一种内地制造技术

本发明专利技术提供了一种内地

【技术实现步骤摘要】
一种内地、沿海地域人群的溯源方法


[0001]本专利技术属于微生物鉴别
，具体为一种内地
、
沿海地域人群的溯源方法
。

技术介绍

[0002]口腔中含有较大数量和种类的微生物，不同的研究证明了口腔微生物组在确定和理解人类健康和疾病状态方面的重要性
。
因此，口腔生物障碍的观察常被作为口腔健康和疾病下降的微生物标志物进行研究
。
在法医学中，对人体微生物组的研究侧重于提供替代方法来解决与死亡时间估计
、
体液鉴定
、
性侵犯检测
、
着色时间
、
地域溯源有关的问题
。
因此观察个体之间口腔微生物组的差异可以成为法医地域溯源的潜在工具
。
目前发现许多人体体液微生物同样存在地域差异性表达的特点，其中研究较多的是唾液
。
唾液作为一种常见体液，具有重要的法医学应用价值
。
人类口腔唾液中含有
700
～
800
种细菌，密度达到
1.4
×
108/mL。
受地域
、
饮食习惯和生活习惯的影响，不同地域人群唾液微生物同样存在丰富的多样性，其在地理溯源领域具有良好的应用前景，其丰富的多样性为地理溯源提供了新思路
。

技术实现思路

[0003]鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种内地
、
沿海地域人群的溯源方法，本方法通过分析微量唾液斑中
Neisseria mucosa
菌种
、Neisseria cerebrosa
菌种或
Neisseria sicca D
菌种的相对丰度即可准确地判断样本的溯源地
。
[0004]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：
[0005]本专利技术提供了一种内地
、
沿海地域人群的溯源方法，包括如下步骤：收集待测样本的唾液，对收集获得的唾液中
Neisseria mucosa
菌种
、Neisseria cerebrosa
菌种或
Neisseria sicca D
菌种中的一种或多种菌种的相对丰度进行统计分析，即可判断待测样本的溯源地
。
[0006]优选地，当唾液的微生物菌种相对丰度满足下述至少一种情况：
Neisseria mucosa
菌种的相对丰度在
0.00157
以上或
Neisseria cerebrosa
菌种的相对丰度在
0.000492
以上或
Neisseria sicca D
菌种的相对丰度在
0.000671
以上，可判断为内陆地区样本；
[0007]当唾液的微生物菌种相对丰度满足下述至少一种情况：
Neisseria mucosa
相对丰度在
0.000943
以下或
Neisseria cerebrosa
在
0.000244
之下或
Neisseria sicca D
菌种的相对丰度在
0.000477
以下，可判断为沿海地区样本
。
[0008]优选地，所述相对丰度的计算公式为：
[0009][0010]，其中
Si
为样本中映射到物种
i
的所有
2bRAD
标记的
Reads
数；
Ti
为数据库中物种
i
的所有
2bRAD
标记的种类数
。
[0011]优选地，收集获得唾液后，对唾液基因组
DNA
进行酶切获得酶切产物，所述酶切产
物连接接头后进行
PCR
扩增，构建文库；使用
Illumina Novaseq PE150
测序平台对构建的文库进行测序获得
Clean Reads
，将
Clean Reads
在
2bRAD
‑
M
数据库中检索进行数据分析
。
[0012]更优选地，所述酶切处理使用的酶为
BcgI。
[0013]更优选地，所述
PCR
扩增过程引入
Barcode
序列
。
[0014]更优选地，所述文库浓度为5～
10ng/
μ
L。
[0015]本专利技术与现有技术相比，具有以下有益效果：
[0016]本专利技术通过对内陆
、
沿海地域人群的唾液样本中的微生物进行统计分析，使用公式计算样本中每种微生物的相对丰度，在种的水平上做统计分析，做物种相对丰度
boxplot
图和柱状图，最终得出细菌
Neisseria mucosa(
粘液奈瑟氏球菌
)
，
Neisseria cerebrosa(
脑膜炎奈瑟菌
)
和
Neisseria sicca D(
干燥奈瑟菌
D)
在内陆地区的相对丰度表达量要高于沿海地区，可以区分两地唾液，进而作为地域溯源的标志物
。
在实际案件中，能获取到的检材可能少之又少，对于检材匮乏的情况，微量的唾液斑就可以进行地域推断，可以有效推动案件进度，缩小犯罪嫌疑人的排查人群，加快案件侦破速度
。
附图说明
[0017]图1为微生物测序质控结果；
[0018]图2为微生物菌种的
Boxplot
图；
[0019]图3为
Neisseria mucosa
菌种的相对丰度区分图；
[0020]图4为
Neisseria cerebrosa
的相对丰度区分图；
[0021]图5为
Neisseria sicca D
的相对丰度区分图
。
具体实施方式
[0022]本专利技术提供了一种内地
、
沿海地域人群的溯源方法，包括如下步骤：收集待测样本的唾液，收集获得唾液后，对唾液基因组
DNA
进行酶切获得酶切产物
。
在本专利技术中，优选地使用
2U/
μ
L BcgI
限制性内切酶对唾液基因组
DNA
进行酶切处理，于
37℃
下反应3小时，得到酶切产物
。
本专利技术对唾液基因组
DNA
酶切处理使用的酶的来源不作特殊限定，可通过常规购买渠道获得
。
[0023]在本专利技术中，获得酶切产物后，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种内地
、
沿海地域人群的溯源方法，其特征在于，包括如下步骤：收集待测样本的唾液，对收集获得的唾液中
Neisseria mucosa
菌种
、Neisseria cerebrosa
菌种或
Neisseria sicca D
菌种中的一种或多种菌种的相对丰度进行统计分析，即可判断待测样本的溯源地
。2.
根据权利要求1所述的溯源方法，其特征在于，当唾液的微生物菌种相对丰度满足下述至少一种情况：
Neisseria mucosa
菌种的相对丰度在
0.00157
以上或
Neisseria cerebrosa
菌种的相对丰度在
0.000492
以上或
Neisseria sicca D
菌种的相对丰度在
0.000671
以上，可判断为内陆地区样本；当唾液的微生物菌种相对丰度满足下述至少一种情况：
Neisseria mucosa
相对丰度在
0.000943
以下或
Neisseria cerebrosa
在
0.000244
之下或
Neisseria sicca D
菌种的相对丰度在
0.000477
以下，可判断为沿海地区样本

【专利技术属性】
技术研发人员：方晨，赵财成，周鹏，严江伟，李敏，孟德萍，许晓群，于春江，张佳，王昕宇，吴景鸿，陈嘉昌，王俞杰，熊若彤，王嘉慧，魏然，王郡甫，孙广莲，纪璇，
申请(专利权)人：山东第一医科大学山东省医学科学院，
类型：发明
国别省市：