一种辣椒制造技术

本发明专利技术公开了一种辣椒

【技术实现步骤摘要】
一种辣椒5K液相芯片及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种辣椒
5K
液相芯片及其应用
。

技术介绍

[0002]辣椒
(Capsicum annuum L.)
原产中南美洲，属于茄科辣椒属一年生或多年生植物，现已经成为世界重要的蔬菜作物和调料作物，是中国种植面积最大的蔬菜，品种多样性极为丰富，不同颜色
、
不同大小
、
不同形状的品种应有尽有
。
由于辣椒经济效益好，辣椒产业已发展为多地的特色产业，助力乡村振兴
。
近年来，随着测序技术的发展，辣椒完成了
de
‑
nove
测序并且公布了一些重测序数据，为我们提供了丰富的遗传变异信息，然而这些遗传变异信息很难直接应用到辣椒的实际育种工作中
。
尽管目前在辣椒中开发了
SSR
标记，
CAPS
标记，然而由于辣椒基因组大
、
基础研究工作薄弱，标记量少等原因，导致育种中选择效率较低，目标不明确，限制了其在辣椒育种中的应用
。
因此，目前急需一种新的基因分型技术提高辣椒育种中的选择效率，推动辣椒分子育种的发展
。
[0003]单核苷酸多态性
(SNP)
在基因组中分布广
、
数量多
、
便于筛查及基因分型，具有十分重要的生物学意义，被认为是当前最佳的标记
。
目前，
SNP
标记已经成为生物种群鉴定
、
遗传结构分析
、
基因定位
、
基因组选择的重要工具
。
随着高通量测序技术的发展，对于有参考基因组的物种来说，基于全基因组测序成为高通量
SNP
基因分型技术的主流
。
然而该技术对于相关数据的管理
、
分析具有较高的要求，同时辣椒基因组大，导致测序成本很高
。
靶向捕获测序基因型分型，通过对已知序列设计探针
、
开发芯片，利用随机打断的基因组
DNA
片段与芯片混合，捕获辣椒高通量测序文库中的包含目标位点的
DNA
片段进行扩增
、
纯化
、
高通量测序
。
以一种降低文库丰度的方式实现对大量目标位点的深度测序，能够降低相关数据的分析及管理难度，并且能够显著降低基因分型的成本
。
然而该技术在辣椒中尚未展开应用
。
[0004]液相捕获芯片是基于
DNA
的捕获，再进行测序，它对同一个位置进行了多次测序，准确率更高，成本低，且开发的
SNP
芯片密度可以灵活调整；可以随时补充新的位点
、
升级灵活；未来可针对不同的使用场景及使用需求，采用不同组合的芯片，即可检测
。
然而该项技术尚未在辣椒中应用，该辣椒芯片的开发有助于辣椒育种产业的发展
。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种辣椒
5K
液相芯片及其应用，采用本专利技术的液相芯片可以实现对辣椒种质资源的快速分型，解决了现用的大量遗传信息不能应用到实际育种的问题
。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术的技术方案概述如下：
[0007]一种辣椒
5K
液相芯片，该芯片的基因分型对象包括辣椒全基因组上的
5984
个
SNP
位点，所述
SNP
位点的位置信息如说明书表1所示
。
[0008]上述的辣椒
5K
液相芯片，优选的，所述
SNP
位点的参考基因组为辣椒基因组
“
Zunla
‑
1_V2”。
[0009]优选的，所述辣椒
5K
液相芯片为基于靶向捕获测序的辣椒
5K
液相基因芯片
。
[0010]优选的，所述辣椒
5K
液相芯片由探针混合液和杂交捕获试剂构成，所述探针混合液包括辣椒
SNP
靶向捕获
5K
探针
、
通用封闭液
I、
通用封闭液
II
；所述杂交捕获试剂包括
TCGBS 2
×
杂交
Buffer、TCGBS
重复序列封闭液
Block、TCGBS2
×
Beads Wash Buffer、TCGBS Wash Buffer I/Wash Buffer II/Wash Buffer III、TCGBS Stringent Wash Buffer。
[0011]更优选的，所述探针混合液中的辣椒
SNP
靶向捕获
5K
探针为
DNA
双链探针
。
[0012]基于一个总的专利技术构思，本专利技术还提供一种所述的辣椒
5K
液相芯片在辣椒种质资源的遗传多样性分析
、
品种鉴定
、
基因定位或分子辅助育种方面的应用
。
[0013]上述的应用，优选的，所述应用的方法包括如下步骤：利用所述辣椒
5K
液相芯片对辣椒样品进行基因分型
。
[0014]与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：
[0015](1)
本专利技术提供了辣椒
5K
液相基因芯片，包含了
5984
个
SNP
位点，能够同时对
5984
个位点进行检测，其数量
、
密度及效率均是目前报道辣椒中较高的，能够应用于辣椒的基础研究和分子育种中
。
[0016](2)
本专利技术的辣椒
5K
液相基因芯片，还可以补充其他位点进来，在育种中可以灵活使用
。
[0017](3)
本专利技术的辣椒
5K
液相基因芯片，为辣椒的遗传多样性分析
、
品种鉴定
、
基因定位
、
背景筛选及分子标记辅助育种提供了一项高效的基因组分型工具；同时根据现有研究，本专利技术可随时根据新的位点设计新的探针，同时对于样品量没有较高要求，以满足使用人不同的使用场景及使用需求，在辣椒分子育种中具有较高的应用价值
。
附图说明
[0018]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种辣椒
5K
液相芯片，其特征在于，该芯片的基因分型对象包括辣椒全基因组上的
5984
个
SNP
位点，所述
SNP
位点的位置信息如说明书表1所示
。2.
根据权利要求1所述的辣椒
5K
液相芯片，其特征在于，所述
SNP
位点的参考基因组为辣椒基因组“Zunla
‑
1_V2”。3.
根据权利要求1所述的辣椒
5K
液相芯片，其特征在于，所述辣椒
5K
液相芯片为基于靶向捕获测序的辣椒
5K
液相基因芯片
。4.
根据权利要求3所述的辣椒
5K
液相芯片，其特征在于，所述辣椒
5K
液相芯片由探针混合液和杂交捕获试剂构成，所述探针混合液包括辣椒
SNP
靶向捕获
5K
探针
、
通用封闭液
I、
通用封闭液
II

【专利技术属性】
技术研发人员：缪武，欧立军，崔清志，李雪峰，刘峰，刘荣云，朱璋，刘志敏，
申请(专利权)人：湖南农业大学湖南第一师范学院湖南省蔬菜研究所长沙椒盛农业科技有限公司，
类型：发明
国别省市：