一种去除rRNA的方法及其应用技术

本发明专利技术涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种去除rRNA的方法及其应用。所述方法包括：针对初始cDNA进行杂交反应之后，进行DSN处理；所述杂化反应包括：在96～100℃条件下处理2～4分钟，后以0.1℃/s的降温速度到68℃，后在68～70℃的条件下处理1.5～2.5小时。本发明专利技术针对提取得到的cDNA，采用特定的杂交反应流程，后采用DSN酶处理去除其中的rRNA，在可以减少处理流程所花费的时间的同时，还能够有效提高测序数据质量，得到高质量的植物空间转录组数据。据。据。

【技术实现步骤摘要】
一种去除rRNA的方法及其应用


[0001]本专利技术涉及生物信息学
，尤其涉及一种去除rRNA的方法及其应用。

技术介绍

[0002]空间转录组结合了成像和测序技术，能够绘制组织上特定转录物存在的位置，从而指示特定基因的特定位点表达。目前动物冰冻组织的空间转录组技术已经较成熟，而植物空间转录还是处于起步阶段。植物空间转录组在生长发育(育种)、抗逆应激(生物胁迫和非生物胁迫)、免疫反应和致病机理、生物进化等几个方面均可应用，市场前期广阔。但由于植物类型代谢产物复杂性，测序数据中rRNA比例偏高，导致数据基因组比对率偏低等一系列问题，难以获得高质量的测序文库。

技术实现思路

[0003]为了解决现有技术存在的问题，本专利技术提供一种去除rRNA的方法及其应用。针对经过扩增的cDNA，通过特定的杂交反应后进行DSN处理在有效去除rRNA的基础上，处理时间和数据质量上都有明显的提升。
[0004]第一方面，本专利技术提供一种去除rRNA的方法，包括：
[0005]针对初始cDNA进行杂交反应之后，进行DSN处理；本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种去除rRNA的方法，其特征在于，包括：针对初始cDNA进行杂交反应之后，进行DSN处理；所述杂化反应包括：在96～100℃条件下处理2～4分钟，后以0.1℃/s的降温速度到68℃，后在68～70℃的条件下处理1.5～2.5小时。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述采用DSN酶进行处理包括：采用DSN试剂盒进行处理；所述DSN试剂盒包括：10
×
Hybridization buffer、Duplex
‑
specific nuclease(DSN)、10
×
DS N Master Buffer和2
×
DSN stop solution。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述DSN处理的流程包括：将经过杂交反应的cDNA和10
×
DSN Master Buffe混匀后在68～70℃的条件下处理25～30分钟。4.根据权利要求1
‑...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑洪坤，张雪川，邓卫友，毕经德，平丽莹，
申请(专利权)人：青岛百迈客生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：