一种樟树的SSR分子标记的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种樟树的SSR分子标记的应用，属于植物基因工程技术领域。本发明专利技术利用筛选出的多态性较高的SSR引物对樟树亲本和所有半同胞群体进行遗传多样性研究，揭示樟树现有群体的遗传多样性，分析遗传多样性的发展趋势，为保护樟树种质资源、选育优树、合理利用樟树种质资源提供参考。本发明专利技术的红杆樟父本分析提供了子代父本组成、花粉传播方向和距离、自交率等信息，可广泛应用于种群进化学研究。此外，父本分析在实践中可以给林木群体内优良基因的交配提供依据，对人工林的营建和遗传改良具有重要意义。具有重要意义。具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
一种樟树的SSR分子标记的应用


[0001]本专利技术属于植物基因工程
，更具体地说，涉及一种樟树的SSR分子标记的应用。

技术介绍

[0002]樟树(Cinnamomum camphora)是樟科(Lauraceae)樟属(Cinnamomum)常绿高大乔木，是亚热带地区常绿阔叶林的代表树种，主要分布于我国长江以南各省以及日本、朝鲜和越南等东南亚地区，美国和澳大利亚等国家亦有引种栽培。樟树寿命长、适应性强、用途广泛，具有重要的生态、文化和经济价值，是我国南方各地重要的园林绿化树种之一。我国樟树资源丰富，生境复杂多样，遗传变异丰富，不同产地种实性状、苗期生物量及叶精油含量均存在显著差异，蕴含巨大的开发利用前景。然而樟树种质资源收集保存及系统评价工作迫在眉睫，近几十年高速推进的城镇化进程势必带来生态环境的持续破碎化，樟树自然生境也不可避免；再者“大树进城、一日成景”等急功近利之举蔚然成风，野生樟树种群及古樟资源流失严重，许多优异种质亟待发掘和保护。
[0003]SSR标记以PCR为基础，也称微卫星DNA(Microsatellite DNA)，是一类由几个核苷酸(一般为1
‑
6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。每个SSR位点两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。由于其可靠性高、多态性高、共显性等优点，广泛应用于遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、品种鉴定等研究。

技术实现思路

[0004]针对现有技术存在的上述问题，本专利技术所要解决的技术问题在于提供一种樟树的SSR分子标记及其应用。
[0005]为了解决上述技术问题，本专利技术所采用的技术方案如下：
[0006]樟树的SSR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用，所述樟树的SSR分子标记的重复序列如下表所示：
[0007][0008][0009]进一步地，所述的樟树的SSR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用，其特征在于，包括以下步骤：
[0010](1)提取待测样品DNA；
[0011](2)基于樟树转录组数据设计并筛选出SSR分子标记的引物；
[0012](3)以提取的DNA为模板，利用步骤(2)筛选出的引物分别进行PCR扩增，得到PCR产物；
[0013](4)对PCR扩增产物进行分型。
[0014]进一步地，所述的樟树的ssR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用中，所述的SSR分子标记的引物序列如下所示：
[0015]SSR1：
[0016]F：5
’‑
CGCCCCGAGCGATCTTGATT
‑3’
，R：5
′‑
CCGCCACCGACTTCTGATCC
‑3′
。
[0017]SSR2：
[0018]F：5
′‑
ACCCCATCCTCCCCAAGACC
‑3′
，R：5
’‑
TCGCGCCCCTTGACAAACTT
‑3′
。
[0019]SSR3：
[0020]F：5
′‑
AGCGGAGATCCAACGGTCCT
‑3′
，R：5
’‑
AGCCGCAAATGCAGAGTCCT
‑3′
。
[0021]SSR4：
[0022]F：5
′‑
TACTGGCGCGCGAAGGAAAT
‑3′
，R：5
′‑
ACTCGAAAGCCTCCACGCTG
‑3′
。
[0023]SSR5：
[0024]F：5
′‑
TCCCAGCTCTTCAATCGCTCT
‑3′
，R：5
′‑
TCCACTTGCCATATCATCCGGT
‑3′
。
[0025]SSR6：
[0026]F：5
’‑
GGGCCAACATGCTACCTCGT
‑3’
，R：5
′‑
TGGGCTTGTTGCTTGGACCT
‑3′
。
[0027]SSR8：
[0028]F：5
’‑
CGCATGACCAGATGCAACCC
‑3′
，R：5
′‑
GATGGCTGCGCCCATTAAGC
‑3’
。
[0029]SSR11：
[0030]F：5
′‑
TGAGGGTTCTTACTGCAATAGCG
‑3′
，R：5
′‑
ACAGAAGCCGGATGACGCAG
‑3′
。
[0031]SSR12：
[0032]F：5
’‑
GCTCTCGTGACAATGGCGGA
‑3′
，R：5
′‑
TGGTGGGATGGAAATGGCCG
‑3′
。
[0033]SSR13：
[0034]F：5
′‑
CGCTGCTGCACTTGAAGCTC
‑3’
，R：5
′‑
CACCAGCAGTCTGTCAGCCC
‑3′
。
[0035]SSR14：
[0036]F：5
′‑
GGGTGGGTAGGACGTTGAGC
‑3′
，R：5
′‑
CTCATGTGTCCATGCATGAGTTGT
‑3’
。
[0037]SSR15：
[0038]F：5
′‑
AGTTAATAGCACGGAAAGTCAACATGA
‑3′
，R：5
’‑
TAAATACTGAGGCTACTGATGGCACC
‑3′
。
[0039]SSR17：
[0040]F：5
′‑
CAGCACCAGCAGTGGCAGTA
‑3’
，R：5
’‑
CGGGCTATGCTGCTTACGGT
‑3′
。
[0041]SSR19：
[0042]F：5
′‑
TCAATTGAGCGGGCCCTGTG
‑3′
，R：5
′‑
ATGGACGGCTGATGCAGTGG
‑3′
。
[0043]SSR21：
[0044]F：5
′‑
GCACACTGATGCGCAGATGG
‑3′
，R：5
′‑
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.樟树的SSR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用，其特征在于，所述樟树的SSR分子标记的重复序列如下表所示：SSR1(GCTCCT)5SSR2(AGGTGA)6SSR3(TCTCTT)5SSR4(ACCCT)5SSR5(AATCA)5SSR6(ATGT)6SSR8(CAAA)5SSR11(AGAT)5SSR12(GCA)5SSR13(GCT)5SSR14(ATT)5SSR15(TTC)5SSR17(AGC)6SSR19(GCAG)5SSR21(GAAA)5SSR23(CAAA)5SSR28(TTGT)5SSR29(GAAA)5SSR31(TGTT)5SSR33(TGA)5SSR35(CTC)5SSR36(ATC)5。2.权利要求1所述的樟树的SSR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取待测样品DNA；(2)基于樟树转录组数据设计并筛选出SSR分子标记的引物；(3)以提取的DNA为模板，利用步骤(2)筛选出的引物分别进行PCR扩增，得到PCR产物；(4)对PCR扩增产物进行分型。3.根据权利要求2所述的樟树的SSR分子标记在半同胞家系或亲本群体遗传多样性分析或红杆樟父本分析中的应用，其特征在于，所述的SSR分子标记的引物序列如下所示：SSR1：F：5
′‑
CGCCCCGAGCGATCTTGATT
‑3′
，R：5
′‑
CCGCCACCGACTTCTGATCC
‑3′
。SSR2：F：5
′‑
ACCCCATCCTCCCCAAGACC
‑3′
，R：5
′‑
TCGCGCCCCTTGACAAACTT
‑3′
。SSR3：F：5
′‑
AGCGGAGATCCAACGGTCCT
‑3′
，R：5
′‑
AGCCGCAAATGCAGAGTCCT
‑3′
。
SSR4：F：5
′‑
TACTGGCGCGCGAAGGAAAT
‑3′
，R：5
′‑
ACTCGAAAGCCTCCACGCTG
‑3′
。SSR5：F：5
′‑
TCCCAGCTCTTCAATCGCTCT
‑3′
，R：5
′‑
TCCACTTGCCATATCATCCGGT
‑3′
。SSR6：F：5
′‑
GGGCCAACATGCTACCTCGT
‑3′
，R：5
′‑
TGGGCTTGTTGCTTGGACCT
‑3′
。SSR8：F：5
′‑
CGCATGACCAGATGCAACCC
‑3′
，R：5
′‑
GATGGCTGCGCCCATTAAGC
‑3′
。SSR11：F：5
′‑
TGAGGGTTCTTACTGCAATAGCG
‑3′
，R：5
′‑
ACAGAAGCCGGATGACGCAG
‑3′
。SSR12：F：5
′‑
GCTCTCGTGACAATGGCGGA
‑3′
，R：5
′‑
TGGTGGGATGGAAATGGCCG
‑3′
。SSR13：F：5
′‑
CGCTGCTGCACTTGAAGCTC
‑3′
，R：5
′...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟永达，胥猛，杨茂霞，郦芝汀，陈彩慧，
申请(专利权)人：江西省科学院生物资源研究所，
类型：发明
国别省市：