用于对细胞或细胞器进行空间映射和测序的方法技术

本发明专利技术涉及用于使用包含定位序列的阵列确定组织位置的方法，这些定位序列通过配体结合至组织样品。组织切片允许将定位标签分配到包含单个或多个细胞或细胞器，例如约2个至10个细胞的组织区域。通过对这些定位标签的三角测量，可以指定每个细胞或细胞器在组织中的唯一相对位置。一相对位置。一相对位置。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于对细胞或细胞器进行空间映射和测序的方法
[0001]本专利技术涉及一种在组织切片的表面上进行微印刷的解决方案，其允许将定位标签分配到包含单个或多个细胞或细胞器(例如，约2个至10个细胞)的组织区域。

技术介绍

[0002]目前的单细胞测序技术非常强大，因为它们允许例如获取样品中每个细胞的“组学”信息(基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组等)，但是它们需要细胞的解离，从而导致起始样品中每个细胞的定位信息的丢失。因此，本专利技术使得可以使用现有技术(液滴微流控技术、阀门微流控技术、微板、热致动性水凝胶)对组织的细胞单独进行解离、分析和测序(单细胞)，有可能将每个细胞的定位标签和身份标签组合以确定它们在起始样品中的位置。
[0003]事实上，例如在肿瘤学中的主要问题是如何准确地表征肿瘤/微环境相互作用，这既需要获取分子信号也需要获取交换这些信号的细胞的组织内空间定位。这些相互作用可能在肿瘤细胞的存活或死亡中起主要作用。更好地理解这些相互作用将有助于克服在肿瘤系统中发生的适应性机制。
[0004]尽管“组学”技术已经通过使基因组、转录组、表观基因组和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于用定位核酸标记组织样品中的各个细胞或细胞器的方法，所述方法包括：a)提供包含基板和定位核酸的核酸阵列，其中每个定位核酸从5'端至3'端包含：i.第一恒定序列；ii.定位序列，所述定位序列指示所述核酸在所述核酸阵列上的位置；和iii.第二恒定序列；其中所述定位核酸共价或非共价地附接到所述核酸阵列的所述基板；b)使所述核酸阵列与组织样品接触，使得所述定位核酸位于所述核酸阵列与所述组织样品之间的界面处：c)释放所有或部分所述定位核酸，所述定位核酸包含所有或部分所述第一恒定序列、所述定位序列和所有或部分所述第二恒定序列，或与其互补的核酸；d)将所释放的包含所述定位序列或其互补序列的核酸通过结合至所述组织样品中的细胞或细胞器的一个或多个受体的配体与所述组织样品的细胞或细胞器结合；e)解离所述组织样品并回收个体化细胞或细胞器，其中所述个体化细胞或细胞器的至少一个亚群用包含所述定位序列或其互补序列的所述核酸标记。2.一种用于用定位核酸标记组织样品中的各个细胞或细胞器的方法，所述方法包括：a)提供包含基板和定位核酸的核酸阵列，其中每个定位核酸从所述5'端至所述3'端包含：iv.第一恒定序列；v.定位序列，所述定位序列指示所述核酸在所述核酸阵列上的位置；和vi.第二恒定序列；其中所述定位核酸共价或非共价地附接到所述核酸阵列的所述基板；b)使所述核酸阵列与聚合物印模接触，使得所述定位核酸位于所述核酸阵列与所述聚合物印模之间的界面处；c)释放所有或部分所述定位核酸，所述定位核酸包含所有或部分所述第一恒定序列、所述定位序列和所有或部分所述第二恒定序列，或与其互补的核酸；d)使所述聚合物印模与组织样品接触：e)将所释放的包含所述定位序列或其互补序列的核酸通过结合至所述组织样品中的细胞或细胞器的一个或多个受体的配体与所述组织样品的细胞或细胞器结合；f)解离所述组织样品并回收个体化细胞或细胞器，其中所述个体化细胞或细胞器的至少一个亚群用包含所述定位序列或其互补序列的所述核酸标记。3.一种用于用定位核酸标记组织样品中的各个细胞或细胞器的方法，所述方法包括：A)提供包含基板和定位核酸的核酸阵列，其中每个定位核酸从所述5'端至所述3'端包含：i.第一(5')恒定序列；ii.定位序列，所述定位序列指示所述核酸在所述核酸阵列上的位置；和iii.第二(3')恒定序列；其中所述定位核酸共价或非共价地附接到所述核酸阵列的所述基板；B)提供用配体标记的组织样品，所述配体结合至所述组织样品中的细胞或细胞器的一个或多个受体，其中所述配体共价或非共价地附接到捕获核酸，所述捕获核酸在其3'端包
含与所有或部分所述第二(3')恒定序列互补的序列；C)使所述核酸阵列与所述组织样品接触，使得所述定位核酸位于所述核酸阵列与所述组织样品之间的所述界面处；D)将所述定位核酸和捕获核酸杂交，并通过聚合作用延伸捕获核酸的所述3'端，从而合成与所述定位核酸互补的序列；E)释放所有或部分所述定位核酸，所述定位核酸包含所有或部分所述第一(5')恒定序列、所述定位序列和所有或部分所述第二(3')恒定序列；F)解离所述组织样品并回收个体化细胞或细胞器，其中所述个体化细胞或细胞器的至少一个亚群用包含与所述定位序列互补的序列的所述捕获核酸标记。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述配体结合至在所述细胞的表面处或内部的一个或多个受体，或者结合至在所述细胞的细胞器的表面处或内部的一个或多个受体。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述定位核酸的所述5'端或所述3'端任选地通过间隔区序列和/或接头共价或非共价地附接到所述核酸阵列的所述基板。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述配体所结合的所述细胞或所述细胞的任何细胞器的表面处或内部的所述一个或多个受体遍在存在于所述组织样品中所有或大部分所述细胞或所述细胞的任何细胞器的表面处或内部。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述定位核酸在所述核酸阵列的表面处形成斑点，并且同一斑点的所有定位核酸都包含特异于一个或多个斑点的相同定位序列。8.一种对组织样品的各个细胞或细胞器进行映射和测序的方法，所述方法包括：a)提供用核酸标记的个体化细胞，所述核酸包含可通过根据权利要求1至6中任一项所述的方法获得的定位序列；b)将用包含所述定位序列的所述核酸标记的所述个体化细胞或细胞器捕集在区室中，其中所述区室包含区室特异性核酸以及用于核酸标记和进一步测序的以下序列中的一种或任何组合：杂交位点、连接位点或重组位点；c)任选地使用光学检测分析所捕获的细胞、细胞器和/或它们分泌的分子；d)任选地，裂解所捕集的细胞，或细胞和细胞器，从而在所述区室中从所述细胞或细胞器释放核酸；e)将所述区室特异性序列与在所述区室中从所述细胞或细胞器释放的所述核酸和包含所述定位序列的所述核酸缔合；f)从所述区室中回收步骤e)产生的所述核酸并对所回收的核酸进行测序；以及g)将包含相同区室特异性序列的核酸定义为源自相同的单细胞，并基于一部分包含所述区室特异性序列的所述核酸中所含的所述定位序列映射所述单细胞最初在所述组织样品上的位置，从而组合所述组织样品的所述各个细胞的映射和测序信息；h)任选地，将所述测序信息映射回在解离前拍摄的来自所述组织的显微镜检查任选地荧光显微镜检查的图像上。9.根据权利要求8所述的进行映射和测序的方法，其中所述区室是液滴、由气动阀隔开的微制造腔室、微制造孔、可致动水凝胶笼状物或微板孔。
10.根据权利要求8或9所述的进行映射和测序的方法，其中所述区室是微流体设备的区室，所述微流体设备包括：
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第一壁(12)，所述第一壁包括第一基板(14)，多个封闭图案(16)接枝在所述第一基板上，
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第二壁(18)，所述第二壁面向所述第一壁(12)并...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：巴黎市工业物理化学学院国家科学研究中心，
类型：发明
国别省市：