用于癌症诊断和预后的甲基化生物标志的分层分析制造技术

提供了鉴定甲基化无细胞

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症诊断和预后的甲基化生物标志的分层分析

技术介绍

[0001]针对突变的无细胞
DNA(cell
‑
free DNA,cfDNA)
，即在血液中自由循环的片段
DNA
的微创血液测试正进行癌症检测
、
疗法选择和疗法监测的测试
(Forshew et al.Sci.Transl.Med.4,136ra68(2012)
；
Dawson et al.N.Engl.J.Med.368,1199
‑
1209(2013)
；
Bettegowda et al,Sci.Transl.Med.6,224ra24(2014)
；
Cohen et al.,Science 359,926
‑
930(2018)
；
Corcoran&Chabner N.Engl.J.Med.379,1754
‑
1765(2018)
；
McDonald et al.Sci.Transl.Med.11,eaax7392(2019))。
甲基化
cfDNA
生物标志也显示出这些应用的前景，部分原因是它们固有的生物学特性
(Sun et al.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.112,E5503
‑
E5512(2015)
；
Lamb&Dhillon Mol.Diagn.Ther.21,225
‑
232(2017)
；
Xu et al.Nat.Mater.16,1155
‑
1161(2017)
；
Liu et al.Ann.Oncol.29,1445
‑
1453(2018)
；
Liu et al.Ann.Oncol.31,745
‑
759(2020)
；
Luo et al.Sci.Transl.Med.12,eaax7533(2020))。
通过其启动子区域中
CpG
二核苷酸的甲基化使肿瘤抑制基因沉默，在肿瘤发展中起着重要
、
早期的作用
(Esteller Oncogene 21,5427
‑
5440(2002)
；
Jones&Baylin Nat.Rev.Genet.3,415
‑
428(2002))。
甲基化
DNA
也包绕组蛋白，保护其免受血液中核酸酶的降解
(Snyder et al.Cell 164,57
‑
68(2016)
；
Mouliere et al.Sci.Transl.Med.10,eaat4921(2018))。
从技术角度看，靶向微阵列和测序平台的进展使得能够精确定量
cfDNA
中的
CpG
甲基化频率
(Deng et al.Nat.Biotechnol.27,353
‑
360(2009)
；
Sandoval et al.Epigenetics 6,692
‑
702(2011))。

技术实现思路

[0002]提供了鉴定甲基化无细胞
DNA(cfDNA)
生物标志的方法，其被称为甲基化生物标志的分层分析
(layered analysis of methylated biomarkers,LAMB)。
具体地，
LAMB
方法可用于分析患者数据以发现与癌症相关的甲基化
cfDNA
生物标志
。
利用对癌症组织甲基化研究的荟萃分析
(meta
‑
analysis)
，使用
LAMB
鉴定候选肿瘤抑制物，之后在这些肿瘤抑制物中筛选肿瘤特异性启动子
CpG
并分析癌性组织
、
邻近肿瘤的非癌性组织和健康血液样品的微阵列数据
。
基于此
LAMB
方法提供了用于诊断肝癌
、
结直肠癌
、
前列腺癌和肺癌的生物标志组
(
组套，
panels)
以及用于预测肿瘤对疗法的响应的生物标志
。LAMB
鉴定的生物标志可单独地或与一种或多种其它生物标志或相关临床参数组合地用于癌症的预后
、
诊断
、
疗法选择或监测癌症的治疗
。
[0003]一方面，提供了诊断和治疗患者的肝细胞癌
(HCC)
的方法，所述方法包括：
a)
从患者获得血液样品；
b)
测量来自血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
，其中选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明患者患有
HCC
；和
c)
如果基于
所述一个或多个
CpG
位点的甲基化水平，患者具有
HCC
的阳性诊断，则治疗患者的
HCC。
[0004]在某些实施方式中，所述一个或多个
CpG
选自
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864。
在一些实施方式中，所述方法包括测量
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
诊断和治疗患者的肝细胞癌
(HCC)
的方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
，其中选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
HCC
；和
c)
如果基于所述一个或多个
CpG
位点的所述甲基化水平，所述患者具有
HCC
的阳性诊断，则治疗所述患者的
HCC。2.
根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。3.
根据权利要求2所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864CpG
位点处的甲基化水平
。4.
根据权利要求1‑3中任一项所述的方法，其中所述治疗所述患者的
HCC
包括
HCC
肿瘤的手术切除
、
肝移植
、
射频消融
、
冷冻消融
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。5.
根据权利要求1‑4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围是从来自一个或多个不患有
HCC
的对照对象的一个或多个血液样品的
cfDNA
获得的
。6.
诊断患者的肝细胞癌
(HCC)
的体外方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；和
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
，其中选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
HCC。7.
监测患者的肝细胞癌
(HCC)
的方法，所述方法包括：
a)
在第一时间点从所述患者获得第一血液样品和在之后的第二时间点从所述患者获得第二血液样品；和
b)
测量来自所述第一血液样品和所述第二血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
，其中来自所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于来自所述第一血液样品的
cfDNA
升高，表明
HCC
正在进展，而对来自所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于来自所述第一血液样品的
cfDNA
降低的检测，表明
HCC
没有进展
。8.
根据权利要求7所述的方法，其中
HCC
是原发性肿瘤
、
转移或复发
。9.
根据权利要求7或8所述的方法，其中所述第一时间点在开始对所述患者进行
HCC
治疗之前，而所述第二时间点在所述治疗期间或之后
。10.
根据权利要求9所述的方法，其中所述治疗是手术切除
、
肝移植
、
射频消融
、
冷冻消融
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。11.
根据权利要求7‑
10
中任一项所述的方法，还包括重复步骤
a)
和
b)。12.
根据权利要求7‑
11
中任一项所述的方法，还包括如果
HCC
正在进展则对所述患者增加
HCC
的治疗的剂量或频率
、
改变成不同的治疗
、
或者开始姑息护理
。13.
根据权利要求7‑
12
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。14.
根据权利要求
13
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864CpG
位点处的甲基化水平
。15.
监测患者中肝细胞癌
(HCC)
的复发并治疗所述患者的所述复发的方法，所述方法包括：
a)
在针对
HCC
的先前发生的治疗之后的第一时间点，这时所述患者通过成像或其它诊断模态表征为无癌症，从所述患者获得第一血液样品；
b)
测量来自所述第一血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
；
c)
在监测所述复发的时期的过程中的第二时间点从所述患者获得第二血液样品；
d)
测量来自所述第二血液样品的
cfDNA
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
，其中所述第二血液样品的
cfDNA
中选自
AK055957、APC、GSTP1、HOXA1、PFKP、PRDM2、RUNX3、SEPTIN9、SPINT2
和
WIF1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述第一血液样品的
cfDNA
升高，表明
HCC
已复发；
e)
如果基于所述一个或多个
CpG
位点的所述甲基化水平，所述患者具有
HCC
的所述复发的阳性诊断，则治疗所述患者的
HCC
的所述复发；和
f)
随后在监测所述复发的时期的过程中重复步骤
c)
‑
e)。16.
根据权利要求
15
所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。17.
根据权利要求
16
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864CpG
位点的甲基化水平
。18.
根据权利要求
15
‑
17
中任一项所述的方法，其中所述治疗所述患者的
HCC
的复发包括
HCC
肿瘤的手术切除
、
肝移植
、
射频消融
、
冷冻消融
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。19.
根据权利要求1‑
18
中任一项所述的方法，还包括测量甲胎蛋白
(AFP)
的水平
。20.
无细胞
DNA
作为生物标志用于诊断肝细胞癌
(HCC)、
检测
HCC
的复发或监测
HCC
的治疗的用途，所述无细胞
DNA
在选自
cg08572734、cg15607538、cg08571859、cg14479889、cg03667968、cg00577935、cg02659086、cg26744375、cg09420439、cg04673590、cg08465862、cg14250130、cg00922376、cg05346841、cg13629563、cg26421310、cg17300544、cg06848185、cg22522066、cg26397188
和
cg24166864
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点的一个或多个
CpG
位点处被甲基化
。21.
诊断和治疗患者的结直肠腺癌
(CRC)
的方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
，其中选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
CRC
；和
c)
如果基于所述一个或多个
CpG
位点的所述甲基化水平，所述患者具有
CRC
的阳性诊断，则治疗所述患者的
CRC。22.
根据权利要求
21
所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、
cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。23.
根据权利要求
22
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409CpG
位点的甲基化水平
。24.
根据权利要求
21
‑
23
中任一项所述的方法，其中所述治疗所述患者的
CRC
包括
CRC
肿瘤的手术切除
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。25.
根据权利要求
21
‑
24
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患
CRC
的对照对象的一个或多个血液样品中的
cfDNA
获得的
。26.
无细胞
DNA
作为生物标志用于诊断结直肠腺癌
(CRC)、
检测
CRC
的复发或监测
CRC
的治疗的用途，所述无细胞
DNA
在选自
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点的一个或多个
CpG
处被甲基化
。27.
监测患者的结直肠腺癌
(CRC)
的方法，所述方法包括：
a)
在第一时间点从所述患者获得第一血液样品和在之后的第二时间点从所述患者获得第二血液样品；和
b)
测量来自所述第一血液样品和所述第二血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
，其中来自所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于来自所述第一血液样品的
cfDNA
升高，表明
CRC
正在进展，而对来自所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述
一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于来自所述第一血液样品的
cfDNA
降低的检测，表明
CRC
没有进展
。28.
根据权利要求
27
所述的方法，其中
CRC
是原发性肿瘤
、
转移或复发
。29.
根据权利要求
27
或
28
所述的方法，其中所述第一时间点在开始对所述患者进行
CRC
治疗之前，而所述第二时间点在所述治疗期间或之后
。30.
根据权利要求
29
所述的方法，其中所述治疗是
CRC
肿瘤的手术切除
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。31.
根据权利要求
27
‑
30
中任一项所述的方法，还包括如果
CRC
正在进展则对所述患者增加
CRC
治疗的剂量或频率
、
改变成不同的
CRC
治疗
、
或者开始姑息护理
。32.
根据权利要求
27
‑
31
中任一项所述的方法，还包括重复步骤
a)
和
b)。33.
根据权利要求
27
‑
32
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。34.
根据权利要求
33
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409CpG
位点处的甲基化水平
。35.
监测患者中结直肠腺癌
(CRC)
的复发并治疗所述患者的所述复发的方法，所述方法包括：
a)
在针对
CRC
的先前发生的治疗之后的第一时间点，这时所述患者通过成像或其它诊断模态表征为无癌症，从所述患者获得第一血液样品；
b)
测量来自所述第一血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
；
c)
在监测所述复发的时期的过程中的第二时间点从所述患者获得第二血液样品；
d)
测量来自所述第二血液样品的
cfDNA
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
，其中所述第二血液样品的
cfDNA
中选自
ALX4、CNRIP1、
COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述第一血液样品的
cfDNA
升高，表明
CRC
已复发；
e)
如果基于所述一个或多个
CpG
位点的所述甲基化水平，所述患者具有
CRC
的所述复发的阳性诊断，则治疗所述患者的
CRC
的所述复发；和
f)
随后在监测所述复发的时期的过程中重复步骤
c)
‑
e)。36.
根据权利要求
35
所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点选自
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。37.
根据权利要求
36
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg14410064、cg10908369、cg25530246、cg21938148、cg03817671、cg25046074、cg08712932、cg11664500、cg12152919、cg14017655、cg14287112、cg16347317、cg20330472、cg20611276、cg22871668、cg10480343、cg22535307、cg25520679、cg07589773、cg16697214、cg18607529、cg18810347、cg20078466、cg27633530、cg01192900、cg24041078、cg06650115、cg13096260、cg18719750、cg24732574、cg25070637、cg02884239、cg06848185、cg15044248、cg19554255、cg00800383、cg19063972、cg19184934、cg27442308、cg22441533、cg01808545、cg01194057、cg07234102、cg12584684、cg15701178
和
cg21782409CpG
位点的甲基化水平
。38.
根据权利要求
35
‑
37
中任一项所述的方法，其中所述治疗所述患者的
CRC
的复发包括
CRC
肿瘤的手术切除
、
放射疗法
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。39.
诊断患者的结直肠腺癌
(CRC)
的体外方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；和
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
，其中选自
ALX4、CNRIP1、COL4A1、COL4A2、EFEMP1、EYA4、FBN1、HIC1、IKZF1、MIR34C、NDRG4、SDC2、SEPTIN9、SOX21、TFPI2、TMEFF2
和
UNC5C
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
CRC。40.
诊断和治疗患者的前列腺腺癌
(PRAD)
的方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
，其中选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
的所述一种或多种
生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
PRAD
；和
c)
如果基于所述一个或多个
CpG
位点的所述甲基化水平，所述患者具有
PRAD
的阳性诊断，则治疗所述患者的
PRAD。41.
根据权利要求
40
所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
选自
cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016
和
cg15229124
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点
。42.
根据权利要求
41
所述的方法，其中所述测量甲基化水平包括测量
cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016
和
cg15229124CpG
位点的甲基化水平
。43.
根据权利要求
40
‑
42
中任一项所述的方法，其中所述治疗所述患者的
PRAD
包括根治性前列腺切除术
、
激素疗法
、
放射疗法
、
近距离放射疗法
、
冷冻手术
、
高强度聚焦超声
、
化学疗法
、
免疫疗法或生物疗法
。44.
根据权利要求
40
‑
43
中任一项所述的方法，其中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围是从一个或多个未患有
PRAD
的对照对象的一个或多个血液样品中的
cfDNA
获得的
。45.
无细胞
DNA
作为生物标志用于诊断前列腺腺癌
(PRAD)、
检测
PRAD
的复发或监测
PRAD
的治疗的用途，所述无细胞
DNA
在选自
cg00577935、cg08571859、cg11613015、cg14479889、cg14511739、cg16970232、cg22035501、cg23938220、cg08530414、cg05214748、cg05907835、cg15468095、cg02499249、cg06720425、cg12479047、cg18094781、cg20899354、cg26124016
和
cg15229124
以及位于其
200
个核苷酸内的
CpG
位点的一个或多个
CpG
位点处被甲基化
。46.
诊断患者的前列腺腺癌
(PRAD)
的体外方法，所述方法包括：
a)
从所述患者获得血液样品；和
b)
测量来自所述血液样品的无细胞
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
，其中选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于
cfDNA
中所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化参考值范围升高，表明所述患者患有
PRAD。47.
监测患者的前列腺腺癌
(PRAD)
的方法，所述方法包括：
a)
在第一时间点从所述患者获得第一血液样品和在之后的第二时间点从所述患者获得第二血液样品；和
b)
测量来自所述第一血液样品和所述第二血液样品的循环游离
DNA(cfDNA)
中一种或多种生物标志基因的启动子区域中的一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平，其中所述一种或多种生物标志基因选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
，其中所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述第一血液样品的
cfDNA
升高，表明
PRAD
正在进展，而对所述第二血液样品的
cfDNA
中的选自
APC、CD44、PYCARD、RARB
和
RBP1
的所述一种或多种生物标志基因的所述启动子区域中的所述一个或多个
CpG
位点处的甲基化水平相比于所述第一血液样品的
cfDNA
降低的检测，表明
PRAD
没有进展
。48.
根据权利要求
47
所述的方法，其中
PRAD
是原发性肿瘤
、
转移或复发
。49.

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：里兰斯坦福初级大学理事会，
类型：发明
国别省市：