一种鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的特异SNP引物及其方法技术

本发明专利技术公开了一种鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的特异SNP引物及其方法。具体地公开了鉴定黄瓜京研玉甜156杂交种纯度的SNP分子标记，该SNP分子标记为SNP位点：C18109948A。本发明专利技术还公开了用于检测该SNP分子标记的引物组，包括正向引物01F1(SEQ ID No.1)、正向引物01F2(SEQ ID No.2)和反向引物01R(SEQ ID No.3)。本发明专利技术的分子标记及其引物组对农业生产和品种选育过程中的品种纯度鉴定具有重要的应用价值。本发明专利技术的鉴定方法具有高通量、准确、成本低、操作简单等优点，能够代替田间纯度鉴定的方法，大大缩短鉴定周期，有较强的商业应用价值，前景十分广阔。前景十分广阔。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的特异SNP引物及其方法


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的特异SNP引物及其方法。

技术介绍

[0002]黄瓜是我国最重要的蔬菜作物之一，我国黄瓜种植规模和产量都已位居世界第一，黄瓜品种数量也随着育种手段的多样化而逐渐增多。目前，市售黄瓜品种均为一代杂交种，其在生长势、抗逆性、产量、品质等方面均比双亲优越。但是在制种过程中很难避免母本自交和其他品种串粉而导致的种子不纯，进而影响黄瓜的品质和产量，造成经济损失，因此杂交种的纯度鉴定至关重要。
[0003]京研益农种业科技股份有限公司育成的黄瓜品种京研玉甜156瓜肉浅绿色，瓜味甜脆，抗霜霉病和白粉病。并且凭借生长势强，耐低温、弱光、耐热等特点，广受种植者的青睐，已经推广北京、山东、内蒙古、辽宁等地区，累计推广500亩。与传统的田间纯度鉴定相比，DNA分子鉴定技术从DNA水平上揭示子代与亲本间的遗传差异，不受环境的影响具有高灵敏性、能够检测微小的变异、多态性丰富、稳定性高。但是，由于同一单位育成的黄瓜品种数量较多，少量的分子标记难以对混杂亲缘关系较近的黄瓜品种的纯度进行准确鉴定，所以开发京研玉甜156品种纯度鉴定特异的分子标记具有着重要意义。
[0004]SNP作为第三代分子标记，具有分布密度高、遗传稳定性好、易于实现自动化等优势。黄瓜种质资源变异组大数据为筛选黄瓜品种纯度鉴定的特异SNP位点提供可能。SNP检测方法众多，其中KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR技术，是国际上主流的SNP检测方法之一，该技术准确度高，可以实现自动化操作，简单便捷，并且将使用SNP标记的成本降至最低，已被广泛应用于高通量分子辅助育种和品种鉴定。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的之一是提供一种可用于快速鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的分子标记、特异SNP引物及方法。所要解决的技术问题不限于所描述的技术主题，本领域技术人员通过以下描述可以清楚地理解本文未提及的其它技术主题。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术首先提供了鉴定黄瓜京研玉甜156杂交种纯度的SNP分子标记，所述SNP分子标记可为SNP位点：C18109948A。
[0007]所述SNP位点：C18109948A为黄瓜第1号染色体上的第18109948位核苷酸。
[0008]本专利技术还提供了用于扩增或检测所述SNP分子标记的引物组。
[0009]进一步地，所述引物组可包括正向引物01F1、正向引物01F2和反向引物01R，所述正向引物01F1的核苷酸序列可如SEQ ID No.1的第22
‑
42位所示，所述正向引物01F2的核苷酸序列可如SEQ ID No.2的第22
‑
43位所示，所述反向引物01R的核苷酸序列可如SEQ ID No.3所示。
[0010]进一步地，所述正向引物01F1和正向引物01F2的5
’
端可连接不同的荧光标签序列。
[0011]进一步地，所述正向引物01F1的5
’
端可连接FAM荧光标签序列，所述正向引物01F2的5
’
端可连接HEX荧光标签序列。
[0012]所述FAM荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
(SEQ ID NO：4)；所述HEX荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
(SEQ ID NO：5)。
[0013]进一步地，所述引物组可包括正向引物01F1、正向引物01F2和反向引物01R，所述正向引物01F1的核苷酸序列可如SEQ ID No.1所示，所述正向引物01F2的核苷酸序列可如SEQ ID No.2所示，所述反向引物01R的核苷酸序列可如SEQ ID No.3所示。
[0014]本文所述引物可为KASP引物。
[0015]所述引物组用于扩增含有所述SNP位点：C18109948A(第1号染色体上的第18109948位核苷酸)的DNA片段。
[0016]本专利技术还提供了试剂盒或DNA芯片，所述试剂盒或DNA芯片可包含本文中任一所述的引物组。
[0017]所述试剂盒或DNA芯片可用于鉴定黄瓜品种京研玉甜156的纯度。
[0018]本专利技术还提供了所述SNP分子标记、文本中任一所述的引物组或所述试剂盒或DNA芯片在鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度中的应用。
[0019]本专利技术还提供了本文中任一所述的引物组在制备用于检测所述SNP分子标记的产品中的应用。
[0020]所述产品可为试剂、试剂盒、芯片或试纸。
[0021]本专利技术还提供了一种鉴定黄瓜品种京研玉甜156纯度的方法，所述方法可包括采用本文中任一所述的引物组或所述试剂盒或DNA芯片来鉴定黄瓜品种京研玉甜156的纯度。
[0022]进一步地，所述方法可包括如下步骤：
[0023]B1)提取待测黄瓜基因组DNA；
[0024]B2)以所述基因组DNA为模板，利用本文中任一所述的引物组进行PCR扩增，采集荧光信号；
[0025]B3)根据所述荧光信号确定待测黄瓜的基因型。
[0026]进一步地，所述引物组中，正向引物01F1、正向引物01F2和反向引物01R的摩尔比为2:2:5。
[0027]进一步地，所述方法还包括根据所述待测黄瓜的基因型进一步鉴定黄瓜品种京研玉甜156的纯度。
[0028]进一步地，可根据所述待测黄瓜的基因型统计纯合基因型数、缺失基因型数，进而计算待测黄瓜杂交种的品种纯度。所述测黄瓜杂交种的品种纯度计算公式可为：品种纯度＝(检测总数
‑
异型株个数
‑
缺失个数)/(检测总数
‑
缺失个数)*100％
[0029]本专利技术基于京研玉甜156及其父母本共3份样本的全基因组重测序数据筛选出了鉴定黄瓜京研玉甜156杂交种纯度的特异SNP位点(即SNP分子标记)及其KASP引物组，并建立了鉴定黄瓜京研玉甜156杂交种纯度的方法。
[0030]本专利技术提供的SNP引物组可用于鉴定黄瓜品种京研156的纯度，对农业生产和品种选育过程中的品种纯度鉴定具有重要的应用价值。本专利技术所提供的鉴定方法具有高通量、
准确、成本低、操作简单等优点，能够代替田间纯度鉴定的方法，大大缩短鉴定周期，有较强的商业应用价值，前景十分广阔。
附图说明
[0031]图1为京研玉甜156纯度鉴定特异SNP位点在其亲本中的一代测序结果。
[0032]图2为建立在京研玉甜156纯度鉴定特异SNP引物组上的94份黄瓜商品种及京研玉甜156亲本SNP分型结果。
[0033]图3为京研玉甜156杂交种纯度鉴定结果。
具体实施方本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.鉴定黄瓜京研玉甜156杂交种纯度的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为SNP位点：C18109948A。2.用于扩增或检测权利要求1所述SNP分子标记的引物组。3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括正向引物01F1、正向引物01F2和反向引物01R，所述正向引物01F1的核苷酸序列如SEQ ID No.1的第22
‑
42位所示，所述正向引物01F2的核苷酸序列如SEQ ID No.2的第22
‑
43位所示，所述反向引物01R的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述正向引物01F1和正向引物01F2的5
’
端连接不同的荧光标签序列。5.根据权利要求3或4所述的引物组，其特征在于，所述正向引物01F1的5
’
端连接FAM荧光标签序列，所述正向引物01F2的5
’
端连接HEX荧光标签序列。...

【专利技术属性】
技术研发人员：毛爱军，王航，白紫音，张建，杨静静，张晓飞，夏昌选，赵泓，温常龙，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：