用于制备T细胞组合物的组合物和方法及其用途技术

本文中提供了用于制备T细胞组合物的组合物和方法以及其用途，包括通过施用由包含来自表位序列的文库的表位序列的肽诱导的T细胞而治疗有需要的受试者中的癌症的方法，其中所述文库中的每个表位序列：与由HLA等位基因编码的蛋白质匹配并且与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质结合，根据免疫原性测定是免疫原性的，根据质谱测定是由抗原呈递细胞呈递的，并且根据细胞毒性测定将T细胞刺激为细胞毒性的。毒性的。毒性的。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于制备T细胞组合物的组合物和方法及其用途
交叉引用
[0001]本申请要求2019年3月30日提交的美国临时申请号62/827,018的权益，该美国临时申请通过引用以其整体并入本文中。

技术介绍

[0002]采用淋巴细胞的过继免疫疗法或过继细胞疗法(ACT)是将基因修饰的T淋巴细胞转移至受试者以治疗疾病。过继免疫疗法还有待实现其治疗众多疾病的潜力，包括癌症、感染性疾病、自身免疫性疾病、炎性疾病和免疫缺陷。然而，大多数(如果不是全部)过继免疫疗法都需要T细胞活化和扩充步骤来产生临床有效的治疗剂量的T细胞。获得患者细胞以及在活体外活化、扩充和回收有效数量的用于ACT的细胞的现有策略是持久繁琐且固有复杂的过程，并且造成严重的挑战。因此，仍然需要开发用于在较短时间段内扩充和诱导具有有利表型和功能的抗原特异性T细胞的组合物和方法。

技术实现思路

[0003]本文中提供了一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，所述方法包括：从表位序列的文库中选择至少一个表位序列，其中所述文库中的每个表位序列与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质匹配；以及使来自所本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，包括：(a)从表位序列的文库中选择至少一个表位序列，其中所述文库中的每个表位序列与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质匹配；和(b)使来自所述受试者的T细胞或同种异体T细胞与包括包含选择的所述至少一个表位序列的一种或多种肽的抗原呈递细胞(APC)接触，其中选择的所述至少一个表位序列中的每一个都满足以下标准中的至少两个或三个：(i)与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质结合，(ii)根据免疫原性测定是免疫原性的，(iii)根据质谱测定是由APC呈递的，以及(iv)根据细胞毒性测定将T细胞刺激为细胞毒性的。2.如权利要求1所述的方法，其中(a)选择的所述至少一个表位序列包含突变，并且所述方法包括鉴定所述受试者的编码具有所述突变的所述表位的癌细胞；(b)选择的所述至少一个表位序列在由所述受试者的癌细胞过度表达的蛋白质内，并且所述方法包括鉴定所述受试者的过度表达包含所述表位的所述蛋白质的癌细胞；或者(c)所述至少一个表位序列包含由处于肿瘤微环境中的细胞表达的蛋白质。3.如权利要求1或2所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列中的一个或多个包括不是由所述受试者的癌细胞表达的表位。4.如权利要求3所述的方法，其中不是由所述受试者的癌细胞表达的所述表位是由所述受试者的处于肿瘤微环境中的细胞表达。5.如权利要求1
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4中的任一项所述的方法，其中与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质结合的表位以根据结合测定的500nM或更小的亲和力与由所述HLA等位基因编码的MHC分子结合。6.如权利要求1
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4中的任一项所述的方法，其中与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质结合的表位通过利用在计算机上实施的MHC表位预测程序被预测为以500nM或更小的亲和力与由所述HLA等位基因编码的MHC分子结合。7.如权利要求1
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6中的任一项所述的方法，其中根据质谱测定是由抗原呈递细胞(APC)呈递的表位在从所述APC洗脱之后通过质谱法进行检测，其中被检测的肽的质量准确度小于15Da、10Da或5Da，或者小于10,000或5,000百万分率(ppm)。8.如权利要求1
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7中的任一项所述的方法，其中根据免疫原性测定是免疫原性的所述表位根据多聚体测定或功能测定是免疫原性的。9.如权利要求8所述的方法，其中所述多聚体测定包括流式细胞术分析。10.如权利要求8或9所述的方法，其中所述多聚体测定包括检测与包含选择的所述至少一个表位序列和匹配的所述HLA等位基因的肽
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MHC多聚体结合的T细胞，其中所述T细胞已经被包括肽的APC刺激，所述肽包含选择的所述至少一个表位序列。11.如权利要求10所述的方法，其中根据所述多聚体测定，当(i)检测到至少10个T细胞已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激时，(ii)检测到的所述T细胞构成被分析的CD8
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细胞的至少0.1％或0.01％或0.005％时，以及(iii)检测到的所述T细胞占CD8+T细胞的百分比高于在对照样品中检测到的T细胞占检测的CD8+T细胞的百分比时，
所述表位是免疫原性的。12.如权利要求11所述的方法，其中根据所述多聚体测定，当在来自相同起始样品的六次刺激中的至少一次刺激中检测到至少10个T细胞已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激时，所述表位是免疫原性的。13.如权利要求11或12所述的方法，其中所述对照样品包含已经被APC刺激的T细胞，所述APC(i)不包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽，(ii)包括衍生于与选择的所述至少一个表位序列不同的蛋白质的肽，或(iii)包括具有随机序列的肽。14.如权利要求10
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13中的任一项所述的方法，其中所述T细胞已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多天。15.如权利要求10
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14中的任一项所述的方法，其中在包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC存在下，抗原特异性T细胞已经被扩充至少5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、500倍或1,000倍或更多倍。16.如权利要求8所述的方法，其中所述功能测定包括免疫测定。17.如权利要求8或16所述的方法，其中所述功能测定包括检测具有IFNγ或TNFα的细胞内染色或CD107a和/或CD107b的细胞表面表达的T细胞，其中所述T细胞已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激。18.如权利要求17所述的方法，其中根据所述功能测定，当(i)检测到至少10个T细胞已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激时，(ii)检测到的所述T细胞构成被分析的CD8
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或CD4
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细胞的至少0.1％或0.01％或0.005％时，以及(iii)检测到的所述T细胞占CD8+或CD4
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T细胞的百分比高于在对照样品中检测到的T细胞占检测的CD8+或CD4
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T细胞的百分比时，所述表位是免疫原性的。19.如权利要求1
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18中的任一项所述的方法，其中根据所述细胞毒性测定被刺激为细胞毒性的所述T细胞是已经被包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽的APC刺激并且杀死呈递所述表位的细胞的T细胞。20.如权利要求19所述的方法，其中由所述T细胞杀死的呈递所述表位的细胞数量为由所述T细胞杀死的不呈递所述表位的细胞数量的至少1.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、50、100、500或1,000倍高。21.如权利要求19所述的方法，其中由所述T细胞杀死的呈递所述表位的细胞数量为由已经被如下APC刺激的T细胞杀死的呈递所述表位的细胞数量的至少1.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、50、100、500或1,000倍高：所述APC(i)不包括包含选择的所述至少一个表位序列的肽，(ii)包括衍生于与选择的所述至少一个表位序列不同的蛋白质的肽，或(iii)包括具有随机序列的肽。22.如权利要求19所述的方法，其中由所述T细胞杀死的呈递突变表位的细胞数量是由所述T细胞杀死的呈递对应野生型表位的细胞数量的至少1.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、50、100、500或1,000倍高。23.如权利要求1
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22中的任一项所述的方法，其中根据所述细胞毒性测定被刺激为细胞毒性的T细胞是根据所述细胞毒性测定被刺激为特异性细胞毒性的T细胞。24.如权利要求1
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23中的任一项所述的方法，其中所述方法包括利用循环肿瘤DNA测定
或基因组合来选择所述受试者。25.如权利要求1
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24中的任一项所述的方法，其中所述T细胞来自所述受试者的生物样品。26.如权利要求25所述的方法，其中所述T细胞来自所述受试者的外周血单核细胞(PBMC)样品或者所述受试者的白细胞去除术样品。27.如权利要求1
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24中的任一项所述的方法，其中所述T细胞是同种异体T细胞。28.如权利要求1
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27中的任一项所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列中的每一个都满足以下标准中的每一个标准：(i)与由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质结合，(ii)根据免疫原性测定是免疫原性的，(iii)根据质谱测定是由抗原呈递细胞(APC)呈递的，以及(iv)根据细胞毒性测定将T细胞刺激为细胞毒性的。29.如权利要求1
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28中的任一项所述的方法，其中所述一种或多种肽中的至少一种是合成肽或从核酸序列表达的肽。30.如权利要求1
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29中的任一项所述的方法，其中所述方法包括鉴定由所述受试者的HLA等位基因编码的蛋白质，或鉴定所述受试者的基因组中的HLA等位基因。31.如权利要求1
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30中的任一项所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列是从表1A
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1F、表2A
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2C、表3、表4A
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4M、表5、表6、表7、表8、表11、表12、表13和表14的一个或多个表位序列进行选择。32.如权利要求1
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31中的任一项所述的方法，其中所述方法包括在体外或在活体外将与所述一种或多种肽接触的所述T细胞扩充以获得对与MHC蛋白质络合的选择的所述至少一个表位序列特异性的T细胞群。33.如权利要求1
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32中的任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将所述T细胞群施用于所述受试者。34.如权利要求1
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33中的任一项所述的方法，其中包含选择的所述至少一个表位序列的蛋白质由所述受试者的癌细胞表达。35.如权利要求1
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34中的任一项所述的方法，其中包含选择的所述至少一个表位序列的蛋白质由所述受试者的处于所述肿瘤微环境中的细胞表达。36.如权利要求1
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34中的任一项所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列中的一个或多个包括突变。37.如权利要求1
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36中的任一项所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列中的一个或多个来自由所述受试者的癌细胞过度表达的蛋白质、来自组织特异性蛋白质、来自癌性睾丸蛋白质、包括驱动突变、包括抗药性突变、包括肿瘤特异性突变、是病毒表位、是次要组织相容性表位、来自RAS蛋白质、来自GATA3蛋白质、来自EGFR蛋白质、来自BTK蛋白质、来自p53蛋白质、来自TMPRSS2::ERG融合多肽，或来自Myc蛋白质。38.如权利要求1
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37中的任一项所述的方法，其中选择的所述至少一个表位序列中的至少一个来自由选自以下的基因编码的蛋白质：ANKRD30A、COL10A1、CTCFL、PPIAL4G、POTEE、DLL3、MMP13、SSX1、DCAF4L2、MAGEA4、MAGEA11、MAGEC2、MAGEA12、PRAME、CLDN6、EPYC、KLK3、KLK2、KLK4、TGM4、PO...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗伯特，
申请(专利权)人：百欧恩泰美国公司，
类型：发明
国别省市：