一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法技术

本发明专利技术提供了一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法

【技术实现步骤摘要】
一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法、系统及产品


[0001]本专利技术属于红绿色觉异常筛查领域，更具体地，涉及一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法
、
系统
、
设备
、
计算机可读存储介质及其产品
。

技术介绍

[0002]色觉异常俗称色盲，是人类重要的遗传病之一，发病人数较多
。
色觉正常对从事交通运输
、
美术
、
医学
、
化工等工作十分重要
。
色觉障碍按程度可以分为色盲和色弱，色弱者的颜色辨别能力在个体之间具有较大差异，有些色弱者的颜色辨别能力接近正常色觉者，而有些色弱者则接近色盲
。
[0003][0004]色盲中常见的为红绿色盲，目前临床常用的检测包括以下几种：
[0005]1.
假同色图，又称色盲本
。
在同一彩色图中既有相同亮度
、
不同颜色的斑点组成的图，也有相同颜色
、
不同亮度的斑点组成的图
。
正常人根据颜色分辨，色盲者只能以明暗来判断故而做出错误的回答
。
该方法适用于大规模普筛，能高效筛出异常色觉者，但不能分辨色盲和色弱，色弱的程度，红色觉或绿色觉异常；
[0006]2.
色相排列法，在固定照明条件下，令受检者将许多形状与大小一致但不同颜色的有色物品依次排列，将颜色最接近的物体排列在一起，根据其排列是否正常判断色觉障碍程度和类别r/>。
通常用
FM
‑
100
‑
Hue
或
D
‑
15
测验
。FM
‑
100
‑
Hue
和
D
‑
15
测验可以在各种电子设备上进行
。
色弱
D
‑
15
通过率达
73.6
％，色盲通过率达
5.8
％
。
该方法只能筛出色盲或重度色弱
。FM
‑
100
‑
Hue
很难区分普通色弱
。
[0007]3.
色盲镜
(anomaloscope)
利用红光和绿光适当混合形成黄光，令受检者调配红光和绿光的比例，以判断色觉障碍的类型和程度
。
色盲镜是目前公认的用于异常色觉检测和分类最准确的仪器
。
但其价格昂贵，携带不便，且需专业技术人员操作，平均一个受检者耗时约
30
分钟，不适合大规模临床检查
。

技术实现思路

[0008]本申请针对中国人群遗传特点，采用分层筛查的方式提高检测效率，使用
dPCR
技术检测
LCR、p.Y309F、c.
‑
112A>C
和
p.I178V4
个位点，检测
λ
max
相关3个
SNP
位点，包括
p.S116T、p.S180A
和
p.I230T
，使用长片段
‑
PCR
检测确定
OPN1LW
和
OPN1MW
在基因座上的排列方式，开发了一种红绿色觉遗传学筛查流程
。
[0009]本申请公开了一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法，所述方法包括：
[0010]S1
：提取受检者的
DNA
；
[0011]S2
：以受检者的
DNA
为模板，采用
dPCR
法检测
LCR
和
p.Y309F
的拷贝数；优选地，所述
LCR
的引物与延伸序列包括：
[0012]上游引物
LCR
‑
F
：
GTCCACCTGCCCCAAAGG
；
[0013]下游引物
LCR
‑
R
：
GAGGGATTTGCTGGGAACCA
；
[0014]延申序列
LCR
‑
P
：
AAGGGAACAGAGAACAC
；
[0015]优选地，所述
p.Y309F
的引物与延伸序列包括：
[0016]上游引物
LMW
‑
309F
：
TTACGCCTTCCACCCTTTGAT
；
[0017]下游引物
LMW
‑
309R
：
AACGGGGTTGTAGATAGTGGC
；
[0018]延申序列
LW
‑
309P
：
CCGGCCTACTTTGC
；
[0019]延申序列
MW
‑
309P
：
CCGGCCTTCTTTGC
；
[0020]S3
：基于所述
LCR
和
p.Y309F
的拷贝数判断基因
OPN1LW
和基因
OPN1MW
的拷贝数，所述基因
OPN1LW
缩写为基因
L
，所述基因
OPN1MW
缩写为基因
M
；
[0021]S41
：当基因
L
或基因
M
缺失时，受检者为色盲
。
[0022]进一步，所述方法还包括：
[0023]执行
S1、S2
和
S3
；
[0024]S42
：当
(
基因
L≥2
且基因
M
＝
0)
或
(
基因
M≥2
且基因
L
＝
0)
时，采用
dPCR
法检测
p.S116T、p.S180A
和
p.I230T
共3个
SNP
位点；优选地，所述
p.S116T
的引物与延伸序列包括：
[0025]上游引物
116F
：
GCCAGCACTATCAGCRTTGTG
；
[0026]下游引物
116R
：
GGTGGCCCAGCACGAA
；
[0027]延申序列
116Y
‑
PA2
：
CCAG本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种红绿色觉异常的遗传学筛查方法，其特征在于，所述方法包括：
S1
：提取受检者的
DNA
；
S2
：以受检者的
DNA
为模板，采用
dPCR
法检测
LCR
和
p.Y309F
的拷贝数；优选地，所述
LCR
的引物与延伸序列包括：上游引物
LCR
‑
F
：
GTCCACCTGCCCCAAAGG
；下游引物
LCR
‑
R
：
GAGGGATTTGCTGGGAACCA
；延申序列
LCR
‑
P
：
AAGGGAACAGAGAACAC
；优选地，所述
p.Y309F
的引物与延伸序列包括：上游引物
LMW
‑
309F
：
TTACGCCTTCCACCCTTTGAT
；下游引物
LMW
‑
309R
：
AACGGGGTTGTAGATAGTGGC
；延申序列
LW
‑
309P
：
CCGGCCTACTTTGC
；延申序列
MW
‑
309P
：
CCGGCCTTCTTTGC
；
S3
：基于所述
LCR
和
p.Y309F
的拷贝数判断基因
OPN1LW
和基因
OPN1MW
的拷贝数，所述基因
OPN1LW
缩写为基因
L
，所述基因
OPN1MW
缩写为基因
M
；
S41
：当基因
L
或基因
M
缺失时，受检者为色盲
。2.
根据权利要求1所述的红绿色觉异常的遗传学筛查方法，其特征在于，所述方法还包括：执行
S1、S2
和
S3
；
S42
：当
(
基因
L≥2
且基因
M
＝
0)
或
(
基因
M≥2
且基因
L
＝
0)
时，采用
dPCR
法检测
p.S116T、p.S180A
和
p.I230T
共3个
SNP
位点；优选地，所述
p.S116T
的引物与延伸序列包括：上游引物
116F
：
GCCAGCACTATCAGCRTTGTG
；下游引物
116R
：
GGTGGCCCAGCACGAA
；延申序列
116Y
‑
PA2
：
CCAGGTCTATGGCT
；延申序列
116S
‑
PC2
：
CCAGGTCTCTGGCT
；优选地，所述
p.S180A
的引物与延伸序列包括：上游引物
180F
：
AGCCCTTTGGCAATGTGAGA
；下游引物
180R
：
CACCCTTACCTGCTCCAACC
；延申序列
180A
‑
PG2
：
CTCCTGGATCTGGGCT
；延申序列
180S
‑
PT2
：
TTCTCCTGGATCTGGTCT
；优选地，所述
p.I230T
的引物与延伸序列包括：上游引物
230F
：
TTCAGCGGCAGCTCGT
；下游引物
230R
：
TGGAGGTAGCAGAGCATGATGA
；延申序列
230I
‑
PT4
：
TGCTGCATCATCC
；延申序列
230T
‑
PC4
：
TGCTGCATCACCC
；
S421
：如果所述3个
SNP
位点的
λ
max
完全一致，受检者为色盲；
S422
：如果所述3个
SNP
位点的
λ
max
不完全一致，受检者为色弱
。3.
根据权利要求2所述的红绿色觉异常的遗传学筛查方法，其特征在于，所述
λ
max
是指吸收光谱的最大波长，基因
L
和基因
M
第
116、180
和
230
位编码的氨基酸各自将光色素光谱移动2至
4nm。
4.
根据权利要求1所述的红绿色觉异常的遗传学筛查方法，其特征在于，所述方法还包括：执行
S1、S2
和
S3
；
S43
：当基因
L
＝1且基因
M≥1
时，采用
dPCR
法检测是否发生
c.
‑
112A>C
和
/
或
p.I178V
；优选地，所述
c.
‑
112A>C
的引物与延伸序列包括：上游引物
MW
‑
112F2
：
AGGCCCAATTAAGAGATCAGATGG
；下游引物
MW
‑
112R2
：
AGGGTCACGGTGCTTTATACCG
；延申序列
MW
‑
112P4
：
CCTTAAAAGCGCC
；优选地，所述
p.I178V
的引物与延伸序列包括：上游引物
178F
：
AATGTGAGATTTGATGCCAAGCT
；下游引物
178R
：
ACCCTTACCTGCTCCAACCA
；延申序列
178P
‑
VG1
：
CTTCTCCTGGGTCTG
；
S431
：如果发生
c.
‑
112A>C
且该变异位点的次等位频率与基因
M
拷贝相当，受检者为绿色盲；
S432
：如果发生
c.
‑
112A>C
且该变异位点的次等位频率偏离基因
M
拷贝，再采用长片段
PCR
扩增
LCR
下游序列，观察基因
L
和基因
M
的排列顺序；
S433
：如果发生
p.I178V
，再采用长片段
PCR
扩增
LCR
下游序列，观察基因
L
和基因
M
的排列顺序；
S434
：如果未发生
c.
‑
112A&...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐瑶瑶，吴文辉，于晓光，
申请(专利权)人：上海谱希和光基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：