一种鉴定水芹品种的SSR引物组及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种鉴定水芹品种的SSR引物组及其应用，所述SSR引物组由Oj

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定水芹品种的SSR引物组及其应用


[0001]本专利技术属于水芹品种鉴定
，具体涉及一种鉴定水芹品种的SSR引物组及其应用。

技术介绍

[0002]水芹(Oenanthe javanica(Blume)DC)是伞形科多年生草本植物，茎直立或基部匍匐，以其嫩茎和叶柄供食用，作炒菜或凉拌，风味鲜美清香，水芹富含维生素、碳水化合物、钙、磷、铁等多种营养元素，并且具有抗癌、抗衰老、抗炎等多种药用功效。在我国，水芹作为一种特色水生蔬菜，具有丰富的营养价值和独特的风味，深受广大消费者喜爱。水芹在中国的大部分地区都有分布，尤其是在江浙沪沿水一带，极易发现水芹的存在，河流分布较广，地理位置的独特，导致水芹品种交杂，不断繁殖扩增。水芹种质资源十分丰富，大多以产地命名，但品种差异较大，目前有关水芹的研究主要集中在栽培技术、净化水体、药理活性及功能研究，而有关水芹种质资源的分类研究较少，关于水芹种质资源的分类研究中，其存在的问题在于：通过常规手段，即依靠形态对比和观察鉴定分辨是很难对水芹进行准确鉴定的，无法对水芹进行准确区分，在水芹育种种植过程中会给育种者带来极大的困难。
[0003]因此，开发一种快速准确检测水芹品种的方法，用于水芹资源遗传多样性分析，这对于水芹种质资源的鉴定保护、有效利用和创新具有十分重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的就在于为了解决上述问题而提供一种鉴定水芹品种的SSR引物组及其应用，旨在解决现有技术中多是通过常规手段，即依靠形态对比和观察鉴定分辨，很难对水芹的品种进行准确鉴定，无法对水芹品种进行准确区分，在水芹育种种植过程中会给育种者带来极大的困难。
[0005]本专利技术通过以下技术方案来实现上述目的：
[0006]一种鉴定水芹品种的SSR引物组，所述SSR引物组由Oj
‑
084、Oj
‑
112、Oj
‑
156三对引物构成；
[0007]所述Oj
‑
084的序列为：
[0008]SEQ ID NO.1：正向引物：GCCTGGAGAGGTGTGCTC；
[0009]SEQ ID NO.2：反向引物：GGCAAACTGGCCGAATGC；
[0010]所述Oj
‑
112的序列为：
[0011]SEQ ID NO.3：正向引物：TGTGTCTGGGTGTGAGAGTG；
[0012]SEQ ID NO.4：反向引物：AGTGGAAGCTGATACGCGG；
[0013]所述Oj
‑
156的序列为：
[0014]SEQ ID NO.5：正向引物：TGCCGGTGACTTTCGAGG；
[0015]SEQ ID NO.6：反向引物：CGAGGGTATAATTGCTCCTGC。
[0016]一种SSR引物组在水芹育种中的应用，所述水芹育种包括水芹品种的鉴定和水芹
种质资源的分类。
[0017]作为本专利技术的进一步优化方案，所述水芹品种包括玉祁红芹、春晖、秋芹1号、扬州长白芹、伏芹1号和鄂水芹1号。
[0018]一种利用SSR引物组进行鉴定水芹品种的方法，包括以下步骤：
[0019](1)提取待鉴定的水芹品种的DNA样品；
[0020](2)以步骤(1)提取的DNA样品为模版，采用所述SSR引物组分别对DNA样品进行PCR扩增，获得PCR产物；
[0021](3)将步骤(2)所获得的PCR产物用琼脂糖凝胶电泳检测条带，读取琼脂糖凝胶数据，统计获得各水芹品种的带型，通过比较带型将水芹品种区分开。
[0022]作为本专利技术的进一步优化方案，在步骤(2)中，PCR扩增采用20μL的反应体系，总体积20μL，包括10μL的2
×
PCR Mix，1μL的正向引物，1μL的反向引物，1μL的稀释好的DNA工作液，7μL的ddH2O。
[0023]作为本专利技术的进一步优化方案，在步骤(2)中，PCR反应条件如下：94℃，3min；94℃，30s；55℃，30s；72℃，6s；30个循环；72℃，10min；4℃保存。
[0024]本专利技术的有益效果在于：
[0025]1)本专利技术提供的SSR引物组特异性强，多态性高且分辨率好，能够快速对水芹品种进行鉴定与分析，可用三对引物将目前不同已知水芹品种完全区分开，还可以对从不同地区取样的水芹材料完全区分开，经分析计算可获得该不同地区的水芹材料与目前已知水芹品种的亲缘关系；
[0026]2)本专利技术利用引物组对品种鉴定技术具有取材方便、鉴定技术简便快速、结果高度准确稳定的特点，本专利技术可对幼苗或成年植株的叶、茎等组织或器官的基因组DNA进行检测，取样不受季节、地点限制，在取材方便上具有明显的优势；
[0027]3)本专利技术利用SSR引物组进行鉴定水芹品种具有周期短，耗力小，节约资源等特点，本专利技术利用琼脂糖凝胶电泳检测技术，该技术简便快捷，易于操作；
[0028]4)本专利技术可用于水芹品种的鉴定，为水芹种质资源库创建奠定基础。
附图说明
[0029]图1是本专利技术的PCR扩增产物的琼脂糖电泳图。
[0030]图2是本专利技术的24个水芹材料聚类分析图。
具体实施方式
[0031]下面结合附图对本申请作进一步详细描述，有必要在此指出的是，以下具体实施方式只用于对本申请进行进一步的说明，不能理解为对本申请保护范围的限制，该领域的技术人员可以根据上述申请内容对本申请作出一些非本质的改进和调整。
[0032]1、材料
[0033]本实施例所用方法如无特别说明均为本领域的技术人员所知晓的常规方法，所用的试剂等材料，如无特别说明，均为市售购买产品。
[0034]2、方法
[0035]2.1、鉴定水芹品种的SSR引物组的获得
[0036]2.1.1、SSR位点搜索
[0037]利用TBtools中SSRminer对水芹全基因组序列进行SSR位点搜索；SSR位点搜索标准为：1(18)、2(10)、3(6)、4(5)、5(5)、6(5)，且2个SSR位点之间的最小距离为100bp，所述水芹为溧阳白芹，溧阳白芹基因组序列由南京农业大学熊爱生教授课题组提供，基因组大小为1.23GB。
[0038]2.1.2、引物设计
[0039]提取溧阳白芹全基因组各SSR位点侧翼的保守序列，利用TBtools软件中插件Batch Target Region Primer Design进行引物批量设计，再利用TBtools中插件Primer Check进行引物特异性检测，最后对引物进行筛选；筛选条件为：PCR产物在100～350bp；引物退火温度(T
m
)在58℃～61℃，且前后引物相差1℃；引物长度在18～22bp，引物5
’
端最好是G/C，3
’
端最好避免出现A；引物序列中碱本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定水芹品种的SSR引物组，其特征在于：所述SSR引物组由Oj
‑
084、Oj
‑
112、Oj
‑
156三对引物构成；所述Oj
‑
084的序列为：SEQ ID NO.1：正向引物：GCCTGGAGAGGTGTGCTC；SEQ ID NO.2：反向引物：GGCAAACTGGCCGAATGC；所述Oj
‑
112的序列为：SEQ ID NO.3：正向引物：TGTGTCTGGGTGTGAGAGTG；SEQ ID NO.4：反向引物：AGTGGAAGCTGATACGCGG；所述Oj
‑
156的序列为：SEQ ID NO.5：正向引物：TGCCGGTGACTTTCGAGG；SEQ ID NO.6：反向引物：CGAGGGTATAATTGCTCCTGC。2.一种如权利要求1所述的SSR引物组在水芹育种中的应用，其特征在于：所述水芹育种包括水芹品种的鉴定和水芹种质资源的分类。3.根据权利要求2所述的SSR引物组在水...

【专利技术属性】
技术研发人员：甘德芳，邢啸林，陈丹，徐文娟，胡克玲，吕钊彦，况勇，宋晓玉，
申请(专利权)人：安徽农业大学，
类型：发明
国别省市：