单细胞转录组数据分析处理方法及电子设备技术

本申请提供一种单细胞转录组数据分析处理方法及电子设备。方法包括：获取经过预处理后的第一数据集，通过CellPhoneDB工具、CellChat工具和Cellcall工具确定第一数据集中细胞间相互作用的强度和配体受体的差异对，以得到表征细胞间通讯的通讯分析结果；在接收到用于细胞类型注释的第二指令时，从工具库中调用预先设置的降维聚类工具，以对第一数据集进行降维聚类，得到聚类后的第二数据集；通过调用工具库中的注释工具，对第二数据集进行细胞类型注释，得到注释结果；基于预设可视化策略，对通讯分析结果、注释结果进行可视化展示。通过整合细胞通讯分析、降维聚类、细胞注释等处理操作，有利于提高数据分析的灵活性，进而有利于提高数据分析的效率。有利于提高数据分析的效率。有利于提高数据分析的效率。

【技术实现步骤摘要】
单细胞转录组数据分析处理方法及电子设备


[0001]本专利技术涉及细胞数据处理
，具体而言，涉及一种单细胞转录组数据分析处理方法及电子设备。

技术介绍

[0002]随着单细胞RNA测序(scRNA
‑
seq)应用的深入和细化，常常需要对复杂器官开展单细胞测序，单纯对几个细胞做测序不再满足科研需求。即，大规模的单细胞RNA测序已经成为分解单个细胞异质性的强有力的方式。目前，虽然已存在大规模单细胞RNA测序的分析平台(如GranatumX、Cellxgene等分析工具)，但是现有的分析平台功能较为单一，数据分析缺乏灵活性，从而影响数据分析的效率。

技术实现思路

[0003]有鉴于此，本申请实施例的目的在于提供一种单细胞转录组数据分析处理方法及电子设备，能够改善细胞数据分析功能较为单一，数据分析缺乏灵活性的问题，有利于提高数据分析的效率。
[0004]为实现上述技术目的，本申请采用的技术方案如下：
[0005]第一方面，本申请实施例提供了一种单细胞转录组数据分析处理方法，所述方法包括：
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种单细胞转录组数据分析处理方法，其特征在于，所述方法包括：获取经过预处理后的第一数据集，其中，所述第一数据集为基于单细胞组学产生的数据集，所述第一数据集中的数据格式包括tsv格式、txt格式、csv格式、RDS格式及HDF5格式；在接收到用于细胞间通讯分析的第一指令时，从工具库中调用预先设置的CellPhoneDB工具、CellChat工具和Cellcall工具，并通过所述CellPhoneDB工具、所述CellChat工具和所述Cellcall工具确定所述第一数据集中细胞间相互作用的强度和配体受体的差异对，以得到表征细胞间通讯的通讯分析结果；在接收到用于细胞类型注释的第二指令时，从所述工具库中调用预先设置的降维聚类工具，以对所述第一数据集进行降维聚类，得到聚类后的第二数据集，其中，所述降维聚类工具包括PCA工具、SC3工具、tSNE工具及UMAP工具；通过调用所述工具库中的注释工具，对所述第二数据集进行细胞类型注释，得到注释结果，其中，所述注释工具包括SingleR工具、基于加权最近邻网络算法的图谱注释工具中的任一种；基于预设可视化策略，对所述通讯分析结果、所述注释结果进行可视化展示。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在获取经过预处理后的第一数据集之前，所述方法还包括：获取所述CellPhoneDB工具、所述CellChat工具和所述Cellcall工具对应的软件包；基于图形用户界面GUI和Shiny，将所述CellPhoneDB工具、所述CellChat工具和所述Cellcall工具对应的软件包添加至预先创建的所述工具库。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在获取经过预处理后的第一数据集之前，所述方法还包括：获取所述PCA工具、所述SC3工具、所述tSNE工具和所述UMAP工具对应的软件包；基于图形用户界面GUI和Shiny，将所述PCA工具、所述SC3工具、所述tSNE工具和所述UMAP工具对应的软件包添加至预先创建的所述工具库。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在接收到用于轨迹预测的第三指令时，通过从所述工具库中调用预先设置的轨迹预测工...

【专利技术属性】
技术研发人员：王峥，
申请(专利权)人：金凤实验室，
类型：发明
国别省市：