System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() Exo-LT中的ceRNA调控网络构建方法及应用、肪瘤组织判断方法、检测产品技术_技高网
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Exo-LT中的ceRNA调控网络构建方法及应用、肪瘤组织判断方法、检测产品技术

技术编号:40006131 阅读:13 留言:0更新日期:2024-01-09 05:07
本发明专利技术提供了Exo‑LT中的ceRNA调控网络构建方法及应用、脂肪瘤判断方法、检测产品;所述Exo‑LT中的ceRNA调控网络构建方法通过分析得到的mRNA、miRNA和lncRNA结果,三者进行ceRNA调控网络的构建。本发明专利技术通过建立该方法,能准确判断脂肪瘤组织,基于该构建方法制备的产品为诊断提供了便捷性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息,具体涉及一种exo-lt中的cerna调控网络构建方法、脂肪瘤判断方法、检测产品。


技术介绍

1、脂肪瘤是一种由脂肪细胞异常增生导致脂肪沉积而成的脂肪组织良性肿瘤,是最常见的间充质来源的软组织肿瘤之一,它的病因和发病机制尚不清楚,目前认为可能与遗传因素、饮食因素、精神因素和不良生活习惯有关。脂肪瘤在临床中通常表现为无症状、生长缓慢、质地较软,边界清楚的肿块,它可以发生在肩膀、背部、颈部、胸部和腹部,其次是四肢的近端(如上臂、大腿和臀部),但主要是皮下,治疗方式以手术切除为主,术后一般无并发症且预后良好。

2、脂肪组织干细胞(adscs)能够自我更新和多能分化为脂肪细胞、成骨细胞、软骨细胞、肌细胞、神经细胞和其他类型的细胞,被认为是用于再生医学的有前途的工具。有研究表明脂肪瘤组织也是干细胞的良好来源,脂肪瘤干细胞(ldscs)可以表达特征性间充质干细胞标记物,还可以类似于adscs的方式增殖,并可以分化为脂肪细胞、成骨细胞和软骨细胞。ldscs代表了一种临床中无用组织的回收利用方式,吸引了众多研究者和临床医生致力研究,然而目前关于ldscs的研究并不全面,尤其是ldscs和adscs在细胞增殖和成脂分化方面的差别机制还需要深入研究,以期推广ldscs在临床中的应用。

3、外泌体是一种可由绝大多数细胞分泌的纳米直径的小囊泡,它包含广泛的“货物”,例如:蛋白质、rna和脂质,可作为载体在细胞间转移,进行细胞间信息交流。

4、长链非编码rna(lncrna)是一类长度大于200nt的非编码rna,其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。随着高通量测序技术的发展和成熟,越来越多的lncrna被发现参与到众多生物学过程中,但至今还没有关于脂肪瘤中lncrnas的研究。


技术实现思路

1、本专利技术第一专利技术目的是,提供一种exo-lt中的cerna调控网络构建方法,包括以下内容:

2、1)分别获取脂肪组织来源外泌体exo-at和脂肪瘤组织来源外泌体exo-lt中lncrna、mrna和mirna基因谱,筛选在exo-lt中显著差异表达的mrna及在功能分析中与细胞增殖和成脂分化功能相关的mrna;

3、2)分别分析1)中mrna的上游mirna,得到两组mirna,再分别与芯片mirna基因谱取交集;

4、3)将得到的两个交集结果再次取交集,得进一步的目标mirna,并分析其上游lncrna,再分别与芯片lncrna结果取交集;最终分析得到的mrna、mirna和lncrna结果,三者进行cerna调控网络的构建。

5、本专利技术提供了一种实施方式,2)中,通过targetscan和mirdb两个数据库,分别分析1)中mrna的上游mirna,targetscan选择阈值≤-0.3的mirna,mirdb选择阈值≥50的mirna,得到对应的两组mirna。

6、本专利技术提供了一种实施方式,3)中,筛选出其中差异表达的mrna,筛选条件为|logfc|>2p<0.05,丰度>100;筛选出与细胞增殖和脂肪生成功能相关的mrna,筛选条件为丰度>100。

7、本专利技术第二专利技术目的是,提供了采用上述构建方法在制备检测脂肪瘤组织产品中的应用,所述产品中含有的lncrna是snhg1、snhg12、ylpm1、tn-as1、snhg16、mcm3ap-as1和hoxa11-as的组合。

8、本专利技术第三专利技术目的是,提供了一种检测产品,所述检测产品中包括用于检测snhg1、snhg12、ylpm1、tn-as1、snhg16、mcm3ap-as1和hoxa11-as表达量的试剂。

9、本专利技术提供了一种实施方式,所述检测产品为芯片、试剂盒或检测装置。

10、本专利技术第四专利技术目的是,提供了将上述检测产品应用于分析脂肪瘤组织或脂肪组织中细胞增殖和成脂分化相互关系。通过芯片分析得到脂肪瘤外泌体和脂肪组织外泌体中的基因谱,通过基因表达差异分析和基因功能分析,筛选出与细胞增殖和成脂分化相关的基因,并得知它们在两种外泌体中的表达差异。

11、本专利技术第五专利技术目的是,一种脂肪瘤组织判断方法,若检测得到lncrna中snhg1、snhg12、ylpm1、ttn-as1和snhg16表达显著上调(p<0.05),mcm3ap-as1和hoxa11-as表达显著下调(p<0.05),则判断是脂肪瘤组织;反之,则为脂肪组织。

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【技术保护点】

1.Exo-LT中的ceRNA调控网络构建方法,其特征在于,包括以下内容:

2.根据权利要求1所述Exo-LT中的ceRNA调控网络构建方法,其特征在于,2)中,通过TargetScan和miRDB两个数据库,分别分析1)中mRNA的上游miRNA,TargetScan选择阈值≤-0.3的miRNA,miRDB选择阈值≥50的miRNA,得到对应的两组miRNA。

3.根据权利要求1所述Exo-LT中的ceRNA调控网络构建方法,其特征在于,3)中,筛选出其中差异表达的mRNA,筛选条件为|logFC|>2p<0.05,丰度>100;筛选出与细胞增殖和脂肪生成功能相关的mRNA,筛选条件为丰度>100。

4.在制备检测脂肪瘤组织产品中的应用,所述产品中含有的lncRNA是SNHG1、SNHG12、YLPM1、TN-AS1、SNHG16、MCM3AP-AS1和HOXA11-AS的组合。

5.根据权利要求4所述应用,其特征在于,所述产品为芯片、试剂盒或检测装置。

6.一种检测产品,所述检测产品中包括用于检测SNHG1、SNHG12、YLPM1、TN-AS1、SNHG16、MCM3AP-AS1和HOXA11-AS表达量的试剂。

7.根据权利要求6所述检测产品,其特征在于,所述检测产品为芯片、试剂盒或检测装置。

8.权利要求6-7任一所述检测产品应用于分析脂肪瘤组织或脂肪组织中细胞增殖和成脂分化相互关系。

9.一种脂肪瘤组织判断方法,其特征在于,包括以下内容:若检测得到lncRNA中SNHG1、SNHG12、YLPM1、TTN-AS1和SNHG16表达显著上调,MCM3AP-AS1和HOXA11-AS表达显著下调,则判断是脂肪瘤组织;反之,则为脂肪组织。

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【技术特征摘要】

1.exo-lt中的cerna调控网络构建方法,其特征在于,包括以下内容:

2.根据权利要求1所述exo-lt中的cerna调控网络构建方法,其特征在于,2)中,通过targetscan和mirdb两个数据库,分别分析1)中mrna的上游mirna,targetscan选择阈值≤-0.3的mirna,mirdb选择阈值≥50的mirna,得到对应的两组mirna。

3.根据权利要求1所述exo-lt中的cerna调控网络构建方法,其特征在于,3)中,筛选出其中差异表达的mrna,筛选条件为|logfc|>2p<0.05,丰度>100;筛选出与细胞增殖和脂肪生成功能相关的mrna,筛选条件为丰度>100。

4.在制备检测脂肪瘤组织产品中的应用,所述产品中含有的lncrna是snhg1、snhg12、ylpm1、tn-as1、sn...

【专利技术属性】
技术研发人员:李昆周禹曦王钰静石汝杰
申请(专利权)人:中南大学
类型:发明
国别省市:

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