用于构建和执行色谱工作流的方法、介质和系统技术方案

示例性实施方案提供了用于构建和执行色谱工作流的方法、介质和系统。根据本文所述的技术，该工作流的步骤可以按顺序布置并由门和/或转变分开。转变可以表示工作流中的位置，在该位置处，工作流中数据的责任或管理从一个用户传递到不同用户。步骤可以被表示为页面，其中由多个不同页面表示的步骤中的至少一些步骤表示用于可视化、步骤的配置等的不同定制选项。通过选择用于各个步骤的页面并将步骤中的至少一些步骤与转变相连接，用户可以非常快速且高效地构建工作流。所得工作流支持改进的审计，强行实施访问权限，以及改进工作流可视化等优点。化等优点。化等优点。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于构建和执行色谱工作流的方法、介质和系统
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年12月18日提交的美国临时专利申请63/127,609号的权益。该申请的全部公开内容据此以引用方式并入本文。

技术介绍

[0003]色谱法是指通过使混合物以溶液、悬浮液形式或作为蒸气通过其中混合物的组分以不同速率移动的介质来分离混合物。然后可分析组分以鉴定组分的存在、量、浓度或其他特性。色谱法包括许多不同的技术，诸如质谱(MS)、液相色谱质谱(LCMS)和许多其他技术。

技术实现思路

[0004]示例性实施方案涉及构建和控制用于分析来自色谱实验的数据的工作流的技术。示例性实施方案可以采取计算机实现的方法、存储在非暂态计算机可读介质上的指令、计算设备等的形式。除非另有说明，否则预期所描述的实施方案可单独使用以便实现下文所述的个别优点，或者可以任何组合一起应用以实现协同结果。
[0005]根据第一实施方案，一种系统可以接收生成用于分析色谱实验结果的工作流的指令。该工作流可以包括多个有序步骤，其中一个步骤包括对来自实验的原始数据(或轻度处理的数据，诸如已经被处理以满足工作流的初始要求的数据)或由前一步骤产生的处理数据进行操作的计算。每个步骤可以基于此步骤的设置来执行与共同色谱分析任务相关联的一组计算，并且生成输出。各步骤可以基于正在执行的色谱任务来分离，并且可以仅生成足够的数据以执行该任务。执行不同任务的后续步骤可以依赖于来自先前步骤的输出。
[0006]该步骤可以提供该步骤的输出的可视化；例如，从色谱实验获取原始质谱读数并识别数据中的峰值的“积分”步骤可以输出峰值列表，该峰值列表可以叠加到质谱读数的图上。积分步骤可以生成具有识别的峰值和/或叠加的峰值数据的原始质谱数据的可视化。“积分”步骤仅是在色谱数据分析中通常执行的步骤的一个示例。步骤的其他示例包括检查采集步骤、检查输入步骤、识别组分步骤、校准步骤、系统适应性步骤以及审阅结果步骤等等。本领域普通技术人员将理解在色谱分析中通常执行的每个步骤通常需要什么，以及上面未列举的其他步骤可以基于具体情况而包括什么。
[0007]在一些实施方案中，几个色谱步骤可以一起组合成工作流中的单个“步骤”数据结构，特别是当两个色谱步骤由同一分析者或审阅者执行时。
[0008]每个步骤可以与一个或多个页面相关联，其中每个页面可以表示该步骤的变化。页面可以提供步骤的配置，这些不同页面提供执行步骤和/或可视化来自步骤的输出数据的不同方式。例如，与“积分”步骤相关联的第一页面可能在数据可视化上显示峰值表，而第二页面可能隐藏该峰值表。用户可以从可用页面中进行选择以配置执行或呈现该步骤的方式。
[0009]该系统可以呈现用户界面，该用户界面显示可被包括在(或已经被包括在)工作流中的步骤。该系统可以经由用户界面接收对要编辑的步骤的选择。响应于接收到该选择，该
系统可以呈现显示所选步骤的可用页面以及该页面可用的任何配置选项的用户界面。该系统可以经由用户界面接收对该页面的选择和/或该页面的配置选项，并且可以将配置的页面与工作流中的步骤相关联。
[0010]该系统可以自动地或响应于用户选择而将转变插入到工作流中。该转变可以表示从当前步骤到下一步骤的数据保管权的改变。例如，当前步骤可以被配置为由第一用户执行，并且下一步骤可以被配置为由不同于第一用户的第二用户执行。
[0011]在每个级之间可以存在阶跃边界。一些阶跃边界可以是非门控的，因为它们不需要用户确认它们希望从一个级移动到下一级。其他阶跃边界可以是门控的，因为它们需要此类确认，或者诸如凭证或在级之间移动的原因之类的更多事物。可以仅在一些阶跃边界处或者在每个阶跃边界处存在转变。
[0012]在该实施方案中，转变标记了工作流的一部分中的一个或多个步骤与工作流的另一部分中的一个或多个步骤之间的分离。转变允许消费应用程序(例如，实现工作流的分析程序)跟踪用户当前正在查看/实现哪个(些)步骤。它还允许程序向前/向后查看后续/先前转变，使得应用程序可以高效地选择要在工作流的导航面板中显示的步骤。在一些实施方案中，实现工作流的应用程序可以基于工作流中的转变而从工作流构建器仅请求有限数目的步骤(例如，仅前一转变与下一转变之间的步骤，或有限数目的在前一转变之前/在下一转变之后的步骤)。如果应用程序请求工作流中的所有步骤(不考虑转变以及用户当前在工作流中的位置)，则应用程序必须跟踪分析在工作流中发生的位置，这可使应用程序的解析逻辑复杂化。
[0013]转变允许应用程序跟踪负责每个步骤的用户，并且当在由不同用户控制的步骤之间移动以进行审计跟踪时简化签名的收集。它还分离了属于不同用户的步骤，从而允许简化的访问控制，使得用户不能访问他们未被授权执行的步骤。
[0014]根据第二实施方案，该步骤可以由数据结构定义，并且该转变由相同的数据结构定义为特定种类的步骤。换句话说，转变可以仅仅是步骤的特殊情况。这种改进用于使数据模型变平(例如，需要更少的数据结构，因为工作流可以简单地表示为一系列步骤，而不是步骤和单独的转变)。因此，工作流构建器不需要做出关于工作流将如何在特定系统上可视化的假设；这使得工作流更通用并且允许容易地扩展到不同的应用程序。这还允许使转变(被正在构建工作流的最终用户以及负责工作流构建器程序的工程师两者)更容易理解的更清洁的实现。因此，更容易维护工作流构建器代码。
[0015]根据第三实施方案，步骤可以被组织成一个或多个序列，并且每个序列可以被配置为具有到工作流中的下一序列、到工作流的前一序列、或到工作流的末尾的转变。这表示第二实施方案的替代组织，因为转变不是工作流中的单独元素(步骤)，而是被定义为序列的一部分。如在第二实施方案中那样，转变保持可定制和可扩展。该实施方案还允许灵活地查询工作流：例如，用户可以请求完整的工作流或工作流内的特定序列。它还允许将逻辑构建到工作流本身中，这可以简化构建到可视化或执行工作流的应用程序中的逻辑；例如，序列可以被编码为“审阅”序列，这可以简化构建到应用程序中的跟踪逻辑，该跟踪逻辑确定是否允许从一个序列到另一个序列的转变。然而，与第二实施方案相比，与转变相关联的任何动作(例如，从一个序列到另一个序列的签字)可能需要保持相对简单，因为转变的设计需要适应步骤的整个序列。
[0016]根据第四实施方案，工作流构建器可以识别多个步骤的子集的预定义排序，并且可以在生成工作流时强行实施预定义排序。某些步骤可能需要以指定顺序执行，因为可能需要一个步骤的结果以便准确地执行后续步骤。色谱数据分析的一个示例是包括“积分”、“识别”、“校准”和“审阅”步骤的一系列步骤。尽管可以在这些步骤之间插入其他步骤，但是需要对质谱进行积分以便在系统可以识别与那些峰相关联的混合物组分之前确定这些峰在数据中的位置。在识别混合物组分之后，可以识别混合物组分内的校准组分。在基于校准组分校准数据之后，可以审阅实验的最终结果。以不同的顺序执行这些步骤将是不合适的，因此当用户设计工作流时，工作流构建器可以本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，包括：接收生成用于分析色谱实验结果的工作流的指令，其中：所述工作流包括多个步骤，每个步骤与一个或多个页面相关联，并且每个页面表示所述步骤的变化；经由用户界面接收对要编辑的步骤的选择；经由所述用户界面接收对所选步骤的页面的选择；以及向所述工作流添加转变，所述转变表示从所述多个步骤中的当前步骤到所述多个步骤中的下一步骤的数据保管权的改变，其中所述当前步骤被配置为由第一用户执行，并且所述下一步骤被配置为由不同于所述第一用户的第二用户执行。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述步骤由数据结构定义，并且所述转变由相同数据结构定义为特定种类的步骤。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述步骤被组织成一个或多个序列，并且每个序列被配置为具有到所述工作流中的下一序列、到所述工作流的前一序列、或到所述工作流的末尾的转变。4.根据权利要求1所述的方法，还包括：识别所述多个步骤的子集的预定义排序；以及当生成所述工作流时强行实施所述预定义排序。5.根据权利要求1所述的方法，还包括执行所述工作流，所述执行包括：识别执行所述当前步骤的所述第一用户；将所述第一用户记录在审计日志中；到达所述转变处；识别负责执行所述第二步骤的所述第二用户；将所述工作流的控制从所述第一用户移交给所述第二用户；以及将所述第二用户记录在所述审计日志中。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述第一用户和所述第二用户各自与用户简档相关联，并且识别所述第二用户包括在与所述第二用户相关联的简档中识别所述第二用户具有针对所述第二步骤的访问权限。7.根据权利要求1所述的方法，其中：所述多个步骤的第一子集与处理模板相关联，所述处理模板针对每个步骤定义一个或多个可定制的可视化页面；并且所述多个步骤的第二子集与审阅模板相关联，所述审阅模板指定由所述多个步骤的所述第一子集生成的数据的审阅者要采取的一个或多个动作。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述页面中的至少一个页面与可视化元素相关联，所述可视化元素被配置为在用户界面上显示与对应于所述页面的步骤相关联的数据，并且所述方法还包括接收用于所述可视化元素的配置，所述配置控制所述可视化元素如何显示所述数据。9.根据权利要求8所述的方法，其中接收所述配置包括：识别与所述页面相关联的多个预定义显示格式；以及
接收对所述预定义显示格式中的一个预定义显示格式的选择。10.根据权利要求1所述的方法，还包括执行所述工作流，所述执行包括：在所述多个步骤中的第一步骤处接收在所述色谱实验期间采集的原始数据流，所述原始数据流被存储在原始数据存储库中；在所述第一步骤处生成从处理所述原始数据导出的元数据；以及将所述元数据存储在与所述原始数据流不同的元数据目录中，所述元数据目录被存储在与所述原始数据存储库不同的文档存储库中。11.根据权利要求1所述的方法，还包括执行所述工作流，所述执行包括：接收所述工作流中从所述多个步骤中的一个步骤移动到所述多个步骤中的另一个步骤的指令；将所述移动记录在审计日志中。12.根据权利要求11所述的方法，其中在所述工作流中，所述多个步骤中的所述另一个步骤在所述多个步骤中的所述一个步骤之前，并且所述方法还包括：提示发起所述移动的用户输入返回到所述多个步骤中的所述另一个步骤的原因；以及将所述原因记录在所述审计日志中。13.根据权利要求11所述的方法，其中所述用户在所述多个步骤中的所述另一个步骤处对设置做出改变，并且所述方法还包括：提示发起所述移动的所述用户输入改变所述设置的原因；以及将所述原因记录在所述审计日志中。14.一种非暂态计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质包括指令，所述指令在被计算机执行时使得所述计算机执行以下操作：接收生成用于分析色谱实验结果的工作流的指令，其中：所述工作流包括多个步骤，每个步骤与一个或多个页面相关联，并且每个页面表示所述步骤的变化；经由用户界面接收对要编辑的步骤的选择；经由所述用户界面接收对所选步骤的页面的选择；以及向所述工作流添加转变，所述转变表示从所述多个步骤中的当前步骤到所述多个步骤中的下一步骤的数据保管权的改变，其中所述当前步骤被配置为由第一用户执行，并且所述下一步骤被配置为由不同于所述第一用户的第二用户执行。15.根据权利要求14所述的计算机可读存储介质，其中所述步骤由数据结构定义，并且所述转变由相同数据结构定义为特定种类的步骤。16.根据权利要求14所述的计算机可读存储介质，其中所述步骤被组织成一个或多个序列，并且每个序列被配置为具有到所述工作流中的下一序列、到所述工作流的前一序列、或到所述工作流的末尾的转变。17.根据权利要求14所述的计算机可读存储介质，其中所述指令还将所述计算机配置为：识别所述多个步骤的子集的预定义排序；以及当生成所述工作流时强行实施所述预定义排序。
18.根据权利要求14所述的计算机可读存储介质，其中所述指令还将所述计算机配置为执行所述工作流，所述执行包括：识别执行所述当前步骤的所述第一用户；将所述第一用户记录在审计日志中；到达所述转变处；识别负责执行所述第二步骤的所述第二用户；将所述工作流的控制从所述第一用户移交给所述第二用户；以及将所述第二用户记录在所述审计日志中。19.根据权利要求18所述的计算机可读存储介质，其中所述第一用户和所述第二用户各自与用户简档相关联，并且识别所述第二用户包括在与所述第二用户相关联的简档中识别所述第二用户具有针对所述第二步骤的访问权限。20.根据权利要求14所述的计算机可读存储介质，其中：所述多个步骤的第一子集与处理模板相关联，所述处理模板针对每个步骤定义一个或多个可定制的可视化页面；并且所述多个步骤的第二子集与审阅模板相关联，所述审阅模板指定由所述多个步骤的所述第一子集生成的数据的审阅者要采取的一个或多个动作。21.根据权利要求14所述的计算机...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：沃特世科技爱尔兰有限公司，
类型：发明
国别省市：