf132、lhb和stard4。
2.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，包括lhb基因，以及c6orf132、lhb和stard4中的至少一个。
3.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，包括以下基因：cfap58、c6orf132、lhb和stard4。
4.权利要求1所述的基因标志物在制备用于评估慢性粒单核细胞白血病患者总生存期和/或死亡风险的试剂或设备中的应用。
5.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的试剂盒，其特征在于，包括用于检测权利要求1～3任一项所述的基因标志物的试剂。
6.用于科学研究目的的慢性粒单核细胞白血病预后评估的基因标志物的检测方法，其特征在于，包括检测权利要求1～3任一项所述的基因标志物的步骤。
7.一种用于慢性粒单核细胞白血病预后评估的模型，其特征在于，所述模型为：rs＝a×cfap58+b...
【专利技术属性】
技术研发人员：赖沛龙，李超，翁建宇，杜欣，陈晓梅，耿素霞，邓程新，李敏明，曾令基，韦周晗，刘凯帆，
申请(专利权)人：广东省人民医院，
类型：发明
国别省市：
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