一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物及其开发方法技术

本发明专利技术公开了一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物及其开发方法，涉及生物技术领域，为解决现有技术中的大方线椒与黄平线椒的产地均为贵州，且均是线椒类型，形态十分相近，需要从基因型层面上进行快速、准确鉴定区分，而目前没有专门针对鉴定大方线椒和黄平线椒的基因型鉴定方法的问题。包括chr1‑InDel‑15；chr2‑InDel‑10；chr3‑InDel‑11；chr4‑InDel‑19；chr5‑InDel‑29；chr10‑InDel‑40。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物，具体为一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物及其开发方法。

技术介绍

1、辣椒(capsicum annuum)，又名番椒、海椒、辣子和辣茄等，为茄科(solanaceae)茄亚族(solaninae dunal)辣椒属植物，一年生或多年生，是我国种植面积最大的蔬菜作物之一。贵州是辣椒的主产区，近年种植面积稳定在500万亩以上，产业链成熟，市场需求量大。贵州辣椒栽培历史悠久，类型丰富，品种繁多。传统的辣椒种质资源鉴别主要依据株型、茎、叶、果形等形态学特征，但由于大部分辣椒品种在苗期及开花期形态相似，直到结果期才开始表现出品种的特性，且形态学的特征常常存在过渡和交叉，难以划定明确的界限，给辣椒的品种鉴定造成了极大的困难。

2、大方线椒是贵州省优良地方品种，长线椒类型，具有果形美观、颜色鲜红、果实细长、香味浓、辣度适中、营养丰富等特点。其果实长达40.8cm，鲜椒vc含量高达149.09mg/100g，干椒大量出口到东南亚国家，油辣椒、糟辣椒、豆豉素辣椒等辣椒制品大量销往国内的大中城市。黄平线椒是国家地理标志产品本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物，包括：

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物，其特征在于，所述InDel分子标记引物鉴定大方线椒和黄平线椒的步骤如下：

3.一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物的开发方法，基于权利要求1所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物实现，其特征在于，包括如下步骤：

4.根据权利要求3所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的InDel分子标记引物的开发方法，其特征在于：所述S1中，全基因组重测序生成的原始图像数据文件经碱基识...

【技术特征摘要】

1.一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物，包括：

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物，其特征在于，所述indel分子标记引物鉴定大方线椒和黄平线椒的步骤如下：

3.一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物的开发方法，基于权利要求1所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物实现，其特征在于，包括如下步骤：

4.根据权利要求3所述的一种用于鉴定大方线椒和黄平线椒的indel分子标记引物的开发方法，其特征在于：所述s1中，全基因组重测序生成的原始图像数据文件经碱基识别转化为原始测序序列，通过质量控制去除带文库构建接头的reads、未知碱基超过10％的reads以及低质量碱基超过50％的reads，且两端reads均去除；过滤变异位置的测序深度>4以及质量值>20的indel标记。

5.根据权利要求3所述的一种...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄冬福，杨娅，范高领，付文婷，詹永发，涂祥敏，何建文，
申请(专利权)人：贵州省蚕业研究所贵州省辣椒研究所，
类型：发明
国别省市：