本发明专利技术主要关于用于预测三阴性乳腺癌预后效果的标记基因及其应用，所述标记基因包括CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因或XRCC4基因的至少一种，所述应用包括：预测TNBC预后效果、构建用于预测TNBC预后效果的风险评分模型、制备用于预测TNBC预后效果的试剂盒中的至少一种。通过整合单细胞和转录组数据，建立一种巨噬细胞相关标记基因预测模型，能够用于预测TNBC预后效果，可以更精准的预测TNBC患者的病理缓解或进展情况，可依据预测结果更变后续治疗方案，可以显著改善TNBC人群的生存结果。果。果。
【技术实现步骤摘要】
用于预测三阴性乳腺癌预后效果的标记基因及其应用
[0001]本专利技术主要关于基因应用
，特别是关于用于预测三阴性乳腺癌预后效果的标记基因及其应用。
技术介绍
[0002]三阴性乳腺癌(TNBC)占所有乳腺恶性肿瘤的15%～20%。TNBC细胞具有极强的攻击性，缺乏激素和生长因子受体。由于雌激素受体、孕激素受体和人表皮生长因子受体2的缺失或低表达，TNBC对激素和内分泌治疗产生耐药性。与其他乳腺癌症形式相比，TNBC仍然是最具挑战性的，因为它具有更广泛的异质性，远处转移和复发的风险更高，并且验证的治疗靶点不足。目前，化疗被用作对抗TNBC的主要方法。随着实体瘤免疫疗法的发展和TNBC免疫原性的验证，免疫疗法越来越受到关注。为了改善TNBC人群的生存结果，免疫疗法的预测性生物标志物具有挑战性。此外，由于治疗反应不佳，TNBC急需新的治疗靶点和预测预后的生物标志物。
[0003]髓系细胞，尤其是巨噬细胞的积聚，是TNBC肿瘤微环境中的主要成分。巨噬细胞对TNBC的调节机制已经得到了广泛的探索。例如，HLF通过激活癌症细胞
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巨噬细胞通讯来调节TNBC的铁死亡、进展和化疗耐药。化疗与巨噬细胞抑制相结合可诱导T细胞和B细胞的丰度以及TNBC的持久消退。OTUD5诱导的巨噬细胞中YAP的去泛素化有助于M2表型并有利于TNBC的进展。到目前为止，很少有TNBC患者的巨噬细胞相关预后模型，且未在临床实践中应用。
[0004]前述
技术介绍
知识的记载旨在帮助本领域普通技术人员理解与本专利技术较为接近的现有技术，同时便于对本申请专利技术构思及技术方案的理解，应当明确的是，在没有明确的证据表明上述内容在本专利申请的申请日前已公开的情况下，上述
技术介绍
不应当用于评价本申请技术方案的新创性。
技术实现思路
[0005]为解决上述
技术介绍
中提及的至少一种技术问题，本专利技术的目的旨在提供一种用于预测三阴性乳腺癌预后效果的标记基因及其应用，通过整合单细胞和转录组数据，建立一种新型巨噬细胞相关标记基因，能够用于预测TNBC预后效果，可以更精准的预测TNBC患者的病理缓解或进展情况，可依据预测结果更变后续治疗方案，可以显著改善TNBC人群的生存结果。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采取以下技术方案：第一个方面，本专利技术提供了用于预测TNBC预后效果的标记基因，包括CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因或XRCC4基因的至少一种。
[0007]第二个方面，本专利技术提供了用于预测TNBC预后效果的标记基因的应用，所述应用包括：预测TNBC预后效果、构建用于预测TNBC预后效果的风险评分模型、制备用于预测TNBC预后效果的试剂盒中的至少一种。
[0008]第三个方面，本专利技术提供了确定用于预测TNBC预后效果的标记基因的方法，包括：将与TNBC巨噬细胞相关的差异表达转录因子和DEG纳入单变量cox回归分析，获得p≤0.05的基因为潜在标记基因；在训练集中，对回归系数≠0的特征基因进行LASSO分析，在λ最小值=0.0267的情况下，确定标记基因。
[0009]作为对本专利技术技术方案的优化，所述潜在标记基因包括：C12orf60、CTSD、CTSL、ELK4、FCGR2A、FOLR2、HSPA8和XRCC4。
[0010]作为对本专利技术技术方案的优化，确定标记基因包括CTSD、CTSL、ELK4、HSPA8和XRCC4。
[0011]第四个方面，本专利技术提供了用于预测TNBC预后效果的试剂盒，所述试剂盒包含前述所述标记基因。
[0012]第五个方面，本专利技术提供了采用前述所述试剂盒预测TNBC预后效果的方法，包括如下步骤：1)检测获得TNBC患者样本中5个标记基因的基因表达值，所述标记基因包括：CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因和XRCC4基因；2)将步骤1)所得的样本中各基因的基因表达所对应的基因表达值代入下述所述的风险评分模型：每个样本的风险评分=0.8959575100676907*CTSD基因表达值+0.02107000891980921*CTSL基因表达值+(
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0.64413818956012)*ELK4基因表达值+0.307340530719732*HSPA8基因表达值+1.31660312733179*XRCC4基因表达值，依据每个样本的风险评分结果预测对应患者的预后效果。
[0013]作为对本专利技术技术方案的优化，所述样本为肿瘤组织样本。
[0014]作为对本专利技术技术方案的优化，所述依据每个样本的风险评分结果预测对应患者的预后效果具体包括：风险评分>中位风险评分的患者被定义为高风险患者，风险评分≤中位风险评分的患者被定义为低风险患者；与低风险患者相比，高风险患者具有更大的死亡或复发/进展风险；和/或风险评分越高，预测患者治疗后的生存率越高；和/或更高的风险评分预示着患者的组织学分级更高，相应的T、N、M分期和/或病理分期处于更晚期阶段；和/或更高风险评分的患者更易对免疫疗法有反应。
[0015]第六个方面，本专利技术提供了前述所述试剂盒的应用，包括：检测获得TNBC患者样本中5个标记基因的基因表达值，将各基因表达值代入下述风险评分模型：每个样本的风险评分=0.8959575100676907*CTSD基因表达值+0.02107000891980921*CTSL基因表达值+(
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0.64413818956012)*ELK4基因表达值+0.307340530719732*HSPA8基因表达值+1.31660312733179*XRCC4基因表达值，获得每个样本所属患者的风险评分，风险评分>中位风险评分的患者被定义为高风险患者，风险评分≤中位风险评分的患者被定义为低风险患者；与低风险患者相比，高风险患者具有更大的死亡或复发/进展风险；和/或风险评分越高，预测患者治疗后的生存率越高；和/或
更高的风险评分预示着患者的组织学分级更高，相应的T、N、M分期和/或病理分期处于更晚期阶段；和/或更高风险评分的患者更易对免疫疗法有反应。
[0016]依据模型所得的风险评分能够很好地预测患者的一年生存率，对三年生存率的预测及对五年生存率的预测均能够给出一定的参考。此外，更高的风险评分往往预示着患者的组织学分级更高，相应的T、N、M分期和/或病理分期处于更晚期阶段，高危患者(其风险评分更高)更易对免疫疗法有反应，因此前述模型可用于判断患者是否易对免疫疗法有反应，从而可用于免疫疗法患者的前期筛查，更精准性的为患者提供合适的治疗。
[0017]将与TNBC巨噬细胞相关的差异表达转录因子和DEG纳入单变量cox回归分析。结果表明包括C12orf60、CTSD、CTSL、ELK4、FCGR2A、FOLR2、HSPA8和XRCC4等在内的8个基因与TNBC预后显著相关(p≤0.05)。我们将TCGA TNBC样本随机分为训练基或测试集，在训练集队列中，对回归系数≠0的特征基本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.用于预测TNBC预后效果的标记基因，其特征在于：包括CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因或XRCC4基因的至少一种。2.权利要求1所述用于预测TNBC预后效果的标记基因的应用，其特征在于：所述应用包括：预测TNBC预后效果、构建用于预测TNBC预后效果的风险评分模型、制备用于预测TNBC预后效果的试剂盒中的至少一种。3.确定权利要求1所述用于预测TNBC预后效果的标记基因的方法，其特征在于包括：将与TNBC巨噬细胞相关的差异表达转录因子和DEG纳入单变量cox回归分析，获得p≤0.05的基因为潜在标记基因；将TNBC样本随机分为训练集与测试集；在训练集中，对回归系数≠0的特征基因进行LASSO分析，在λ最小值=0.0267的情况下，确定标记基因包括CTSD、CTSL、ELK4、HSPA8和XRCC4。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述潜在标记基因包括：C12orf60、CTSD、CTSL、ELK4、FCGR2A、FOLR2、HSPA8和XRCC4。5.根据权利要求3或4所述的方法，其特征在于：确定标记基因包括CTSD、CTSL、ELK4、HSPA8和XRCC4。6.用于预测TNBC预后效果的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含权利要求1所述标记基因。7.采用权利要求6所述试剂盒预测TNBC预后效果的方法，其特征在于：包括如下步骤：1)检测获得TNBC患者样本中5个标记基因的基因表达值，所述标记基因包括：CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因和XRCC4基因；2)将步骤1)所得的样本中各基因的基因表达所对应的基因表达值代入下述风险评分模型：每个样本的风险评分=0.8959575100676907*CTSD基因表达值+0.02107000891980921*CTSL基因表达值+(
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0.6441381895601...
【专利技术属性】
技术研发人员：黄圆，王晓稼，郑亚兵，王晓炜，
申请(专利权)人：浙江省肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：
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