Ras新抗原及其用途制造技术

描述了用于制备T细胞组合物的组合物和方法及其用途，包括通过施用用肽诱导的T细胞来治疗有需要的对象中的癌症的方法，该肽包含至少一种KRAS表位，其具有与由HLA等位基因C03:04编码的蛋白质结合的序列GACGVGKSA；或具有与由HLA等位基因C03:03编码的蛋白质结合的序列GAVGVGKSA，其中由HLA等位基因编码的相应蛋白质在对象的细胞中表达。还包括免疫原性组合物，其包含含有上述表位的肽或负载有含有该表位的肽的抗原呈递细胞。位的肽的抗原呈递细胞。位的肽的抗原呈递细胞。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】Ras新抗原及其用途
交叉引用
[0001]本申请要求于2020年8月13日提交的美国临时申请号63/065,346的权益，其通过引用以其全文并入本文。

技术介绍

[0002]癌症免疫疗法聚焦于增强机体对抗和根除癌细胞的免疫应答。这是通过施用抗原性肽疗法(其中肽包含癌抗原)、或施用编码包含癌抗原的抗原肽的核酸、或使用靶向癌症的过继免疫疗法来实现。过继免疫疗法或采用淋巴细胞的过继细胞疗法(ACT)是将基因修饰的T淋巴细胞转移至对象以治疗疾病。过继免疫疗法尚未实现其用于治疗包括癌症、传染性疾病、自身免疫性疾病、炎性疾病和免疫缺陷在内的多种疾病的潜力。然而，大多数(如果不是全部的话)过继免疫疗法策略需要T细胞活化和扩增步骤以产生临床有效的治疗剂量的T细胞。准确鉴定癌症抗原表位及其在患者中产生免疫活化的潜力是必需的。另外，现有的获得患者细胞以及用于ACT的有效数量的细胞的离体活化、扩增和回收的策略是漫长的、麻烦的和固有复杂的过程，并且提出了严重的挑战。因此，仍然需要开发用于产生针对患有癌症的单个患者的抗原特异性免疫疗法的组合物和方法。

技术实现思路

[0003]本文提供了一种用于在有需要的对象中治疗癌症的方法，其中癌症含有RAS突变，并且治疗是针对表达由特异性HLA等位基因编码的特异性主要组织相容性复合体(MHC)肽的患者。本文还提供了一种用于制备抗原特异性T细胞的离体方法，该方法包括使T细胞与包含一种或多种肽的抗原呈递细胞(APC)接触，该一种或多种肽含有具有RAS突变的表位。
[0004]在一些实施方案中，本文所述的用于治疗癌症的方法包括向患有包含RAS突变的癌症的对象施用疗法，诸如免疫疗法。在一些实施方案中，RAS突变是G12C突变。在一些实施方案中，RAS突变是G12V突变。在一些实施方案中，用于治疗癌症的方法针对表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质的对象。在一些实施方案中，用于治疗癌症的方法针对表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质的对象。在一些实施方案中，该疗法是肽、编码肽的多核苷酸、包含肽或多核苷酸的APC、或用包含肽或多核苷酸的APC刺激的T细胞。
[0005]在一些实施方案中，该方法包括产生包含一种或多种肽的抗原疗法，其中该一种或多种肽包含至少一种具有序列GACGVGKSA的表位，该表位能够在合适的对象中活化抗癌免疫应答。合适的对象表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质。在一些实施方案中，该方法包括向对象施用抗原疗法，其中对象表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质并且具有带有KRAS G12C突变的癌细胞，其中该抗原疗法包含一种或多种肽，该一种或多种肽含有具有序列GACGVGKSA的表位。在一些实施方案中，向表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质的对象施用抗癌疗法，该抗癌疗法包含一种或多种编码肽的核酸，其中该肽包含具有序列GACGVGKSA的表位。
[0006]在一些实施方案中，该方法包括向表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质
的对象施用抗原呈递细胞，该抗原呈递细胞表达包含具有序列GACGVGKSA的表位的一种或多种肽、或编码该一种或多种肽的多核苷酸序列、以及由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质。
[0007]在一些实施方案中，该方法包括产生用于对象的T细胞疗法，该对象表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质并且具有带有KRASG12C突变的癌细胞，该方法包括，使同种异体或自体T细胞与包含一种或多种肽的APC接触，该一种或多种肽包含具有序列GACGVGKSA的表位，在根据细胞毒性测定刺激T细胞以具有细胞毒性的条件下在培养物中扩增T细胞。在一些实施方案中，该方法包括向对象施用T细胞疗法。在一些实施方案中，该方法包括制备T细胞，其中T细胞应答于包含氨基酸序列GACGVGKSA的抗原。在一些实施方案中，该方法包括制备T细胞，该方法包括用包含氨基酸序列GACGVGKSA的多肽刺激T细胞。在一些实施方案中，该方法包括向有需要的对象施用包含T细胞的T细胞制剂，其中T细胞应答于包含氨基酸序列GACGVGKSA的抗原。在一些实施方案中，对象是人。在一些实施方案中，对象表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质。
[0008]在一些实施方案中，本文所述的方法靶向包含G12V突变的突变体RAS抗原。在一些实施方案中，该方法针对表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质的患者。在一些实施方案中，该方法包括产生包含一种或多种肽的抗原疗法，其中该一种或多种肽包含至少一种具有序列GAVGVGKSA的表位，该表位可活化合适的患者中的抗癌免疫应答。合适的患者可以表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质。在一些实施方案中，该方法包括向患者施用抗原疗法，其中患者表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质并且具有带有KRAS G12V突变的癌细胞，其中该抗原疗法包含一种或多种肽，该一种或多种肽含有具有序列GAVGVGKSA的表位。在一些实施方案中，向表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质的患者施用抗癌疗法，该抗癌疗法包含一种或多种编码肽的核酸，其中该肽包含具有序列GAVGVGKSA的表位。
[0009]在一些实施方案中，该方法包括向表达由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质的对象施用抗原呈递细胞，该抗原呈递细胞表达包含具有序列GACGVGKSA的表位的一种或多种肽、或编码该一种或多种肽的多核苷酸序列、以及由HLA C03:04等位基因编码的MHC蛋白质。
[0010]在一些实施方案中，该方法包括产生用于患者的T细胞疗法，该患者表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质并且具有带有KRAS G12V突变的癌细胞，该方法包括，使衍生自患者的同种异体或自体T细胞与包含一种或多种肽的APC接触，该一种或多种肽含有具有序列GAVGVGKSA的表位，在根据细胞毒性测定刺激T细胞以具有细胞毒性的条件下在培养物中扩增T细胞。在一些实施方案中，该方法包括向患者施用T细胞疗法。在一些实施方案中，该方法包括制备T细胞，其中T细胞应答于包含氨基酸序列GAVGVGKSA的抗原。在一些实施方案中，该方法包括制备T细胞，该方法包括用包含氨基酸序列GAVGVGKSA的多肽刺激T细胞。在一些实施方案中，该方法包括向有需要的对象施用包含T细胞的T细胞制剂，其中T细胞应答于包含氨基酸序列GAVGVGKSA的抗原。在一些实施方案中，对象是人。在一些实施方案中，对象表达由HLA C03:03等位基因编码的MHC蛋白质。
[0011]在一个方面，本文提供了一种用于制备抗原特异性T细胞的离体方法，该方法包括使T细胞与包含一种或多种肽的APC接触，该一种或多种肽含有具有选自GACGVGKSA和
GAVGVGKSA的序列的表位，其中APC表达由HLA
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C03:04等位基因编码的蛋白质并且表位序列是GACGVGKSA；并且其中APC表达由本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于制备抗原特异性T细胞的离体方法，所述方法包括使T细胞与以下项接触：(a)包含一种或多种肽的抗原呈递细胞(APC)，所述一种或多种肽含有具有序列GACGVGKSA的表位，其中所述APC表达由HLA
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C03:04等位基因编码的蛋白质；或(b)包含一种或多种肽的APC，所述一种或多种肽包含具有序列GAVGVGKSA的表位，其中所述APC表达由HLA
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C03:03等位基因编码的蛋白质。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述T细胞来自患有癌症的对象。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述T细胞是同种异体T细胞。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的方法，其中所述方法还包括向有需要的对象施用T细胞，其中所述对象表达由HLA
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C03:04等位基因编码的蛋白质，并且所述T细胞已经与包含含有所述表位GACGVGKSA的一种或多种肽的APC接触。5.根据权利要求1
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3中任一项所述的方法，其中所述方法还包括向有需要的对象施用T细胞，其中所述对象表达一种或多种由HLA
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C03:03等位基因编码的蛋白质，并且所述T细胞已经与包含含有所述表位GAVGVGKSA的肽的APC接触。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述APC来自患有癌症的对象。7.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述APC是同种异体APC。8.根据权利要求1
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7中任一项所述的方法，其中所述方法包括从对象获得包含T细胞和/或APC的生物样品。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述生物样品是外周血单核细胞(PBMC)样品。10.根据权利要求8或9所述的方法，其中所述方法包括清除来自所述生物样品中的CD14+细胞。11.根据权利要求1
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10中任一项所述的方法，其中所述方法包括清除来自所述生物样品中的CD25+细胞。12.根据权利要求1
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11中任一项所述的方法，其中所述方法包括在FMS样酪氨酸激酶3受体配体(FLT3L)存在下孵育所述T细胞和所述APC。13.根据权利要求1
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12中任一项所述的方法，其中所述方法包括在所述APC存在下刺激或扩增所述T细胞至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、7、18、19或20天或更多天。14.根据权利要求1
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13中任一项所述的方法，其中所述方法包括在所述APC存在下将所述T细胞扩增到至少5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、500倍或1,000倍或更多。15.根据权利要求1
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14中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性T细胞在少于28天内制备。16.根据权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述表位：(i)结合至由所述对象的HLA等位基因编码的蛋白质，(ii)根据免疫原性测定是免疫原性的，(iii)根据质谱测定法由APC呈递，且/或(iv)根据细胞毒性测定刺激T细胞以具有细胞毒性。17.一种治疗患有癌症的对象的方法，其包括向所述对象施用(a)肽、(b)编码所述肽的多核苷酸、(c)包含(a)或(b)的抗原呈递细胞(APC)或
(d)用包含(a)或(b)的APC刺激的T细胞；其中：(i)所述肽包含具有序列GACGVGKSA的表位，并且所述对象表达由HLA
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C03:04等位基因编码的蛋白质；或(ii)所述肽包含具有序列GAVGVGKSA的表位，并且所述对象表达由HLA
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C03:03等位基因编码的蛋白质。18.根据权利要求17所述的方法，其中具有所述序列GACGVGKSA的所述表位能够结合至由所述HLA
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C03:04等位基因编码的所述蛋白质。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述表位能够由所述HLA
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C03:04等位基因编码的所述蛋白质呈递。20.根据权利要求17所述的方法，其中具有所述序列GAVGVGKSA的所述表位能够结合至由所述HLA
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C03:03等位基因编码的所述蛋白质。21.根据权利要求20所述的方法，其中所述表位能够由所述HLA
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C03:03等位基因编码的所述蛋白质呈递。22.根据权利要求1
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21中任一项所述的方法，其中所述癌症选自胰腺导管腺癌、非小细胞肺癌、结肠直肠癌和胆管癌。23.根据权利要求1
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22中任一项所述的方法，其中所述肽包含一种或多种另外的表位。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述一种或多种另外的表...

【专利技术属性】
技术研发人员：维克拉姆，
申请(专利权)人：百欧恩泰美国公司，
类型：发明
国别省市：