【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症诊断的组合物和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于
2020
年
10
月5日提交的美国临时申请第
63/087,427
号的权益,所述申请的全部内容整体并入本文
。
技术介绍
[0003]癌症涉及异常细胞生长,有可能侵入或扩散到身体的其它部位
。
尽管进行了数十年的癌症研究,但癌症继续导致大量死亡
(2020
年美国每天有约
1,600
例死亡
)
,这主要是由于缺乏早期和
/
或准确检测的手段
。
例如,卵巢癌是最致命的妇科癌症,并且是女性死亡的第三大原因
。
浆液性卵巢癌是卵巢癌中最具侵袭性的亚型,并且通常被称为“沉默的杀手”,因为大多数患者在处于晚期时被诊断
。
症状不明确,并且容易与其它病状混淆
。
目前,
CA
‑
125
是一种用于筛查和监测治疗功效的血液标志物
。
尽管
80
%的上皮肿瘤中
CA
‑
125
水平升高,但这些肿瘤中的大多数都处于晚期
。
血清
CA
‑
125
用于早期诊断的检出率低,因为其水平在少于
50
%的
I
期卵巢癌中升高,并且特异性有限
。
因此,非常需要新的生物 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种组合物,其包含具有以下结构的神经节苷脂:
(A)x
‑
[(P)y
‑
(L)z]
‑
(M)b
;其中
A
是神经节苷脂或其任何部分;
x
是1至
32
的整数;
P
是杂芳基;
y
是1;
L
是接头;
z
是0至8的整数;
M
是核心;并且
b
是0或1;其中
P
任选地被1个
、2
个
、3
个
、4
个或5个独立地选自以下的取代基取代:
(1)
氢;
(2)C1‑7酰基;
(3)C1‑
20
烷基;
(4)
氨基;
(5)C3‑
10
芳基;
(6)
羟基;
(7)
硝基;
(8)C1‑
20
烷基
‑
氨基;以及
(9)
‑
(CH2)
q
CONR
B
,其中
q
是0至4的整数,并且其中
R
B
选自由以下组成的组:
(a)
氢;
(b)C1‑6烷基;
(c)C3‑
10
芳基;以及
(d)C1‑6烷
‑
C6‑
10
芳基
。2.
根据权利要求1所述的组合物,其中所述杂芳基是三嗪或三唑
。3.
根据权利要求2所述的组合物,其中
a)
所述三嗪是
1,3,5
三嗪;或
b)
所述三唑是
1,2,3
三唑或
1,2,4
三唑
。4.
根据权利要求1至3中任一项所述的组合物,其中所述
P
被1个
、2
个
、3
个
、4
个或5个独立地选自以下的取代基取代:
(1)
氢;
(2)C1‑
20
烷基
‑
氨基;以及
(3)
‑
(CH2)
q
CONR
B
,其中
q
是0至4的整数,并且其中
R
B
选自由以下组成的组:
(a)
氢;
(b)C1‑6烷基;
(c)C3‑
10
芳基;以及
(d)C1‑6烷
‑
C6‑
10
芳基
。5.
根据权利要求1至4中任一项所述的组合物,其中所述
M
是
(1)
胺或
(2)
聚酰胺
‑
胺
(PAMAM)。6.
根据权利要求1至5中任一项所述的组合物,其中
x
是
1、2、3、4、6
或
8。7.
根据权利要求1至6中任一项所述的组合物,其中所述结构选自以下:
以及
其中
A
是神经节苷脂
。8.
根据权利要求1至7中任一项所述的组合物,其中所述神经节苷脂选自
GD2、GD3、GD1b、GT1b、
岩藻糖基
‑
GM1、GloboH、
聚唾液酸
(PSA)、GM2、GM3、
唾液酰
‑
路易斯
X
、
唾液酰
‑
路易斯
Y
、
唾液酰
‑
路易斯
A
、
唾液酰
‑
路易斯
B
和路易斯
Y
,任选地其中所述神经节苷脂是
GD2、GD3、GT1b
和
GM2。9.
根据权利要求1至8中任一项所述的组合物,其中所述神经节苷脂被可检测地标记,任选地其中所述神经节苷脂是用酶
、
辅基
(
例如,链霉亲和素
/
生物素
)、
荧光团
、
发光标签
、
生物发光标签和
/
或放射性同位素标记的
。10.
根据权利要求1至9中任一项所述的组合物,其中所述组合物是药物组合物
。11.
一种在受试者中诱导针对神经节苷脂的免疫应答的方法,所述方法包括向所述受试者施用根据权利要求1至
10
中任一项所述的组合物
。12.
一种治疗有需要的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用根据权利要求1至
10
中任一项所述的组合物
。13.
根据权利要求
11
或
12
所述的方法,其中所述受试者患有癌症或患有感染
(
例如,病毒感染或细菌感染
)。14.
一种在哺乳动物中产生抗体的方法,所述方法包括:
(a)
用根据权利要求1至
10
中任一项所述的组合物使所述哺乳动物免疫,所述组合物任选地进一步包含佐剂;以及
(b)
从所述哺乳动物
、
来自所述哺乳动物的细胞或使用来自所述哺乳动物的细胞制备的杂交瘤中分离与所述神经节苷脂结合的抗体
。15.
根据权利要求
14
所述的方法,其中所述哺乳动物选自兔
、
小鼠
、
山羊
、
骆驼
、
狗
、
绵羊或大鼠
。16.
一种单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体与神经节苷脂的碳水化合物部分特异性结合
。17.
根据权利要求
16
所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述神经节苷脂是:
(a)GD2
;
(b)GD3
;或
(c)GD2
和
GD3。18.
根据权利要求
16
或
17
所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体
或其抗原结合片段包括:
a)
如表1所示的重链
CDR1、CDR2
和
CDR3
的组合,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;和
/
或
b)
如表1所示的轻链
CDR1、CDR2
和
CDR3
的组合,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列
。19.
根据权利要求
16
或
17
所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
a)
如表2所示的
VH
序列,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;和
/
或
b)
如表2所示的
VL
序列,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列
。20.
根据权利要求
16
或
17
所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其包括选自以下的六个
CDR
氨基酸序列:
a)SEQ ID NO:2、4、6、8、10
和
12(
克隆
4)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
b)SEQ ID NO:14、16、18、20、22
和
24(
克隆
6)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
c)SEQ ID NO:26、28、30、32、34
和
36(
克隆
7)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
d)SEQ ID NO:38、40、42、44、46
和
48(
克隆
8)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
e)SEQ ID NO:50、52、54、56、58
和
60(
克隆
9)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
f)SEQ ID NO:62、64、66、68、70
和
72(
克隆
10)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
g)SEQ ID NO:74、76、78、80、82
和
84(
克隆
13)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
h)SEQ ID NO:86、88、90、92、94
和
96(
克隆
14)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
i)SEQ ID NO:98、100、102、104、106
和
108(
克隆
15)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
j)SEQ ID NO:110、112、114、116、118
和
120(
克隆
17)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
k)SEQ ID NO:122、124、126、128、130
和
132(
克隆
18)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;以及
l)SEQ ID NO:134、136、138、140、142
和
144(
克隆
19)
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列
。21.
根据权利要求
16
或
17
所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其包括选自以下的
VH
氨基酸序列和
VL
氨基酸序列:
a)SEQ ID NO:146
和
148
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
b)SEQ ID NO:150
和
152
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
c)SEQ ID NO:154
和
156
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
d)SEQ ID NO:158
和
160
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
e)SEQ ID NO:162
和
164
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
f)SEQ ID NO:166
和
168
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
g)SEQ ID NO:170
和
172
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
h)SEQ ID NO:174
和
176
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
i)SEQ ID NO:178
和
180
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
j)SEQ ID NO:182
和
184
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;
k)SEQ ID NO:186
和
188
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列;以及
l)SEQ ID NO:190
和
192
,或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约
85
%序列同一性的变体序列
。22.
根据权利要求
16
至
21
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中:
a)
所述单克隆抗体或其抗原结合片段是嵌合的
、
人源化的
、
复合的
、
鼠类的或人的;和
/
或
b)
所述单克隆抗体或其抗原结合片段包括选自由以下组成的组的免疫球蛋白重链恒定结构域:
IgG、IgG1、IgG2、IgG2A、IgG2B、IgG3、IgG4、IgA、IgM、IgD
和
IgE
恒定结构域
。23.
根据权利要求
16
至
22
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体或其抗原结合片段被可检测地标记或缀合,其包括效应子结构域,其中所述效应子结构域包括
Fc
结构域,和
/
或其中所述单克隆抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组:
Fv、F(ab')2、Fab'、dsFv、scFv、sc(Fv)2
和双功能抗体片段
。24.
一种免疫球蛋白重链和
/
或免疫球蛋白轻链,其选自表2中列出的免疫球蛋白重链序列和免疫球蛋白轻链序列
。25.
一种分离的核酸分子,其编码:
a)
包括表1和
/
或表2中列出的氨基酸序列的多肽;
b)
包括与表1和
/
或表2中列出的氨基酸序列具有至少或约
85
%同一性的氨基酸序列的多肽;和
/
或
c)
根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段
。26.
一种载体,其包括根据权利要求
25
所述的分离的核酸
。27.
一种宿主细胞,其
(a)
包括根据权利要求
25
所述的分离的核酸,
(b)
包括根据权利要求
26
所述的载体,和
/
或
(c)
表达根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的抗体或其抗原结合片段
。28.
一种产生至少一种根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段的方法,其中所述方法包括以下步骤:
(i)
在适于允许表达所述单克隆抗体或其抗原结合片段的条件下培养包括核酸的宿主细胞,所述核酸包括编码至少一种根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段的序列;以及
(ii)
回收所表达的单克隆抗体或其抗原结合片段
。29.
一种装置或试剂盒,其包括至少一种根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段
。30.
根据权利要求
29
所述的装置或试剂盒,其进一步包括:
(a)
用于检测所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段的标记;
(b)
用于检测初级抗体的次级抗体;和
/
或
(c)
至少一种参考抗原,任选地其中所述参考抗原是神经节苷脂
。31.
根据权利要求
30
所述的装置或试剂盒,其中所述参考抗原选自
GD2、GD3
和
GD2
或
GD3
的经修饰形式
。32.
根据权利要求
30
或
31
所述的装置或试剂盒,其中所述参考抗原选自:权利要求1至9中任一项的所述神经节苷脂
、
苯硫基
GD2、
苯硫基
GD3、GD2
‑
O
‑
芳基
‑
NH2、GD3
‑
O
‑
芳基
‑
NH2、
对氨基苯基醚
GD2(AP
‑
GD2)、
对氨基苯基醚
GD3(AP
‑
GD3)、
三嗪
GD2(
例如
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD2
,例如2‑
氨基
‑
4,6
‑
二氯
‑
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD2)、
三嗪
GD3(
例如
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD3
,例如2‑
氨基
‑
4,6
‑
二氯
‑
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD3)、
多聚体
GD2(
例如
PAMAM
‑
GD2)
和多聚体
GD3(PAMAM
‑
GD3)。33.
一种从样品中提取脂质的方法,所述方法包括:
(a)
获得所述样品;
(b)
向所述样品中添加约2倍至5倍体积的以选自以下的比率包括
CHCl3:
甲醇
:
水的有机溶剂:
(i)
约
1:2:1
,
(ii)
约
4:8:3
,或
(iii)
约
2:4:1
;
(c)
振荡
(b)
中的混合物;以及
(d)
将所述样品与所述有机溶剂分离,由此从所述样品中提取脂质
。34.
一种从样品中纯化神经节苷脂的方法,所述方法包括:
(a)
获得所述样品;
(b)
向所述样品中添加约2倍至5倍体积的以选自以下的比率包括
CHCl3:
甲醇
:
水的有机溶剂:
(i)
约
1:2:1
,
(ii)
约
4:8:3
,或
(iii)
约
2:4:1
;
(c)
振荡
(b)
中的混合物;以及
(d)
将所述样品与所述有机溶剂分离,由此从所述样品中提取脂质
。35.
根据权利要求
33
或
34
所述的方法:
(i)
其中在用所述有机溶剂提取之前,通过离心澄清所述样品;
(ii)
其中所述样品来自哺乳动物,任选地来自人类;
(iii)
其中通过离心将所述样品与所述有机溶剂分离;
(iv)
其中所述样品来自患有癌症的受试者或无癌症的受试者;
(v)
其中所述样品包括细胞
、
血清
、
血液
、
瘤周组织和
/
或瘤内组织;
(vi)
所述方法进一步包括重复
(b)
‑
(d)
的步骤至少
1、2、3、4
或5次;和
/
或
(vii)
所述方法进一步包括从
(d)
的所提取的样品中蒸发残留有机溶剂,任选地通过在真空
(
例如,快速真空
)
下离心溶液
。36.
一种检测至少一种神经节苷脂
(
例如,
GD2
和
/
或
GD3)
的存在或水平的方法,所述方法包括使用至少一种根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段检测样品中的所述神经节苷脂,任选地其中所述样品来自患有癌症的受试者或无癌症的受试者
。37.
根据权利要求
36
所述的方法,其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段与神经节苷脂
(
例如,
GD2
或
GD3)
形成复合物,并且所述复合物在酶联免疫吸附测定
(ELISA)、
放射免疫测定
(RIA)、
免疫化学方式
(
例如,免疫组织化学
)
或流式细胞术中检测到
。38.
根据权利要求
37
所述的方法,其中所述复合物在酶联免疫吸附测定
(ELISA)
中检测到
。39.
根据权利要求
37
或
38
所述的方法,其中所述复合物在夹心
ELISA
中检测到
。40.
根据权利要求
39
所述的方法,其中所述复合物使用任何两种根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的抗体或其抗原结合片段在夹心
ELISA
中检测到
。41.
根据权利要求
37
或
38
所述的方法,其中所述复合物在竞争性
ELISA
中检测到
。42.
根据权利要求
41
所述的方法,其中所述竞争性
ELISA
包括参考抗原,所述参考抗原选自
GD2、GD3
或
GD2
或
GD3
的经修饰形式
。43.
根据权利要求
42
所述的方法,其中所述参考抗原选自:权利要求1至9中任一项的所述神经节苷脂
、
苯硫基
GD2、
苯硫基
GD3、GD2
‑
O
‑
芳基
‑
NH2、GD3
‑
O
‑
芳基
‑
NH2、
对氨基苯基醚
GD2(AP
‑
GD2)、
对氨基苯基醚
GD3(AP
‑
GD3)、
三嗪
GD2(
例如
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD2
,例如2‑
氨基
‑
4,6
‑
二氯
‑
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD2)、
三嗪
GD3(
例如
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD3
,例如2‑
氨基
‑
4,6
‑
二氯
‑
1,3,5
‑
三嗪
‑
GD3)、
多聚体
GD2(
例如
PAMAM
‑
GD2)
和多聚体
GD3(PAMAM
‑
GD3)。44.
根据权利要求
37
所述的方法,其中所述复合物在免疫组织化学
(IHC)
中检测到
。45.
一种检测至少一种神经节苷脂的存在
、
水平或脂质长度的方法,所述方法包括使用质谱法
(
例如,
LC/MS
或
LC/MS/MS)
检测样品中的所述神经节苷脂,任选地其中所述样品来自患有癌症的受试者或无癌症的受试者
。46.
根据权利要求
36
至
45
中任一项所述的方法,其中所述样品是根据权利要求
33
至
35
中任一项所述的方法制备的
。47.
一种诊断受试者的癌症的方法,所述方法包括:
a)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
b)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的水平进行比较,其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的显著更高的水平表明所述受试者患有癌症
。
48.
一种鉴定患有癌症的受试者的方法,所述方法包括:
a)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
b)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的水平进行比较,其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的显著更高的水平将所述受试者鉴定为患有癌症
。49.
一种确定癌症等级的方法,所述方法包括:
a)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
b)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的水平进行比较,其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的所述水平增加至少
100
%且不超过
200
%表明所述受试者患有低等级癌症;和
/
或其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的所述水平增加至少
200
%表明所述受试者患有高等级癌症
。50.
一种确定癌症的肿瘤负荷的方法,所述方法包括:
a)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
b)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的水平进行比较,其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的所述水平增加至少
100
%且不超过
200
%表明所述受试者具有低肿瘤负荷;和
/
或其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的所述水平增加至少
200
%表明所述受试者具有高肿瘤负荷
。51.
一种检测受试者的癌症复发的方法,所述方法包括:
a)
从接受癌症治疗后癌症消退的所述受试者获得或提供样品;
b)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定所述受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
c)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的水平进行比较,其中与所述对照样品中的所述水平相比,所述受试者样品中的所述至少一种神经节苷脂的显著更高的水平表明所述受试者的癌症复发
。52.
一种检测受试者的微小残留病灶的方法,所述方法包括:
a)
从处于缓解期的所述受试者获得或提供样品;
b)
使用至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段确定所述受试者样品中的至少一种神经节苷脂的水平,任选地其中所述至少一种单克隆抗体或其抗原结合片段是根据权利要求
16
至
23
中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段;以及
c)
将所述至少一种神经节苷脂的所述水平与对照样品中的所述至少一种神经节苷脂的...
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