一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a制造技术

本发明专利技术公开了一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a

【技术实现步骤摘要】
一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]倒伏是限制高产水稻品种广泛应用的主要因素。随着水稻种植面积的不断减少和劳动成本的日益攀升，机械化的种植方式得到广泛的推广运用，伴随化肥的大量使用，导致水稻倒伏现象日益严重。水稻倒伏可使收获成本增加，并造成产量和品质的损失。因此，高产水稻品种的抗倒伏改良尤为重要。
[0003]重穗型高产水稻是我国西南地区的主要种植品种，其表现出高产、抗倒伏的优良性状。蜀恢498作为重穗型高产水稻的代表，常被用于基础研究。相关技术指出，蜀恢498中无功能的gn1a
R498
是其抗倒伏的关键因素。携带gn1a
R498
型的植株在茎秆直径和抗折力方面极显著高于对照组，gn1a
R498
通过增加茎粗和促进不定根的生长，从而提高水稻的抗倒伏能力。蜀恢498在高产水稻品种抗倒伏改良进程中具有重要应用价值。
[0004]目前，可用于抗倒伏水稻新品种选育的分子标记大多需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，大大的限制了抗倒伏新品种的选育进程。因此，开发与gn1a
R498
连锁的SNP分子标记，一方面可以促进蜀恢498在抗倒伏新品种选育中的应用；另一方面可快速高通量的筛选抗倒伏水稻品种，加快新品种的选育进程。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记。
[0006]本专利技术还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
[0007]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0008]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0009]本专利技术还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0010]本专利技术还提出上述SNP分子标记的检测方法。
[0011]根据本专利技术的第一方面实施方式的一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于日本晴1号染色体5271730位的碱基处，多态性为A/C。
[0012]根据本专利技术第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0013]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0014]根据本专利技术的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的通用引物序列。
[0015]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0016]在本专利技术的一些实施方式中，所述引物组在水稻基因型检测中的应用。
[0017]根据本专利技术第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0018]根据本专利技术第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0019]根据本专利技术的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：
[0020](1)在水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
的基因型鉴定中的应用；
[0021](2)在检测水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
中的应用；
[0022](3)在鉴定及筛选具有抗倒伏性状的水稻中的应用；
[0023](4)在水稻分子标记辅助育种中的应用；
[0024](5)在水稻育种中的应用；
[0025](6)在制备水稻育种的产品中的应用。
[0026]根据本专利技术的第六方面实施方式，提出了利用上述SNP分子标记检测水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
的方法，所述方法包括以下步骤：
[0027]S1、从水稻中提取基因组DNA；
[0028]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP分子标记的多态性检测，根据基因型判断所述水稻材料中是否含有水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，只检测到引物Primer X所对应的碱基，判定测试的水稻材料中携带gn1a
R498
型基因；若只检测到引物Primer Y所对应的碱基，判定测试的水稻材料不携带gn1a
R498
型基因；如果同时检测到Primer X与Primer Y对应的荧光信号，该测试材料为杂合基因型。
[0030]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，水稻中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0031]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP分子标记进行检测。
[0032]在本专利技术的一些实施方式中，所述用KASP技术对SNP分子标记进行检测的KASP反应混合液的组成如下：
[0033][0034]在本专利技术的一些实施方式中，所述用KASP技术对SNP分子标记进行检测的扩增程序为：94℃15min；94℃20s，65℃
‑
57℃60s，10个循环，每个循环降低0.8℃；94℃20s，57℃60s，30个循环。
[0035]一种水稻育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择含有水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
的水稻进行后续育种。
[0036]根据本专利技术的一些实施方式，至少具有如下有益效果：本专利技术利用与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定gn1a
R498
基因，加快抗倒伏新品种的选育进程。
[0037]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0038]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0039]图1为本专利技术实施例1中的分子标记开发流程图；
[0040]图2为本专利技术实施例1中的OS900305_K02在蜀恢498与贺稻98中分型结果图；
[0041]图3为本专利技术实施例1中的标记OS900305_K02在60份水稻材料中分型结果图；
具体实施方式
[0042]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与水稻抗倒伏相关基因gn1a
R498
连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于日本晴1号染色体5271730位的碱基处，多态性为A/C。2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
‑
5任一项所述的引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
‑
5任一项所述的引物组。8.如权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2
‑
5任一项所述的引物组、...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾佩陇，彭佩，李智谋，邵泽毅，李乐，刘志，方妙全，郭铭凯，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：湖南省贺家山原种场，
类型：发明
国别省市：