【技术实现步骤摘要】
利用PPR基序的DNA结合性蛋白质及其应用
[0001]本申请是申请号为201480035686.6(国际申请号为PCT/JP2014/061329)、中国国家阶段进入日为2015年12月22日(国际申请日为2014年4月22日)、专利技术名称为“利用PPR基序的DNA结合性蛋白质及其应用”的中国专利技术专利申请的分案申请。
[0002]本专利技术涉及能够与目标DNA碱基或DNA序列选择性或特异性结合的蛋白质。本专利技术中利用了三角状五肽重复序列(pentatricopeptide repeat,PPR)基序。本专利技术可用于DNA结合性蛋白质的鉴定、设计、具有PPR基序的蛋白质的靶标DNA的鉴定、DNA的功能调控。本专利技术在医疗领域、农学领域等中有用。另外,本专利技术涉及利用了含有PPR基序的蛋白质与规定功能性区域的蛋白质的复合体的新的DNA切割酶。
技术介绍
[0003]近年来,使用通过各种分析得以明确的核酸结合性蛋白质因子与目标序列结合的技术已被确立并得到了应用。通过利用该序列特异性的结合,能够进行作为靶标的核酸(DNA或RNA)的细胞内定位分析、作为靶标的DNA序列的去除、或其下游存在的蛋白质编码基因的表达调控(活化或失活)。
[0004]已经进行了将作为作用于DNA的蛋白质性因子的锌指蛋白(非专利文献1、非专利文献2)、TAL效应因子(TALE、非专利文献3、专利文献1)、CRISPR(非专利文献4、非专利文献5)作为蛋白质工程材料的研究和开发,但这样的蛋白质性因子的种类仍然非常有
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种制造由蛋白质构成的区域与功能性区域连结而成的复合体的方法,其包括设计下述与DNA碱基或具有特定碱基序列的DNA结合的蛋白质的步骤,使所述蛋白质含有1个以上的具有下述式1的结构的PPR基序,(螺旋A)
‑
X
‑
(螺旋B)
‑
L
ꢀꢀꢀ
(式1)式1中:螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分;X不存在或者为由长度1个~9个的氨基酸构成的部分;螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分;并且L为由长度2个~7个的氨基酸构成的部分;蛋白质中含有的一个PPR基序(M
n
)为下述的PPR基序:在将螺旋A的起始氨基酸作为第1氨基酸、将第4位的氨基酸作为第4氨基酸、并且将下述氨基酸作为第“ii”(
‑
2)氨基酸时,所述第“ii”(
‑
2)氨基酸为:
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧连续存在下一个PPR基序(M
n+1
)时(在PPR基序间无氨基酸插入时),从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第
‑
2位氨基酸;
·
在PPR基序(M
n
)与其C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现1~20个氨基酸的非PPR基序时,从下一个PPR基序(M
n+1
)的第1氨基酸起向上游侧数2位、即第
‑
2位氨基酸;或者
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧未发现下一个PPR基序(M
n+1
)时、或者在与C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现21个氨基酸以上的构成非PPR基序的氨基酸的情况下,从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第2位氨基酸,使第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸的组合与下述中的任一者相对应,(2
‑
1)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
2)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
3)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
4)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
5)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、丝氨酸时,该PPR基序与A选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
6)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
7)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
8)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
9)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、
亮氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
10)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、赖氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
11)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
12)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
13)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
14)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、任意的氨基酸时,该PPR基序与C和T选择性地结合;(2
‑
15)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
16)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
17)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为甘氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
18)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
19)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苏氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
20)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
21)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
22)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
23)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
24)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为丝氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
25)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
26)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、丝氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
27)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、丝氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
28)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、苏氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;
(2
‑
29)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、苏氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
30)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、色氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合,其次与T结合;(2
‑
31)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、色氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
32)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
33)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
34)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
35)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
36)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A和G选择性地结合;(2
‑
37)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
38)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、丝氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
39)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、丝氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
40)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A和G选择性地结合;(2
‑
41)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
42)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
43)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
44)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
45)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
46)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
47)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A、C和T结合,但不与G结合;(2
‑
48)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、缬氨
酸、天冬氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合,其次与A结合;(2
‑
49)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、甘氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
50)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、苏氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合。2.如权利要求1所述的方法,其中,PPR基序选自下述PPR基序:由序列号1的氨基酸序列构成的p63蛋白质所具有9个PPR基序、由序列号2的氨基酸序列构成的GUN1蛋白质所具有11个PPR基序、由序列号3的氨基酸序列构成的pTac2蛋白质所具有15个PPR基序、由序列号4的氨基酸序列构成的DG1蛋白质所具有10个PPR基序、和由序列号5的氨基酸序列构成的蛋白质所具有11个PPR基序。3.如权利要求1或2所述的方法,其中,功能性区域为DNA切割酶或其核酸酶结构域、或者转录活性结构域。4.如权利要求3所述的方法,其中,DNA切割酶为序列号6所示的FokI的核酸酶结构域。5.一种对细胞的遗传物质进行改造的方法(其中不包括在动物个体中的实施),其包括下述步骤:准备由蛋白质构成的区域与功能性区域连结而成的复合体;准备含有具有靶标序列的DNA的细胞;并且将复合体导入到细胞中,由此复合体的由蛋白质构成的区域与具有靶标序列的DNA结合,因此功能性区域对具有靶标序列的DNA进行改造,此时,准备复合体的步骤包括设计下述蛋白质的步骤,在设计蛋白质的步骤中,使蛋白质含有1个以上的具有下述式1的结构的PPR基序,(螺旋A)
‑
X
‑
(螺旋B)
‑
L(式1)式1中:螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分;X不存在或者为由长度1个~9个的氨基酸构成的部分;螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分;并且L为由长度2个~7个的氨基酸构成的部分;蛋白质中含有的一个PPR基序(M
n
)为下述的PPR基序:在将螺旋A的起始氨基酸作为第1氨基酸、将第4位的氨基酸作为第4氨基酸、并且将下述氨基酸作为第“ii”(
‑
2)氨基酸时,所述第“ii”(
‑
2)氨基酸为:
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧连续存在下一个PPR基序(M
n+1
)时(在PPR基序间无氨基酸插入时),从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第
‑
2位氨基酸;
·
在PPR基序(M
n
)与其C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现1~20个氨基酸的非PPR基序时,从下一个PPR基序(M
n+1
)的第1氨基酸起向上游侧数2位、即第
‑
2位氨基酸;或者
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧未发现下一个PPR基序(M
n+1
)时、或者在与C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现21个氨基酸以上的构成非PPR基序的氨基酸的情况下,从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第2位氨基酸,使第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸的组合与下述中的任一者
相对应,(2
‑
1)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
2)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
3)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
4)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
5)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、丝氨酸时,该PPR基序与A选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
6)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
7)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
8)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
9)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
10)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、赖氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
11)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
12)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
13)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
14)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、任意的氨基酸时,该PPR基序与C和T选择性地结合;(2
‑
15)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
16)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
17)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为甘氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
18)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
19)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苏氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;
(2
‑
20)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
21)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
22)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
23)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
24)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为丝氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
25)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
26)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、丝氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
27)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、丝氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
28)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、苏氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
29)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、苏氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
30)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、色氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合,其次与T结合;(2
‑
31)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、色氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
32)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
33)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
34)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
35)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
36)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A和G选择性地结合;(2
‑
37)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
38)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、丝氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
39)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、丝氨
酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
40)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A和G选择性地结合;(2
‑
41)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
42)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
43)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
44)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
45)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
46)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
47)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与A、C和T结合,但不与G结合;(2
‑
48)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、缬氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合,其次与A结合;(2
‑
49)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、甘氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
50)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、苏氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合。6.如权利要求5所述的方法,其中,PPR基序选自下述PPR基序:由序列号1的氨基酸序列构成的p63蛋白质所具有9个PPR基序、由序列号2的氨基酸序列构成的GUN1蛋白质所具有11个PPR基序、由序列号3的氨基酸序列构成的pTac2蛋白质所具有15个PPR基序、由序列号4的氨基酸序列构成的DG1蛋白质所具有10个PPR基序、和由序列号5的氨基酸序列构成的蛋白质所具有11个PPR基序。7.一种基因组的编辑方法(其中不包括在动物个体中的实施),其通过下述设计步骤设计蛋白质,并使用由所设计的蛋白质构成的区域与功能性区域连结而成的复合体,在设计蛋白质的步骤中,使蛋白质含有1个以上的具有下述式1的结构的PPR基序,(螺旋A)
‑
X
‑
(螺旋B)
‑
L
ꢀꢀꢀꢀ
(式1)式1中:螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分;X不存在或者为由长度1个~9个的氨基酸构成的部分;螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分;并且L为由长度2个~7个的氨基酸构成的部分;蛋白质中含有的一个PPR基序(M
n
)为下述的PPR基序:
在将螺旋A的起始氨基酸作为第1氨基酸、将第4位的氨基酸作为第4氨基酸、并且将下述氨基酸作为第“ii”(
‑
2)氨基酸时,所述第“ii”(
‑
2)氨基酸为:
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧连续存在下一个PPR基序(M
n+1
)时(在PPR基序间无氨基酸插入时),从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第
‑
2位氨基酸;
·
在PPR基序(M
n
)与其C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现1~20个氨基酸的非PPR基序时,从下一个PPR基序(M
n+1
)的第1氨基酸起向上游侧数2位、即第
‑
2位氨基酸;或者
·
在PPR基序(M
n
)的C末端侧未发现下一个PPR基序(M
n+1
)时、或者在与C末端侧的下一个PPR基序(M
n+1
)之间发现21个氨基酸以上的构成非PPR基序的氨基酸的情况下,从构成PPR基序(M
n
)的氨基酸的最后位(C末端侧)起的第2位氨基酸,使第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸的组合与下述中的任一者相对应,(2
‑
1)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
2)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与G选择性地结合;(2
‑
3)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
4)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与A选择性地结合;(2
‑
5)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、丝氨酸时,该PPR基序与A选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
6)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
7)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、天冬酰胺时,该PPR基序与T选择性地结合,其次与C结合;(2
‑
8)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T和C选择性地结合;(2
‑
9)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、天冬氨酸时,该PPR基序与C选择性地结合;(2
‑
10)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、赖氨酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
11)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、任意的氨基酸时,该PPR基序与T选择性地结合;(2
‑
12)第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”(
‑
2)氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时...
【专利技术属性】
技术研发人员:山本卓,佐久间哲史,中村崇裕,八木祐介,大川恭行,
申请(专利权)人:国立大学法人广岛大学,
类型:发明
国别省市:
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