本发明专利技术提供了一种基于转录组学结合蛋白组DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒靶基因的预测方法。本发明专利技术包括以下步骤(1)通过转录组数据，揭示奶牛亚急性瘤胃酸中毒的分子机制；(2)蛋白组学DIA数据，分析锶对亚急性瘤胃上皮细胞的影响；(3)转录组学和蛋白组学的关联分析，筛选了锶对奶牛瘤胃酸中毒靶基因的预测。本发明专利技术利用转录组学和蛋白组学技术筛选锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的靶基因，为锶在奶牛代谢性疾病的早期干预及综合防控中的应用奠定理论基础。论基础。论基础。
【技术实现步骤摘要】
一种基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测
[0001]本专利技术属于动物医学领域，特别涉及基于组学分析锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒靶基因的方法。
技术介绍
[0002]公开该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
[0003]亚急性瘤胃酸中毒(Subacute ruminal acidosis，SARA)也称为慢性瘤胃酸中毒或亚临床瘤胃酸中毒，是由于反刍动物长时间采食过量的易发酵碳水化合物而导致大量挥发性脂肪酸在瘤胃内产生并累积，使瘤胃pH在较长时间内保持在较低水平的一种营养代谢疾病。SARA能够影响奶牛的采食量、产奶量、瘤胃消化代谢及瘤胃微生物区系组成，并引发腹泻、瘤胃炎、蹄叶炎以及肝脓肿等疾病，已成为目前现代奶牛、肉牛养殖业中一种多发性代谢疾病。SARA由于临床症状不明显，呈隐性发病。因其能降低奶牛生产性能、降低肉牛品质，给育肥牛产业带来巨大的经济损失，备受世界关注。
[0004]锶(Sr)是人体及动物必需的14种微量元素之一，对人体健康有益，毒性很低，在医学和保健领域有重要实际应用和潜在应用价值。Sr不仅具有预防龋齿、刺激骨生成、治疗骨质疏松，对维持心血管健康同样十分重要，可以预防心血管疾病及动脉粥样硬化等生理作用。Sr也是一种抗炎试剂，可通过抑制促炎性细胞因子肿瘤坏死因子α，白细胞介素(IL)
‑
1β和IL
‑
6的表达发挥抗炎作用。
技术实现思路
[0005]为了解决上述问题，本专利技术提供一种基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测发方法。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]本专利技术的第一个方面，提供了一种基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，包括：
[0008]从NCBI GEO数据获取高精饲料诱导亚急性瘤胃酸中毒的奶牛瘤胃样本的转录组原始数据；
[0009]提取锶处理奶牛瘤胃上皮细胞的总蛋白并进行定量，然后依次酶解、高PH反相分离、EASY
‑
nLC 1200色谱系统的进行质谱数据采集，质谱数据采用Spectronaut进行分析；
[0010]分别对转录组测序和蛋白组学DIA数据进行数据分析，并采用关联分析将转录组中的差异的基因关联到蛋白组中，筛选到锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的调控蛋白和相应的基因，并对基因进行GO和KEGG富集分析，即得。
[0011]本专利技术利用转录组学和蛋白组学分析平台，筛选锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响
的靶基因，为锶在奶牛代谢性疾病的早期干预及综合防控中的应用奠定理论基础。
[0012]本专利技术的第二个方面，提供了一组锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的调控蛋白，所述蛋白包括：
[0013]ENSBTAP00000019984、ENSBTAP00000014559、ENSBTAP00000010347、ENSBTAP00000008060、ENSBTAP00000002717、ENSBTAP00000018459、ENSBTAP00000071553、ENSBTAP00000046739、ENSBTAP00000008367、ENSBTAP00000042544、ENSBTAP00000038979。
[0014]本专利技术的第三个方面，提供了一组锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的调控蛋白的相应基因，所述基因包括：
[0015]ENSBTAG00000015012、ENSBTAG00000010964、ENSBTAG00000007865、
[0016]ENSBTAG00000006122、ENSBTAG00000002103、ENSBTAG00000013900、
[0017]ENSBTAG00000036262、ENSBTAG00000035437、ENSBTAG00000006378、
[0018]ENSBTAG00000031829、ENSBTAG00000027326。
[0019]本专利技术的第四个方面，还提供了上述的调控蛋白和/或上述的基因在锶在奶牛代谢性疾病的早期干预及综合防控中的应用。
[0020]本专利技术的有益效果
[0021](1)本专利技术根据转录组学分析奶牛亚急性瘤胃酸中毒发病的作用机制，根据蛋白组学数据剖析锶对奶牛瘤胃上皮细胞的影响，转录组学和蛋白组学的关联分析，为锶在奶牛代谢性疾病的早期干预及综合防控中的应用奠定理论基础。
[0022](2)本专利技术方法简单、实用性强，易于推广。
附图说明
[0023]构成本专利技术的一部分的说明书附图用来提供对本专利技术的进一步理解，本专利技术的示例性实施例及其说明用于解释本专利技术，并不构成对本专利技术的不当限定。
[0024]图1为转录组学GO富集分析结果；
[0025]图2为转录组学KEGG富集分析结果；
[0026]图3为蛋白组学GO富集分析结果；
[0027]图4为蛋白组学KEGG富集分析结果；
[0028]图5为转录组和蛋白组关联分析Venny图结果；
[0029]图6为转录组和蛋白组关联分析GO富集分析结果；
[0030]图7为转录组和蛋白组关联分析KEGG富集分析结果；
[0031]图8为转录组和蛋白组关联分析的靶点表达水平结果。
具体实施方式
[0032]应该指出，以下详细说明都是示例性的，旨在对本专利技术提供进一步的说明。除非另有指明，本专利技术使用的所有技术和科学术语具有与本专利技术所属
的普通技术人员通常理解的相同含义。
[0033]一种基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测，其特征在于，所述方法包括以下：
[0034](1)转录组数据分析：从NCBI GEO数据获取高精饲料诱导亚急性瘤胃酸中毒的奶
牛瘤胃样本的转录组原始数据，并进行分析。
[0035](2)蛋白组学DIA分析：提取锶处理奶牛瘤胃上皮细胞的总蛋白并用BCA试剂盒定量，然后依次酶解、高PH反相分离、EASY
‑
nLC 1200色谱系统的进行质谱数据采集，质谱数据采用Spectronaut进行分析。
[0036](3)转录组与蛋白组关联分析：分别对转录组测序和蛋白组学DIA数据进行数据分析，以及关联分析，筛选锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的调控蛋白和相应的基因，并对基因进行GO和KEGG富集分析。
[0037]在一些实施例中，所述步骤(1)中所获取的GEO号为GEO数据库编号为GSE82272
[0038]在一些实施例中，所述步骤(1)中所获原始数据的分析方法为GEO2R。
[0039]在一些实施例中，所述步骤(3)中转录组测序结果：对每组三个重复比较值数据进行t...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，其特征在于，包括：从NCBI GEO数据获取高精饲料诱导亚急性瘤胃酸中毒的奶牛瘤胃样本的转录组原始数据；提取锶处理奶牛瘤胃上皮细胞的总蛋白并进行定量，然后依次酶解、高PH反相分离、EASY
‑
nLC 1200色谱系统的进行质谱数据采集，质谱数据采用Spectronaut进行分析；分别对转录组测序和蛋白组学DIA数据进行数据分析，并采用关联分析将转录组中的差异的基因关联到蛋白组中，筛选到锶对奶牛瘤胃酸中毒影响的调控蛋白和相应的基因，并对基因进行GO和KEGG富集分析，即得。2.如权利要求1所述的基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，其特征在于，GEO号为GEO数据库编号为GSE82272；或，所述转录组原始数据的分析方法为GEO2R。3.如权利要求1所述的基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，其特征在于，对所述转录组测序结果进行差异表达分析，包括：对每组三个重复比较值数据进行t
‑
test检验，计算每一比较组的差异倍数FC和差异显著性p
‑
value，然后采取p
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value<0.05的标准筛选差异基因。4.如权利要求3所述的基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，其特征在于，转录组测序结果分析还包括：对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。5.如权利要求1所述的基于转录组学结合蛋白组学DIA研究锶对奶牛亚急性瘤胃酸中毒影响的靶基因预测方法，其特征在于，蛋白组学DIA数据分析包括：对每组三个重复比较值数据进行t
‑
test检验，计算每一比较组的差异倍数FC和差异显著性q
‑
value，然后采取1.5倍差异倍数、q
...
【专利技术属性】
技术研发人员：王建国，谭攀攀，赵晨旭，王亚洲，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：
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