基于HLA的方法和组合物及其用途技术

本公开提供了用于从细胞中分离HLA

【技术实现步骤摘要】
基于HLA的方法和组合物及其用途
[0001]本申请是申请日为2018年02月12日、申请号为201880024774.4、专利技术名称为“基于HLA的方法和组合物及其用途”的中国专利申请(其对应PCT申请的申请日为2018年02月12日、申请号为PCT/US2018/017849)的分案申请。
[0002]交叉引用
[0003]本申请要求2017年2月12日提交的第62/457,978号美国临时申请和2017年2月20日提交的第62/461,162号美国临时申请的优先权，其中每一个通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0004]主要组织相容性复合物(MHC)是编码人类白细胞抗原(HLA)基因的基因复合物。HLA基因被表达为在人类细胞表面上展示给循环T细胞的蛋白质异二聚体。HLA基因是高度多态性的，允许其微调适应性免疫系统。适应性免疫应答部分地取决于T细胞鉴别并消除展示与人类白细胞抗原(HLA)异二聚体结合的疾病相关肽抗原的细胞的能力。
[0005]在人类中，内源性和外源性蛋白质可以被蛋白酶体以及被胞质和内体/溶酶体蛋白酶和肽酶加工成肽，并由MHC编码的两类细胞表面蛋白质呈递。这些细胞表面蛋白质被称为人类白细胞抗原(HLA I类和II类)，与它们结合并引发免疫应答的一组肽被称为HLA表位。HLA表位是使免疫系统能够探测到危险信号如病原体感染和自身转化的关键成分。循环CD8+T细胞识别来源于内源性加工途径并展示在几乎所有有核细胞上的I类MHC(HLA
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A、HLA
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B和HLA<br/>‑
C)表位。CD4+T细胞识别展示在抗原呈递细胞(APC)如树突细胞和巨噬细胞上的II类MHC(HLA
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DR、HLA
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DQ和HLA
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DP)表位。HLA II类肽呈递激活辅助性T细胞，随后促进B细胞分化和抗体产生以及CTL应答。活化的辅助性T细胞还分泌激活并诱导其它T细胞分化的细胞因子和趋化因子。
[0006]编码HLA异二聚体的基因是高度多态性的，在整个人类群体中鉴定出超过12,000个I类和超过4,000个II类等位基因变体。对于I类和II类HLA基因座中的每一个，个体可以从母本和父本HLA单倍型继承不同的等位基因。I类HLA分子是由I类HLA基因所编码的重α
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链和β
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微球蛋白(B2M)组成的异二聚体。II类HLA分子是均由II类HLA基因编码的α链和β链的异二聚体。由于α链和β链配对组合，HLA异二聚体的群体非常复杂。另外，估计每个HLA异二聚体以等位基因特异性结合偏好结合数千个肽。实际上，估计每个HLA等位基因结合并向T细胞呈递约1,000
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10,000个独特的肽；占来自人类蛋白质编码基因的约1000万个潜在9mer肽中的≤0.1％。考虑到HLA结合的这种多样性，对肽是否可能与特定HLA等位基因结合的准确预测非常具有挑战性。对HLA II类分子的等位基因特异性肽结合特性知之甚少，这是因为α和β链配对的异质性，数据的复杂性限制了确信地指定核心结合表位的能力，以及缺乏高分辨率生化分析所需的免疫沉淀等级的等位基因特异性抗体。此外，当在细胞表面呈现多个HLA等位基因时，分析源自给定HLA等位基因的肽表位会引起不确定性。
[0007]了解每种HLA异二聚体的结合偏好是成功预测哪些新抗原可能引发肿瘤特异性T细胞应答的关键。显然，对鉴定和分离特定I类和II类HLA关联肽(例如，新抗原肽)的方法存在需求。这样的方法和分离的分子可用于例如HLA关联肽的研究以及治疗剂的开发，包括但
不限于基于免疫的治疗剂。
[0008]援引并入
[0009]本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同特别地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而并入。

技术实现思路

[0010]本文描述的方法和组合物可用于广泛的应用中。例如，本文描述的方法和组合物用来鉴定免疫原性抗原肽，并且可以用来开发药物，如个性化药物。
[0011]本文提供了一种表征HLA
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肽复合物的方法，其包括：提供细胞群体，其中所述细胞群体中的一个或多个细胞包含多核酸，所述多核酸包含编码亲和受体标记的I类或II类HLA等位基因的序列，其中编码亲和受体标记的HLA的序列包含与编码亲和受体肽的序列可操作地连接的编码重组I类或II类HLA等位基因的序列；在所述细胞群体的一个或多个细胞中的至少一个细胞中表达亲和受体标记的HLA，从而在所述至少一个细胞中形成亲和受体标记的HLA
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肽复合物；富集所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物；以及表征HLA
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肽复合物。在一些实施方案中，所编码的亲和受体标记的I类或II类HLA等位基因是可溶性亲和受体标记的I类或II类HLA等位基因。
[0012]在一些实施方案中，所述表征包括表征与来自所述富集的亲和受体标记的HLA
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肽复合物结合的肽。在一些实施方案中，所述方法包括对两个或更多个I类和/或II类HLA等位基因进行该方法的步骤。在一些实施方案中，所述两个或更多个I类和/或II类HLA等位基因包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17，18、19、20、25、30、35、40、45或50个I类和/或II类HLA等位基因。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物包含跨膜结构域。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物包含细胞内结构域。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物不被排出。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物在表达时并入细胞膜中。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物是可溶性亲和受体标记的HLA
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肽复合物。在一些实施方案中，所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物不是可溶性亲和受体标记的HLA
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肽复合物。在一些实施方案中，所述方法进一步包括生成HLA等位基因特异性肽数据库。在一些实施方案中，所述重组I类或II类HLA等位基因是单个重组I类或II类HLA等位基因。
[0013]在一些实施方案中，所述方法包括：提供细胞群体，每个细胞群体包含一个或多个包含亲和受体标记的HLA的细胞，其中所述亲和受体标记的HLA包含与亲和受体肽可操作地连接的由不同HLA等位基因编码的不同重组多肽；富集亲和受体标记的HLA
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肽复合物；以及表征与来自所述富集的亲和受体标记的HLA
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肽复合物结合的肽或其部分。
[0014]在一些实施方案中，所述方法包括将一种或多种肽引入细胞群体。在一些实施方案中，所述引入包括使所述细胞群体与所述一种或多种肽接触或在所述细本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种方法，其包括：(a)在细胞中表达亲和受体标记的HLA蛋白，其中所述亲和受体标记的HLA蛋白包含由受试者表达的HLA等位基因所编码的序列，其中所述亲和受体标记的HLA蛋白由重组多核酸编码，该重组多核酸包含：(i)由受试者表达的HLA等位基因的编码序列，该序列连接至(ii)编码亲和受体肽的序列，从而形成亲和受体标记的HLA
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肽复合物；(b)鉴定所述亲和受体标记的HLA
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肽复合物的HLA等位基因特异性肽或复合物；以及(c)(i)基于所鉴定的HLA等位基因特异性肽或复合物的一个或多个序列开发治疗剂，或(ii)生成包含所鉴定的HLA等位基因特异性肽或复合物的一个或多个序列的HLA等位基因特异性肽数据库。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括基于所鉴定的HLA等位基因特异性肽或复合物的一个或多个序列开发治疗剂。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括生成HLA等位基因特异性肽数据库，该数据库包含所鉴定的HLA等位基因特异性肽或复合物的一个或多个序列。4.一种鉴定HLA等位基因特异性结合肽的方法，其包括用机器分析肽的序列，其中所述机器已经用根据权利要求3的方法生成的HLA等位基因特异性肽数据库训练。5.一种药物组合物，其包含药学上可接受的载体和一种或多种肽，所述肽包含根据权利要求1的方法鉴定的HLA等位基因特异性肽的一个或多个序列。6.一种药物组合物，其包含药学上可接受的载体和编码一种或多种肽的多核苷酸，所述肽包含根据权利要求1的方法鉴定的HLA等位基因特异性肽的一个...

【专利技术属性】
技术研发人员：詹尼弗，
申请(专利权)人：百欧恩泰美国公司，
类型：发明
国别省市：